gmap - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

gmap - Pemetaan Genomik dan Program Penyelarasan

RINGKASAN

gmap [PILIHAN...] <CEPAT arsip...>, or kucing | gmap [OPSI...]

PILIHAN

Memasukkan Pilihan (harus memasukkan -d or -g)
-D, --dir=direktori
Direktori genom. Default (seperti yang ditentukan oleh --with-gmadb ke program konfigurasi)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Basis data genom. Jika argumen adalah '?' (dengan tanda kutip), perintah ini mencantumkan
database yang tersedia.

-k, --kmer=INT
ukuran kmer untuk digunakan dalam basis data genom (nilai yang diizinkan: 16 atau kurang). Jika tidak
ditentukan, program akan menemukan ukuran kmer tertinggi yang tersedia dalam genom
Database

--contoh=INT
Pengambilan sampel untuk digunakan dalam database genom. Jika tidak ditentukan, program akan menemukan
nilai sampling terkecil yang tersedia dalam database genom dalam ukuran k-mer yang dipilih

-G, --genom penuh
Gunakan genom penuh (semua karakter ASCII diizinkan; dibuat secara eksplisit selama penyiapan), bukan
versi terkompresi

-g, --gseg=nama file
Segmen genom yang disediakan pengguna

-1, --menyelaraskan diri
Sejajarkan satu urutan dengan dirinya sendiri dalam format FASTA melalui stdin (Berguna untuk mendapatkan
translasi protein dari urutan nukleotida)

-2, --sejajarkan
Sejajarkan dua urutan dalam format FASTA melalui stdin, yang pertama adalah genomik dan yang kedua
salah satunya adalah cDNA

--cmdline=STRING,RANGKAIAN
Sejajarkan dua urutan yang disediakan pada baris perintah, yang pertama adalah genomik dan
yang kedua adalah cDNA

-q, --bagian=INT/ INT
Proses hanya ke-i dari setiap n urutan misalnya, 0/100 atau 99/100 (berguna untuk
mendistribusikan pekerjaan ke peternakan komputer).

--input-ukuran buffer=INT
Ukuran buffer input (program membaca banyak urutan ini sekaligus untuk efisiensi)
(bawaan 1000)

Opsi komputasi

-B, --kelompok=INT
Modus batch (default = 2)

Mode Mengimbangi Posisi Genom
0 lihat catatan mmap mmap
1 lihat catatan mmap & preload mmap
(default) 2 lihat catatan mmap & preload mmap & preload
3 lihat catatan alokasi mmap & preload
4 lihat catatan alokasi alokasikan
5 perluas alokasikan alokasikan

Catatan: Untuk urutan tunggal, semua struktur data menggunakan mmap
Jika mmap tidak tersedia dan alokasi tidak dipilih, maka akan menggunakan fileio (sangat lambat)

Perhatikan tentang --kelompok dan offset: Perluasan offset dapat dikontrol
secara mandiri oleh --expand-offset bendera. NS --kelompok=5 pilihan setara dengan
--kelompok=4 plus --expand-offset=1

--expand-offset=INT
Apakah akan memperluas nilai indeks offset genom: 0 (tidak, default), atau 1 (ya).
Ekspansi memberikan penyelarasan yang lebih cepat, tetapi membutuhkan lebih banyak memori

--tidak memperhatikan
Mematikan splicing (berguna untuk menyelaraskan urutan genom ke genom)

--min-intronpanjang=INT
Panjang minimum untuk satu intron internal (default 9). Di bawah ukuran ini, celah genom
akan dianggap sebagai penghapusan daripada intron.

-K, --intronpanjang=INT
Panjang maksimal untuk satu intron internal (default 200000)

-w, --localplicedist=INT
Panjang maksimum untuk situs sambungan yang diketahui di ujung urutan (default 2000000)

-L, --panjang total=INT
Panjang total intron maksimum (default 2400000)

-x, --margin-chimera=INT
Jumlah urutan yang tidak selaras yang memicu pencarian untuk urutan yang tersisa
(standar 30). Memungkinkan penyelarasan pembacaan chimeric, dan dapat membantu dengan beberapa
bacaan non-chimeric. Untuk mematikan, setel ke nol.

--tidak ada chimera
Menonaktifkan penemuan chimera. Efek yang sama seperti --margin-chimera=0

-t, --nutas=INT
Jumlah utas pekerja

-c, --chrsubset=tali
Batasi pencarian pada kromosom yang diberikan

-z, --arah=STRING
arah cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, atau
otomatis (bawaan))

-H, --trimendexon=INT
Pangkas ekson akhir dengan jumlah kecocokan yang lebih sedikit dari yang diberikan (dalam nt, default 9)

--mode kanonik=INT
Hadiah untuk intron kanonik dan semi-kanonik 0=hadiah rendah, 1=hadiah tinggi
(default), 2=hadiah rendah untuk urutan identitas tinggi dan hadiah tinggi sebaliknya

--lintas spesies
Gunakan pencarian yang lebih sensitif untuk penyambungan kanonik, yang membantu terutama untuk
keberpihakan lintas spesies dan kasus sulit lainnya

