gmx_d - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

gmx - rangkaian simulasi dinamika molekul

RINGKASAN

gmx [-[tidak]h] [-[tidak]tenang] [-[tidak]versi] [-[tidak]hak cipta] [-bagus ]
[-[tidak]cadangan]

DESKRIPSI

GROMACS adalah rangkaian program berfitur lengkap untuk melakukan simulasi dinamika molekul,
yaitu, untuk mensimulasikan perilaku sistem dengan ratusan hingga jutaan partikel menggunakan
persamaan gerak Newton. Ini terutama digunakan untuk penelitian tentang protein, lipid, dan
polimer, tetapi dapat diterapkan pada berbagai penelitian kimia dan biologi
pertanyaan.

PILIHAN

Pilihan lainnya:

-[tidak]h (tidak)
Cetak bantuan dan keluar

-[tidak]tenang (tidak)
Jangan mencetak info atau kutipan startup umum

-[tidak]versi (tidak)
Cetak informasi versi diperpanjang dan keluar

-[tidak]hak cipta (Iya)
Cetak informasi hak cipta saat startup

-bagus (19)
Atur nicelevel (default tergantung pada perintah)

-[tidak]cadangan (Iya)
Tulis cadangan jika ada file keluaran

GMX PERINTAH

Perintah berikut tersedia. Silakan merujuk ke halaman manual masing-masing atau gmx
membantu untuk informasi lebih lanjut.

Lintasan analisis
gmx-gangle(1)
Hitung sudut

jarak-gmx(1)
Hitung jarak antara pasangan posisi

volume bebas gmx(1)
Hitung volume bebas

gmx-pairdist(1)
Hitung jarak berpasangan antara kelompok posisi

gmx-rdf(1)
Hitung fungsi distribusi radial

gmx-sasa(1)
Hitung luas permukaan yang dapat diakses pelarut

gmx-pilih(1)
Cetak informasi umum tentang pilihan

Membangkitkan topologi dan koordinat
gmx-editconf(1)
Edit kotak dan tulis subgrup

gmx-x2top(1)
Hasilkan topologi primitif dari koordinat

gmx-solvat(1)
Memecahkan sistem

gmx-masukkan-molekul(1)
Masukkan molekul ke dalam lowongan yang ada

gmx-genconf(1)
Kalikan konformasi dalam orientasi 'acak'

gmx-genion(1)
Hasilkan ion monoatomik pada posisi yang menguntungkan secara energetik

gmx-genrestr(1)
Buat batasan posisi atau batasan jarak untuk grup indeks

gmx-pdb2gmx(1)
Konversikan file koordinat ke topologi dan file koordinat yang sesuai dengan FF

Running a simulasi
gmx-grompp(1)
Buat file input jalankan

gmx-mdrun(1)
Lakukan simulasi, lakukan analisis mode normal atau minimalisasi energi

gmx-konversi-tpr(1)
Buat file run-input yang dimodifikasi

Melihat lintasan
gmx-nmtraj(1)
Hasilkan lintasan berosilasi virtual dari vektor eigen

tampilan gmx(1)
Lihat lintasan pada terminal X-Windows

Pengolahan energi
gmx-enemat(1)
Ekstrak matriks energi dari file energi

gmx-energi(1)
Menulis energi ke file xvg dan menampilkan rata-rata

gmx-mdrun(1)
(Re)hitung energi untuk kerangka lintasan dengan -rerun

Konversi arsip
gmx-editconf(1)
Konversi dan manipulasi file struktur

gmx-eneconv(1)
Konversi file energi

gmx-sigeps(1)
Mengonversi kombinasi c6/12 atau c6/cn ke dan dari sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Menggabungkan file lintasan

gmx-trjconv(1)
Konversi dan manipulasi file lintasan

gmx-xpm2ps(1)
Konversi matriks XPM (XPixelMap) ke postscript atau XPM

Tools
analisis gmx(1)
Analisis kumpulan data

gmx-dyndom(1)
Interpolasi dan ekstrapolasi rotasi struktur

filter gmx(1)
Lintasan filter frekuensi, berguna untuk membuat film yang halus

gmx-kebohongan(1)
Perkirakan energi bebas dari kombinasi linier

gmx-morph(1)
Interpolasi secara linier antar konformasi

gmx-pme_error(1)
Perkirakan kesalahan menggunakan PME dengan file input yang diberikan

gmx-palsu(1)
Hitung energi bebas atau histogram lain dari histogram

gmx-spasial(1)
Hitung fungsi distribusi spasial

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, kotak, suhu dan energi rotasi dari lintasan

gmx-tune_pme(1)
Waktu mdrun sebagai fungsi peringkat PME untuk mengoptimalkan pengaturan

gmx-wham(1)
Lakukan analisis histogram tertimbang setelah pengambilan sampel payung

cek gmx(1)
Periksa dan bandingkan file

gmx-dump(1)
Jadikan file biner dapat dibaca manusia

gmx-make_ndx(1)
Buat file indeks

gmx-mk_angndx(1)
Hasilkan file indeks untuk 'sudut gmx'

gmx-trjorder(1)
Urutkan molekul menurut jaraknya terhadap suatu golongan

gmx-xpm2ps(1)
Konversi matriks XPM (XPixelMap) ke postscript atau XPM

Jarak antara struktur
gmx-cluster(1)
Struktur klaster

gmx-konfirmasi(1)
Pasang dua struktur dan hitung RMSD

gmx-rms(1)
Hitung RMSD dengan struktur referensi dan matriks RMSD

gmx-rmsf(1)
Hitung fluktuasi atom

Jarak in struktur lebih waktu
gmx-mindist(1)
Hitung jarak minimum antara dua kelompok

gmx-mdmat(1)
Hitung peta kontak residu

gmx-polystat(1)
Hitung sifat statis polimer

gmx-rmsdist(1)
Hitung jarak pasangan atom rata-rata dengan kekuatan -2, -3 atau -6

