gmx-sham - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-sham - Hitung energi bebas atau histogram lain dari histogram

RINGKASAN

gmx palsu [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ena [<.xvg>]] [-jarak [<.xvg>]]
[-sejarah [<.xvg>]] [-tempat sampah [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-l [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[sekarang] [-xvg ]
[-[tidak]waktu] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[anggukan] [-[tidak]palsu] [-tsham ]
[-pm ] [-redup ] [-grid ]
[-xmin ] [-xmaks ] [-pmaks ]
[-gmaks ] [-emin ] [-emas ]
[-nlevel ]

DESKRIPSI

gmx palsu membuat plot energi bebas, entalpi, dan entropi multidimensi. gmx palsu membaca
satu atau lebih .xvg file dan menganalisis kumpulan data. Tujuan dasar dari gmx palsu adalah untuk merencanakan
Lanskap energi bebas Gibbs (opsi -l) oleh Bolzmann pembalik multi-dimensi
histogram (opsi -lp), tetapi juga dapat membuat entalpi (pilihan -lsh) dan entropi (opsi
-lss) plot. Histogram dapat dibuat untuk jumlah berapa pun yang disediakan pengguna. Sebuah garis masuk
file input dapat dimulai dengan waktu (lihat opsi -waktu) dan sejumlah y-nilai boleh
mengikuti. Beberapa set juga dapat dibaca ketika dipisahkan oleh & (opsi -n), di dalam
kasus hanya satu y-nilai dibaca dari setiap baris. Semua baris yang dimulai dengan # dan @ adalah
dilewati.

pilihan -ge dapat digunakan untuk memasok file dengan energi bebas ketika ansambel tidak a
Ansambel Boltzmann, tetapi perlu dibiaskan oleh energi bebas ini. Satu nilai energi bebas adalah
diperlukan untuk setiap titik data (multidimensi) dalam -f memasukkan.

pilihan -ena dapat digunakan untuk memasok file dengan energi. Energi ini digunakan sebagai
fungsi pembobotan dalam metode analisis histogram tunggal oleh Kumar et al. Kapan
suhu disediakan (sebagai kolom kedua dalam file), pembobotan eksperimental
skema diterapkan. Selain itu vales digunakan untuk membuat plot entalpi dan entropi.

Dengan pilihan -redup, dimensi dapat diberikan untuk jarak. Jika jaraknya 2- atau
3-dimensi, keliling atau permukaan sampel oleh dua partikel meningkat dengan
jarak yang semakin jauh. Tergantung pada apa yang ingin ditampilkan, seseorang dapat memilih untuk mengoreksi
histogram dan energi bebas untuk efek volume ini. Probabilitas dinormalisasi oleh r
dan r^2 untuk dimensi 2 dan 3, masing-masing. Nilai -1 digunakan untuk menunjukkan
sudut dalam derajat antara dua vektor: normalisasi sin(sudut) akan diterapkan. Note
bahwa untuk sudut antara vektor hasil kali dalam atau kosinus adalah kuantitas alami untuk
gunakan, karena akan menghasilkan sampah dengan volume yang sama.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xvg>] (grafik.xvg)
file xvgr/xmgr

-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ena [<.xvg>] (esham.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-jarak [<.xvg>] (ener.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-sejarah [<.xvg>] (edit.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-tempat sampah [<.ndx>] (bindex.ndx) (Opsional)
File indeks

-lp [<.xpm>] (masalah.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-l [<.xpm>] (gibbs.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-lsh [<.xpm>] (entalpi.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-lss [<.xpm>] (entropi.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (Opsional)
File bank data protein

-g [<.log>] (shamlog.log) (Opsional)
File log

Pilihan lainnya:

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]waktu (Iya)
Harapkan waktu dalam input

-b (-1)
Pertama kali membaca dari set

-e (-1)
Terakhir kali membaca dari set

-ttol (0)
Toleransi tepat waktu dalam satuan yang sesuai (biasanya ps)

-n (1)
Baca jumlah set ini yang dipisahkan oleh garis yang hanya berisi ampersand

-[anggukan (tidak)
Gunakan turunan

-[tidak]palsu (Iya)
Matikan pembobotan energi bahkan jika energi diberikan

-tsham (298.15)
Suhu untuk analisis histogram tunggal

-pm (0)
Probabilitas minimal. Apa pun yang lebih rendah dari ini akan disetel ke nol

-redup (1 1 1)
Dimensi untuk jarak, digunakan untuk koreksi volume (nilai maks 3, dimensi > 3
akan mendapatkan nilai yang sama dengan yang terakhir)

-grid (32 32 32)
Jumlah tempat sampah untuk lanskap energi (nilai maks 3, dimensi > 3 akan mendapatkan
nilai yang sama dengan yang terakhir)

-xmin (0 0 0)
Minimum untuk sumbu dalam lanskap energi (lihat di atas untuk > 3 dimensi)

-xmaks (1 1 1)
Maksimum untuk sumbu dalam lanskap energi (lihat di atas untuk > 3 dimensi)

-pmaks (0)
Probabilitas maksimum dalam output, default adalah menghitung

-gmaks (0)
Energi bebas maksimum dalam output, standarnya adalah hitung

-emin (0)
Entalpi minimum dalam output, defaultnya adalah hitung

-emas (0)
Entalpi maksimum dalam output, standarnya adalah hitung

-nlevel (25)
Jumlah level untuk lanskap energi

Gunakan gmx-sham online menggunakan layanan onworks.net