--izinkan-tutup-indels=INT
Izinkan penyisipan dan penghapusan berdekatan (0=tidak, 1=ya (default), 2=hanya
untuk penyelarasan berkualitas tinggi)

--microexon-spliceprob=FLOAT
Izinkan mikroekson hanya jika salah satu probabilitas situs sambungan lebih besar dari ini
nilai (default 0.95)

--cmetdir=STRING
Direktori untuk file indeks methylcytosine (dibuat menggunakan cmetindex) (default adalah
lokasi file indeks genom yang ditentukan menggunakan -D, -V, dan -d)

--atoidir=STRING
Direktori untuk file indeks pengeditan RNA A-to-I (dibuat menggunakan atoiindex) (defaultnya adalah
lokasi file indeks genom yang ditentukan menggunakan -D, -V, dan -d)

--mode=STRING
Mode penyelarasan: standar (default), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, atau ttoc-nonstranded. Mode non-standar membutuhkan
Anda sebelumnya telah menjalankan program cmetindex atau atoiindex (yang juga mencakup
mode ttoc) pada genom

-p, --tingkat pangkas
Tingkat pemangkasan: 0=tidak ada pemangkasan (default), 1=baris buruk, 2=baris berulang, 3=buruk dan
berulang-ulang

Jenis keluaran

-S, --Ringkasan
Tampilkan ringkasan keberpihakan saja

-A, --meluruskan
Tampilkan perataan

-3, --kontinu
Tampilkan keselarasan dalam tiga garis berkelanjutan

-4, --berkelanjutan-oleh-exon
Tampilkan keselarasan dalam tiga baris per ekson

-Z, --kompres
Hasil cetak dalam format terkompresi

-E, --ekson=STRING
Cetak ekson ("cdna" atau "genomic")

-P, --protein_dna
Urutan protein cetak (cDNA)

-Q, --protein_gen
Urutan protein cetak (genomik)

-f, --format=INT
Format lain untuk keluaran (perhatikan juga: -A dan -S opsi dan opsi lain yang terdaftar
di bawah jenis Output):
psl (atau 1) = format PSL (BLAT),
gff3_gene (atau 2) = format gen GFF3,
gff3_match_cdna (atau 3) = format cDNA_match GFF3,
gff3_match_est (atau 4) = format GFF3 EST_match,
splicesites (atau 6) = output splicesites (untuk file splicing GSNAP),
intron = keluaran intron (untuk file penyambungan GSNAP),
map_exons (atau 7) = format peta exon IIT FASTA,
map_ranges (atau 8) = format peta rentang IIT FASTA,
coords (atau 9) = coords dalam format tabel,
sampe = format SAM (pengaturan bit pair_read di flag),
samse = format SAM (tanpa pengaturan bit pair_read)

Opsi keluaran

-n, --njalan=INT
Jumlah maksimum jalur untuk ditampilkan (default 5). Jika disetel ke 1, GMAP tidak akan melaporkan
keberpihakan chimeric, karena itu menyiratkan dua jalur. Jika Anda ingin satu keselarasan
ditambah keberpihakan chimeric, lalu atur ini menjadi 0.

--skor suboptimal=INT
Laporkan hanya jalur yang skornya berada dalam nilai jalur terbaik ini. Secara default,
jika opsi ini tidak disediakan,
program mencetak semua jalur yang ditemukan.

-O, --dipesan
Hasil cetak dalam urutan yang sama dengan input (hanya relevan jika ada lebih dari satu pekerja
benang)

-5, --md5
Cetak checksum MD5 untuk setiap urutan kueri

-o, --chimera-tumpang tindih
Tumpang tindih untuk ditampilkan, jika ada, di titik putus chimera

--hanya gagal
Cetak hanya perataan yang gagal, yang tanpa hasil

--nofail
Kecualikan pencetakan perataan yang gagal

-V, --snpsdir=STRING
Direktori untuk file indeks SNP (dibuat menggunakan snpindex) (default adalah lokasi
file indeks genom yang ditentukan menggunakan -D dan -d)

-v, --gunakan-snps=STRING
Gunakan database yang berisi SNP yang diketahui (dalam .iit, dibangun sebelumnya menggunakan
snpindex) untuk toleransi terhadap SNP

--keluaran terpisah=STRING
Nama dasar untuk keluaran multi-file, secara terpisah untuk nomapping,
uniq, mult, (dan chimera, jika --margin-chimera dipilih)

--gagal-input=STRING
Cetak perataan yang benar-benar gagal sebagai input format FASTA atau FASTQ ke yang diberikan
mengajukan. jika --keluaran terpisah bendera juga diberikan, file ini dihasilkan sebagai tambahan
ke output dalam file .nomapping.

--tambahkan-keluaran
Ketika --keluaran terpisah or --gagal masukan diberikan, flag ini akan menambahkan output ke
file yang ada. Jika tidak, defaultnya adalah membuat file baru.