Massa distribusi properties lebih waktu
gmx-gyrate(1)
Hitung jari-jari girasi

gmx-msd(1)
Menghitung perpindahan kuadrat rata-rata

gmx-polystat(1)
Hitung sifat statis polimer

gmx-rdf(1)
Hitung fungsi distribusi radial

gmx-rotacf(1)
Hitung fungsi korelasi rotasi untuk molekul

gmx-rotmat(1)
Plot matriks rotasi untuk pemasangan ke struktur referensi

gmx-san(1)
Hitung spektrum hamburan neutron sudut kecil

gmx-saxs(1)
Hitung spektrum hamburan sinar-X sudut kecil

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, kotak, suhu dan energi rotasi dari lintasan

gmx-vanhove(1)
Hitung fungsi perpindahan dan korelasi Van Hove

menganalisis terikat interaksi
sudut gmx(1)
Hitung distribusi dan korelasi untuk sudut dan dihedral

gmx-mk_angndx(1)
Hasilkan file indeks untuk 'sudut gmx'

Struktural properties
gmx-anadock(1)
Struktur cluster dari Autodock berjalan

gmx-bundel(1)
Analisis kumpulan sumbu, misalnya, heliks

gmx-clustersize(1)
Hitung distribusi ukuran kluster atom

gmx-mengerikan(1)
Analisis batasan jarak

gmx-hbond(1)
Hitung dan analisis ikatan hidrogen

pesanan gmx(1)
Hitung parameter urutan per atom untuk ekor karbon

kepala sekolah gmx(1)
Hitung sumbu utama inersia untuk sekelompok atom

gmx-rdf(1)
Hitung fungsi distribusi radial

gmx-saltbr(1)
Hitung jembatan garam

gmx-sorient(1)
Analisis orientasi pelarut di sekitar zat terlarut

gmx-spol(1)
Menganalisis orientasi dipol pelarut dan polarisasi di sekitar zat terlarut

kinetis properties
gmx-bar(1)
Hitung perkiraan perbedaan energi bebas melalui rasio penerimaan Bennett

gmx-saat ini(1)
Hitung konstanta dielektrik dan fungsi autokorelasi saat ini

gmx-dos(1)
Analisis kepadatan keadaan dan sifat berdasarkan itu

gmx-dyecoupl(1)
Ekstrak dinamika pewarna dari lintasan

kepala sekolah gmx(1)
Hitung sumbu utama inersia untuk sekelompok atom

gmx-tcaf(1)
Hitung viskositas cairan

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, kotak, suhu dan energi rotasi dari lintasan

gmx-vanhove(1)
Hitung fungsi perpindahan dan korelasi Van Hove

gmx-velacc(1)
Hitung fungsi autokorelasi kecepatan

Elektrostatik properties
gmx-saat ini(1)
Hitung konstanta dielektrik dan fungsi autokorelasi saat ini

gmx-dielektrik(1)
Hitung konstanta dielektrik yang bergantung pada frekuensi

gmx-dipol(1)
Hitung total dipol ditambah fluktuasi

gmx-potensial(1)
Hitung potensial elektrostatik di seluruh kotak

gmx-spol(1)
Menganalisis orientasi dipol pelarut dan polarisasi di sekitar zat terlarut

gmx-genion(1)
Hasilkan ion monoatomik pada posisi yang menguntungkan secara energetik

Khusus protein analisis
gmx-do_dssp(1)
Tetapkan struktur sekunder dan hitung luas permukaan yang dapat diakses pelarut

gmx-chi(1)
Hitung semua yang ingin Anda ketahui tentang chi dan dihedral lainnya

gmx-helix(1)
Hitung sifat dasar heliks alfa

gmx-helixorient(1)
Hitung pitch/bending/rotasi/orientasi lokal di dalam heliks

gmx-rama(1)
Hitung plot Ramachandran

roda gmx(1)
Plot roda heliks

Antarmuka
gmx-bundel(1)
Analisis kumpulan sumbu, misalnya, heliks

kepadatan gmx(1)
Hitung densitas sistem

gmx-densmap(1)
Hitung peta kepadatan planar atau radial aksial 2D

gmx-densorder(1)
Hitung fluktuasi permukaan

gmx-h2order(1)
Hitung orientasi molekul air

gmx-hidorder(1)
Hitung parameter tetrahedralitas di sekitar atom tertentu

pesanan gmx(1)
Hitung parameter urutan per atom untuk ekor karbon

gmx-potensial(1)
Hitung potensial elektrostatik di seluruh kotak

Kovarian analisis
gmx-anaeig(1)
Analisis vektor eigen

gmx-covar(1)
Hitung dan diagonalisasi matriks kovarians

gmx-make_edi(1)
Hasilkan file input untuk pengambilan sampel dinamika penting

Normal mode
gmx-anaeig(1)
Analisis mode normal

gmx-nmeig(1)
Diagonalisasikan Hessian untuk analisis mode normal

gmx-nmtraj(1)
Hasilkan lintasan berosilasi virtual dari vektor eigen

gmx-nmens(1)
Hasilkan ansambel struktur dari mode normal

gmx-grompp(1)
Buat file input jalankan

gmx-mdrun(1)
Temukan energi potensial minimum dan hitung Hessian

HAK CIPTA

2015, tim pengembangan GROMACS

Gunakan gmx_d online menggunakan layanan onworks.net