Ini adalah perintah gmx-msd yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-msd - Menghitung perpindahan kuadrat rata-rata
RINGKASAN
msd gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-Anda ] [-[sekarang] [-xvg ]
[-Jenis ] [-lateral ] [-[bukan sepuluh] [-nggrup ]
[-[tidak]mw] [-[tidak]rmcomm] [-tpdb ] [-restart ]
[-mulai ] [-akhir cocok ]
DESKRIPSI
gmx msd menghitung perpindahan kuadrat rata-rata (MSD) atom dari satu set awal
posisi. Ini memberikan cara mudah untuk menghitung konstanta difusi menggunakan Einstein
hubungan. Waktu antara titik referensi untuk perhitungan MSD diatur dengan
-restart. Konstanta difusi dihitung dengan kuadrat terkecil yang sesuai dengan garis lurus
(D*t + c) melalui MSD(t) dari -mulai untuk -akhir cocok (perhatikan bahwa t adalah waktu dari
posisi referensi, bukan waktu simulasi). Estimasi kesalahan diberikan, yaitu
perbedaan koefisien difusi yang diperoleh dari kecocokan pada dua bagian kecocokan
selang.
Ada tiga opsi, saling eksklusif, untuk menentukan berbagai jenis kuadrat rata-rata
pemindahan: -Jenis, -lateral dan -sepuluh. Pilihan -sepuluh menulis tensor MSD lengkap untuk masing-masing
grup, urutan outputnya adalah: trace xx yy zz yx zx zy.
If -mol sudah diatur, gmx msd memplot MSD untuk molekul individu (termasuk membuat molekul
seluruh melintasi batas periodik): untuk setiap molekul individu konstanta difusi adalah
dihitung untuk pusat massanya. Kelompok indeks yang dipilih akan dipecah menjadi molekul.
Cara default untuk menghitung MSD adalah dengan menggunakan rata-rata tertimbang massa. Ini bisa berubah
off dengan -sekarang.
Dengan opsi -rmcomm, pusat gerak massa kelompok tertentu dapat dihilangkan. Untuk
lintasan yang dihasilkan dengan GROMACS ini biasanya tidak diperlukan, karena gmx mdrun biasanya
sudah menghilangkan pusat gerak massa. Saat Anda menggunakan opsi ini, pastikan bahwa
seluruh sistem disimpan dalam file lintasan.
Koefisien difusi ditentukan oleh regresi linier MSD, di mana, tidak seperti untuk
output normal D, waktu dibobot sesuai dengan jumlah referensi
poin, yaitu waktu yang singkat memiliki bobot yang lebih tinggi. Juga kapan -beginfit``=-1, pas dimulai at
10% dan ketika ``-endfit``=-1, sesuai pergi untuk 90%. Menggunakan ini Option satu juga mendapat an
tepat kesalahan memperkirakan berdasarkan on itu statistika antara sendiri-sendiri molekul. Note bahwa
ini difusi koefisien dan kesalahan memperkirakan adalah hanya tepat ketika itu MSD is sama sekali
linear antara ``-mulai dan -akhir cocok.
pilihan -pdb menulis .pdb file dengan koordinat bingkai pada waktu -tpdb dalam
B-faktor lapangan akar kuadrat dari koefisien difusi molekul. Pilihan ini
menyiratkan pilihan -mol.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.xvg>] (msd.xvg)
file xvgr/xmgr
-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr
-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Opsional)
File bank data protein
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s
-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada
-Jenis (tidak)
Hitung koefisien difusi dalam satu arah: tidak, x, y, z
-lateral (tidak)
Hitung difusi lateral pada bidang yang tegak lurus terhadap: no, x, y, z
-[bukan sepuluh (tidak)
Hitung tensor penuh
-nggrup (1)
Jumlah grup untuk menghitung MSD untuk
-[tidak]mw (Iya)
MSD tertimbang massa
-[tidak]rmcomm (tidak)
Hapus pusat gerakan massa
-tpdb (0)
Bingkai yang akan digunakan untuk opsi -pdb (ps)
-restart (10)
Waktu antara memulai kembali titik dalam lintasan (ps)
-mulai (-1)
Waktu mulai untuk pemasangan MSD (ps), -1 adalah 10%
-akhir cocok (-1)
Waktu akhir untuk pemasangan MSD (ps), -1 adalah 90%
Gunakan gmx-msd online menggunakan layanan onworks.net