--ukuran buffer keluaran=INT
Ukuran buffer, dalam kueri, untuk utas keluaran (default 1000). Bila jumlah
hasil yang akan dicetak melebihi ukuran ini, utas pekerja dihentikan sampai
backlog dibersihkan

-F, --penuh
Asumsikan protein full-length, dimulai dengan Met

-a, --cdsmulai=INT
Terjemahkan kodon dari nukleotida yang diberikan (berbasis 1)

-T, --memotong
Memotong keselarasan di sekitar protein full-length, Met to Stop Implies -F bendera.

-Y, --toleran
Menerjemahkan cDNA dengan koreksi untuk pergeseran bingkai

Opsi untuk keluaran GFF3

--gff3-tambahkan-pemisah=INT
Apakah akan menambahkan pemisah ### setelah setiap urutan kueri Nilai: 0 (tidak), 1 (ya,
bawaan)

Opsi untuk keluaran SAM

--no-sam-header
Jangan cetak header yang diawali dengan '@'

--sam-gunakan-0M
Masukkan 0M di CIGAR antara penyisipan dan penghapusan yang berdekatan Diperlukan oleh Picard,
tetapi dapat menyebabkan kesalahan pada alat lain

--force-xs-dir
Untuk penyelarasan RNA-Seq, larang XS:A:? ketika arah indera tidak jelas, dan
mengganti nilai ini secara sewenang-wenang dengan XS:A:+. Mungkin berguna untuk beberapa program, seperti
sebagai Manset, yang tidak dapat menangani XS:A:?. Namun, jika Anda menggunakan bendera ini,
nilai XS:A:+ yang dilaporkan dalam kasus ini tidak akan berarti.

--md-huruf kecil-snp
Dalam string MD, ketika SNP yang diketahui diberikan oleh -v bendera,
mencetak perbedaan nukleotida sebagai huruf kecil ketika mereka,
berbeda dari referensi tetapi cocok dengan alel alternatif yang diketahui

--aksi-jika-cerutu-kesalahan
Tindakan yang harus diambil jika ada ketidaksepakatan antara panjang CIGAR dan panjang urutan
Nilai yang diizinkan: abaikan, peringatan (default), batalkan

--baca-grup-id=STRING
Nilai untuk dimasukkan ke dalam bidang read-group id (RG-ID)

--baca-nama-grup=STRING
Nilai untuk dimasukkan ke dalam bidang read-group name (RG-SM)

--baca-grup-perpustakaan=STRING
Nilai untuk dimasukkan ke dalam bidang perpustakaan kelompok baca (RG-LB)

--baca-grup-platform=STRING
Nilai untuk dimasukkan ke dalam bidang read-group library (RG-PL)

Pilihan untuk skor kualitas

--kualitas-protokol=STRING
Protokol untuk skor kualitas input. Nilai yang diizinkan: illumina (ASCII 64-126)
(setara dengan -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (setara dengan -J 33 -j 0)

Default adalah sanger (tidak ada pergeseran kualitas cetak)
File keluaran SAM harus memiliki skor kualitas dalam protokol sanger

Atau Anda dapat menentukan shift cetak dengan flag ini:

-j, --kualitas-cetak-shift=INT
Geser skor kualitas FASTQ dengan jumlah ini dalam output (default adalah 0 untuk sanger
protokol; untuk mengubah input Illumina ke output Sanger, pilih -31)

Opsi file peta eksternal

-M, --mapdir=direktori
Direktori peta

-m, --peta=file iit
berkas peta. Jika argumen adalah '?' (dengan tanda kutip),
ini daftar file peta yang tersedia.

-e, --mapexon
Petakan setiap ekson secara terpisah

-b, --petakeduanya
Laporkan hit dari kedua untai genom

-u, --mengapit=INT
Tampilkan pukulan mengapit (default 0)

--cetak-komentar
Tampilkan baris komentar untuk setiap hit

Opsi keluaran penyelarasan

-N, --tidak panjang
Tidak ada panjang intron yang sejajar

-I, --mode terbalik=INT
Mode untuk penyelarasan ke untai genom (-): 0=Jangan membalikkan cDNA (default)
1=Balikkan cDNA dan cetak untai genom (-) 2=Balikkan cDNA dan cetak genomik (+)
untai

-i, --introngap=INT
Nukleotida untuk ditampilkan di setiap ujung intron (default 3)

-l, --panjang bungkus=INT
Bungkus panjang untuk penyelarasan (default 50)

Memfilter opsi keluaran

--min-dipangkas-cakupan=FLOAT
Jangan mencetak perataan dengan cakupan yang dipangkas kurang dari nilai ini (default=0.0, yang
berarti tidak ada penyaringan) Perhatikan bahwa keberpihakan chimeric akan menjadi keluaran terlepas dari ini
menyaring

--min-identitas=FLOAT
Jangan cetak perataan dengan identitas dikurangi nilai ini (default=0.0, yang berarti tidak
penyaringan) Perhatikan bahwa keberpihakan chimeric akan dikeluarkan terlepas dari filter ini
Opsi bantuan

--memeriksa
Periksa asumsi kompiler

--Versi: kapan
Tampilkan versi

--membantu Tunjukkan pesan bantuan ini

Alat lain dari suite GMAP terletak di /usr/lib/gmap

Gunakan gmap online menggunakan layanan onworks.net