gmx-morph - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-morph - Interpolasi linear antar konformasi

RINGKASAN

gmx morf [-f1 [<.gro/.g96/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-Atau [<.xvg>]] [-[sekarang]
[-xvg ] [-semesteran ] [-pertama ]
[-terakhir ] [-[tidak]cocok]

DESKRIPSI

gmx morf melakukan interpolasi linier dari konformasi untuk membuat intermediet.
Tentu saja ini sama sekali tidak bersifat fisik, tetapi Anda mungkin mencoba membenarkan diri sendiri.
Outputnya berupa lintasan generik. Jumlah zat antara dapat berupa
dikendalikan dengan -semesteran bendera. Bendera pertama dan terakhir sesuai dengan cara
interpolasi: 0 sesuai dengan struktur input 1 sedangkan 1 sesuai dengan struktur input
2. Jika Anda menentukan -pertama <0 atau -terakhir > 1 ekstrapolasi akan berada di jalur dari input
struktur x_1 sampai x_2. Secara umum, koordinat perantara x(i) dari N total
perantara sesuai dengan:

x(i) = x_1 + (pertama+(i/(N-1))*(terakhir-pertama))*(x_2-x_1)

Akhirnya RMSD sehubungan dengan kedua struktur input dapat dihitung jika secara eksplisit
terpilih (-Atau pilihan). Dalam hal ini, file indeks dapat dibaca untuk memilih grup dari
dimana RMS dihitung.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f1 [<.gro/.g96/...>] (conf1.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya tpr

-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya tpr

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xtc/.trr/...>] (interterm.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-Atau [<.xvg>] (rms-interterm.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-semesteran (11)
Jumlah perantara

-pertama (0)
Sesuai dengan struktur yang dihasilkan pertama (0 adalah input x_1, lihat di atas)

-terakhir (1)
Sesuai dengan struktur yang dihasilkan terakhir (1 adalah input x_2, lihat di atas)

-[tidak]cocok (Iya)
Lakukan kecocokan kuadrat terkecil dari struktur kedua ke struktur pertama sebelum interpolasi

Gunakan gmx-morph online menggunakan layanan onworks.net