geom - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

geom - menganalisis masukan geometri molekul dalam koordinat Cartesian.

DESKRIPSI

Program geom membaca satu set koordinat Cartesian dan menentukan dari mereka ikatan
jarak (Bohr dan angstrom), sudut ikatan, sudut puntir, sudut di luar bidang
(opsional), momen inersia, dan konstanta rotasi.

FILE DIBUTUHKAN

input.dat - File masukan
dan salah satu dari berikut ini:
geom.dat - file geometri
file11.dat - file geometri/gradien format PSI

FILE DIHASILKAN

geom.out - file yang berisi analisis

INPUT PILIHAN

Grafik geom program memiliki opsi berikut:

-h Cetak informasi bantuan (opsi ini).

-as [nama file]
Baca input dalam format output ACES, dengan setiap baris terdiri dari atom
simbol, nomor atom, dan koordinat Cartesian (dalam Bohr). Argumen opsional
adalah nama file input geometri, yang defaultnya adalah geom.dat.

-qchem [nama file]
Baca input dalam format output QCHEM, dengan setiap baris terdiri dari atom
nomor, simbol atom, dan koordinat Cartesian (dalam Angstrom). opsional
argumen adalah nama file input geometri, yang defaultnya adalah geom.dat.

-xyz [nama file]
Baca input dalam format output XYZ. Baris pertama berisi jumlah
atom dan baris kedua adalah baris komentar. Baris berikutnya masing-masing berisi
simbol atom dan koordinat Cartesian XY dan Z (dalam Angstrom). opsional
argumen adalah nama file input geometri, yang defaultnya adalah geom.dat.

-oop Cetak sudut di luar bidang, di mana sudut abcd didefinisikan sebagai sudut yang terbentuk
oleh iklan vektor dan bidang yang didefinisikan oleh atom b, c, dan d.

LAKUKAN_OOP = boolean
Sama seperti saklar baris perintah -oop yang dijelaskan di atas.

ISOTOPE = matriks of real/string
Digunakan untuk menentukan massa yang akan digunakan dalam perhitungan pusat massa dan
konstanta rotasi. Satu array disediakan untuk setiap isotopomer yang akan dihitung.
Array dapat mencampur angka floating point dengan string yang menunjuk isotop.
Jika array ini tidak diberikan dan file11.dat ada, maka massa akan menjadi
diperoleh dengan mengkonversi nomor atom dalam file11. Jika massa tidak diberikan oleh
ISOTOPES atau dengan file11, maka tidak ada kuantitas terkait massa yang akan dihitung.

-g [nama file]
Baca koordinat Cartesian dari file selain file11.dat. Jika nama file tidak
diberikan, defaultnya adalah geom.dat. File alternatif diasumsikan dalam format
mirip dengan geom.dat PSI. Karena file tersebut tidak mengandung nomor atom,
momen inersia dan konstanta rotasi tidak dihitung jika opsi ini
digunakan.

BACA_GEOM = boolean
Opsi ini di input.dat memberi tahu geom untuk membaca geometri dari geom.dat di PSI
format geom.dat.

-a Parameter cetak untuk semua jarak pasangan.

PRINT_ALL_DIST = boolean
Sama seperti -a flag yang dijelaskan di atas.

-d jarak
Hanya parameter cetak yang melibatkan pasangan atom yang kurang dari jarak bohr
terpisah (nilai default adalah 4.0 bohr).

PRINT_DISTANCE = nilai
Sama seperti flag -d yang dijelaskan di atas.

-angstrom
Koordinat input dalam angstrom, bukan bohr.

ANGSTROM = boolean
If BENAR, koordinat input dalam angstrom bukan bohr. Standarnya adalah
SALAH.

Contoh berikut adalah untuk menghitung informasi geometris untuk air dengan:
beberapa isotop yang berbeda. Geometri dibaca dari geom.dat bukan dari
file11.dat.

geo: (
read_geom = benar
isotop = (
(OHH)
(ANEH)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 Juni, 1998 geom(1)

Gunakan geom online menggunakan layanan onworks.net