Ini adalah perintah gmt-musicp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmt music - Signifikansi Mutasi dalam Kanker (Analisis Mutasi Kanker)
VERSION
Dokumen ini menjelaskan gmt music versi 0.04 (2016-01-01 pukul 23:10:18)
RINGKASAN
musik gmn...
DESKRIPSI
Suite MuSiC adalah seperangkat alat yang bertujuan untuk menemukan pentingnya somatik
mutasi yang ditemukan dalam kelompok sampel kanker tertentu, dan sehubungan dengan berbagai
sumber data eksternal. Standar input yang dibutuhkan adalah:
1. bacaan yang dipetakan dalam format BAM
2. SNV atau indel yang diprediksi atau divalidasi dalam format anotasi mutasi (MAF)
3. daftar wilayah yang diminati (biasanya batas ekson pengkodean)
4. data klinis numerik atau kategoris yang relevan.
Format untuk input 3. dan 4. adalah:
3. File Wilayah yang Diinginkan:
· Jangan gunakan header
· 4 kolom, yaitu [posisi awal kromosom(berbasis 1) posisi berhenti(berbasis 1)
nama_gen]
4. File Data Klinis:
· Header diperlukan
· Setidaknya 1 kolom sample_id dan 1 kolom atribut, dengan format
[sample_id klinis_data_atribut klinis_data_atribut ...]
· Sample_id harus cocok dengan sample_id yang terdaftar di MAF di bawah
"Tumor_Sample_Barcode" untuk menghubungkan mutasi sampel ini.
· Header untuk setiap atribut_data klinis akan muncul di file output untuk
menunjukkan hubungan dengan data mutasi dari MAF.
Deskripsi untuk penggunaan setiap alat (setiap sub-perintah) dapat ditemukan secara terpisah.
Grafik bermain perintah menjalankan semua sub-perintah secara serial pada set input yang dipilih.
SUB-PERINTAH
UMUM
bmr
Hitung cakupan gen dan tingkat mutasi latar belakang.
korelasi klinis
Menghubungkan sifat fenotipik dengan gen yang bermutasi, atau dengan varian individu
kosmik-omim
Bandingkan perubahan asam amino dari mutasi yang dipasok ke database COSMIC dan OMIM.
galaksi
Jalankan rangkaian lengkap alat MuSiC secara berurutan.
hubungan mutasi
Identifikasi hubungan konkurensi mutasi atau eksklusivitas timbal balik dalam gen di seluruh
Kasus.
pemindaian jalur
Temukan jalur yang bermutasi secara signifikan dalam kohort yang diberi daftar mutasi somatik.
pfam
Tambahkan anotasi Pfam ke file MAF
bermain
Jalankan rangkaian lengkap alat MuSiC secara berurutan.
alur
Hasilkan plot dan visualisasi yang relevan untuk MuSiC.
kedekatan
Lakukan analisis kedekatan pada daftar mutasi.
sms
Identifikasi gen yang bermutasi secara signifikan.
kelangsungan hidup
Buat plot kelangsungan hidup dan nilai-P untuk fenotipe klinis dan mutasi.
Gunakan gmt-musicp online menggunakan layanan onworks.net
