Ini adalah perintah gmx-lie yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator atau MAC OS online emulator
PROGRAM:
NAMA
gmx-lie - Perkirakan energi bebas dari kombinasi linier
RINGKASAN
gmx bohong [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[sekarang] [-xvg ] [-Eljo ] [-Persamaan ]
[-Cljo ] [-Cqq ] [-ligan ]
DESKRIPSI
gmx berbohong menghitung perkiraan energi bebas berdasarkan analisis energi dari nonbonded
energi. Seseorang membutuhkan file energi dengan komponen berikut: Coul-(AB) LJ-SR (AB)
dan sebagainya
Untuk memanfaatkan g_lie dengan benar, dua simulasi diperlukan: satu dengan molekul
bunga terikat pada reseptornya dan satu dengan molekul dalam air. Keduanya perlu memanfaatkan
energigrps sehingga suku Coul-SR(AB), LJ-SR(AB), dll. ditulis ke .edr file.
Nilai dari simulasi molekul-dalam-air diperlukan untuk memasok nilai yang sesuai
untuk -Elj dan -Persamaan.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.edr>] (ener.edr)
file energi
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.xvg>] (kebohongan.xvg)
file xvgr/xmgr
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)
-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada
-Eljo (0)
Interaksi Lennard-Jones antara ligan dan pelarut
-Persamaan (0)
Interaksi Coulomb antara ligan dan pelarut
-Cljo (0.181)
Faktorkan dalam persamaan LIE untuk komponen energi Lennard-Jones
-Cqq (0.5)
Faktor dalam persamaan LIE untuk komponen energi Coulomb
-ligan (Tidak ada)
Nama ligan dalam file energi
Gunakan gmx-lie online menggunakan layanan onworks.net
