gff2ps - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

gff2ps - Menghasilkan output grafis PostScript dari file GFF.

RINGKASAN

gff2ps [opsi] -- gff_files

DESKRIPSI

Program ini menggambar DotPlots penuh warna dari file dengan bidang data berformat gff. NS
program mengambil sebagai input fitur beranotasi pada urutan genom dalam format GFF, dan
menghasilkan output visual dalam PostScript.

PILIHAN

-h Tampilkan ringkasan opsi.

-H
Hanya menampilkan bantuan untuk opsi yang ditentukan.

-V Mode verbose, laporan lengkap dikirim ke kesalahan standar (default hanya mengirim
Peringatan).

-v Mode senyap: Nonaktifkan semua peringatan, tidak ada pesan yang dikirim ke kesalahan standar.

-d Tulis (atau tulis ulang jika ada) file kustom default.

-D
Buat file kustom default baru dengan nama file yang diberikan.

-C
Muat file kustom yang diberikan dan tambahkan ke file kustom default (.gff2psrc).

-s
Berguna untuk mengubah ukuran halaman (default adalah a4).

-p Mengalihkan orientasi halaman ke Potret (defaultnya adalah Lanskap).

-G
Mengatur warna untuk FOREGROUND (standarnya adalah hitam).

-g
Mengatur warna untuk LATAR BELAKANG (standarnya adalah putih).

-P <#> Menetapkan berapa banyak halaman yang diperlukan untuk membagi output Anda (default adalah satu).

-S <#> Zoom nukleotida pertama (default adalah urutan asal).

-E <#> Zoom nukleotida terakhir (default adalah panjang urutan).

-B <#> Menetapkan blok per halaman (default adalah satu).

-N <#> Mengatur nukleotida per baris (default adalah posisi urutan terbesar dari input gff-
file).

-b Blok dari kiri ke kanan dan dari atas ke bawah (default adalah dari atas ke bawah terlebih dahulu).

-L Matikan Header (Area judul).

-T
Mendefinisikan judul (default adalah input nama file gff).

-t
Mendefinisikan subtitle (default tidak ada).

-l Tidak menunjukkan penomoran halaman.

-O Tidak menunjukkan tanggal.

-o Tidak menunjukkan waktu.

-M <#> Jumlah tanda centang utama per baris (default 10).

-K <#> Skala tanda centang utama dalam nukleotida, standarnya adalah panjang nukleotida untuk garis
dibagi dengan nomor tanda centang utama (lihat opsi -T).

-m <#> Jumlah tanda centang kecil di antara tanda centang utama (default 10).

-k <#> Skala tanda centang kecil dalam nukleotida default adalah ukuran tanda centang utama dibagi dengan
nomor tanda centang kecil (lihat opsi -t).

-w, -f Matikan tampilan elemen untai maju (Watson).

-C, -r Matikan tampilan elemen untai terbalik (Crick).

-i Nonaktifkan tampilan elemen independen untai.

-0
Mengatur warna untuk bingkai "0" (defaultnya adalah biru).

-1 Mengatur warna untuk bingkai "1" (defaultnya adalah merah).

-2 Mengatur warna untuk bingkai "2" (default adalah hijau).

-3 Menetapkan warna untuk bingkai "." (standarnya adalah oranye).

-n Matikan label untuk posisi elemen.

-a Matikan baris CopyRight pada plot.

LINGKUNGAN VARIABEL

Ada tiga variabel lingkungan yang dapat diatur oleh pengguna untuk preferensi mereka:

+ Anda dapat menentukan jalur di mana GFF2PS dapat menemukan file default dengan shell
variabel "GFF2PS_CFDIR". Nilai default adalah jalur tempat Anda menjalankan GFF2PS.
+ Anda juga dapat menentukan nama file kustom default yang Anda suka dengan variabel
"GFF2PS_CUSTOMFILE", nama file default program untuk file kustom adalah ".gff2psrc".
+ GFF2PS perlu menulis beberapa file sementara di direktori dengan izin untuk saat ini
pengguna untuk membaca dan menulis. Jalur direktori sementara default diatur ke "/ tmp /" tapi kamu bisa
tetapkan jalur direktori sementara yang berbeda menggunakan variabel "GFF2PS_TMP".

Mengatur vars itu di Bourne-Shell (bash):
ekspor GFF2PS_CFDIR="jalur"
ekspor GFF2PS_CUSTOMFILE="file_name"
ekspor GFF2PS_TMP="jalur"

Menggunakan C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "jalur"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "nama_file"
setenv GFF2PS_TMP "jalur"

KOMENTAR

* Warna yang ditentukan adalah:
Warna Dasar: hitam putih
Variable Warna: abu-abu magenta violet biru langit biru cyan hijau laut hijau limau hijau kuning
oranye merah coklat
Anda bisa mendapatkan lima corak warna dari Variable Colors dengan "verydark", "dark", "light" dan
awalan "sangat ringan". Contoh: verydarkseagreen darkseagreen seagreen seagreen lightseagreen
sangat ringan hijau laut

* Ukuran Halaman yang ditentukan adalah:
Dari A0 ke A10, dari B0 ke B10, 10x14, eksekutif, folio, buku besar, hukum, surat, kuarto,
pernyataan dan tabloid.

Gunakan gff2ps online menggunakan layanan onworks.net