gmx-density - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-density - Hitung kerapatan sistem

RINGKASAN

kepadatan gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[sekarang] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-padat ] [-ng ] [-[tidak]pusat]
[-[tidak]sim] [-[tidak]kerabat]

DESKRIPSI

gmx kepadatan menghitung kepadatan parsial di seluruh kotak, menggunakan file indeks.

Untuk densitas total simulasi NPT, gunakan gmx energi sebagai gantinya.

pilihan -pusat melakukan histogram binning relatif terhadap pusat arbitrer
grup, dalam koordinat kotak absolut. Jika Anda menghitung profil di sepanjang kotak sumbu Z
dimensi bZ, output akan dari -bZ/2 ke bZ/2 jika Anda memusatkan berdasarkan seluruh sistem.
Perhatikan bahwa perilaku ini telah berubah di GROMACS 5.0; versi sebelumnya hanya tampil sebagai
binning statis di (0,bZ) dan menggeser output. Sekarang kita menghitung pusat untuk setiap frame
dan bin di (-bZ/2,bZ/2).

pilihan -sim simetris output di sekitar pusat. Ini akan otomatis menyala
-pusat juga. Pilihan -relatif melakukan binning secara relatif alih-alih kotak absolut
koordinat, dan skala output akhir dengan dimensi kotak rata-rata di sepanjang output
sumbu. Ini dapat digunakan dalam kombinasi dengan -pusat.

Massa jenis dinyatakan dalam kg/m^3, dan kerapatan bilangan atau kerapatan elektron juga dapat
dihitung. Untuk kerapatan elektron, file yang menjelaskan jumlah elektron untuk masing-masing
jenis atom harus disediakan menggunakan -ei. Seharusnya terlihat seperti:

2
nama atom = nrelektron
nama atom = nrelektron

Baris pertama berisi jumlah baris yang akan dibaca dari file. Harus ada satu
baris untuk setiap nama atom unik di sistem Anda. Jumlah elektron setiap atom adalah
dimodifikasi oleh muatan parsial atomnya.

PERTIMBANGAN PENTING UNTUK BILAYER

Salah satu skenario penggunaan yang paling umum adalah menghitung kepadatan berbagai grup
melintasi bilayer lipid, biasanya dengan sumbu z menjadi arah normal. Ringkasnya
simulasi, sistem kecil, dan ukuran kotak tetap ini akan berfungsi dengan baik, tetapi untuk lebih
kasus umum lipid bilayers bisa rumit. Masalah pertama yang sementara keduanya
protein dan lipid memiliki kompresibilitas volume yang rendah, lipid memiliki luas yang cukup tinggi
kompresibilitas. Ini berarti bentuk kotak (ketebalan dan luas/lipid) akan berfluktuasi
secara substansial bahkan untuk sistem yang sepenuhnya santai. Karena GROMACS menempatkan kotak di antara
asal dan koordinat positif, ini pada gilirannya berarti bahwa bilayer berpusat di dalam kotak
akan bergerak sedikit naik/turun karena fluktuasi ini, dan merusak profil Anda. Yang paling mudah
cara untuk memperbaikinya (jika Anda ingin kopling tekanan) adalah dengan menggunakan -pusat pilihan itu
menghitung profil kepadatan terhadap pusat kotak. Perhatikan bahwa Anda bisa
masih berpusat pada bagian bilayer bahkan jika Anda memiliki sistem non-simetris yang kompleks dengan a
bilayer dan, katakanlah, protein membran - maka output kami hanya akan memiliki nilai lebih pada satu
sisi referensi asal (tengah).

Bahkan perhitungan terpusat akan menyebabkan beberapa profil keluaran tercoreng, seperti
lipid sendiri dikompresi dan diperluas. Dalam kebanyakan kasus, Anda mungkin menginginkan ini (karena
itu sesuai dengan eksperimen makroskopik), tetapi jika Anda ingin melihat detail molekul
Anda bisa menggunakan -relatif opsi untuk mencoba menghapus lebih banyak lagi efek volume
fluktuasi.

Akhirnya, bilayers besar yang tidak mengalami tegangan permukaan akan menunjukkan undulatory
fluktuasi, di mana ada 'gelombang' yang terbentuk dalam sistem. Ini adalah dasar
milik sistem biologis, dan jika Anda membandingkannya dengan eksperimen, kemungkinan besar Anda
ingin memasukkan efek mengolesi undulasi.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel

-ei [<.dat>] (elektron.dat) (Opsional)
File data umum

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (kepadatan.xvg)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-d (Z)
Ambil garis normal pada membran dalam arah X, Y atau Z.

-sl (50)
Bagilah kotak dalam jumlah irisan ini.

-padat (massa)
Massa jenis: massa, jumlah, muatan, elektron

-ng (1)
Jumlah grup yang akan dihitung kepadatannya.

-[tidak]pusat (tidak)
Lakukan binning relatif terhadap bagian tengah kotak (mengubah). Berguna untuk
bilayer.

-[tidak]sim (tidak)
Simetriskan kerapatan sepanjang sumbu, terhadap pusat. Berguna untuk
bilayer.

-[tidak]kerabat (tidak)
Gunakan koordinat relatif untuk mengubah kotak dan skala output dengan dimensi rata-rata.

DIKETAHUI MASALAH

· Saat menghitung kerapatan elektron, nama atom digunakan sebagai pengganti jenis. Ini buruk.

Gunakan gmx-density online menggunakan layanan onworks.net