gmx-sorient - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-sorient - Menganalisis orientasi pelarut di sekitar zat terlarut

RINGKASAN

arah gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-tidak [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]]
[-bersama [<.xvg>]] [-rc [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[sekarang] [-xvg ] [-[tidak]com] [-[tidak]v23]
[-rmin ] [-max ] [-kbin ]
[-rbin ] [-[tidak]pbc]

DESKRIPSI

gmx mengarahkan menganalisis orientasi pelarut di sekitar zat terlarut. Ini menghitung dua sudut antara
vektor dari satu atau lebih posisi referensi ke atom pertama setiap pelarut
molekul:

· theta_1: sudut dengan vektor dari atom pertama molekul pelarut ke
titik tengah antara atom 2 dan 3.

· theta_2: sudut dengan normal bidang pelarut, didefinisikan oleh tiga yang sama
atom, atau, ketika opsi -v23 diatur, sudut dengan vektor antara atom 2 dan
3.

Referensi dapat berupa kumpulan atom atau pusat massa dari kumpulan atom. Grup dari
atom pelarut harus terdiri dari 3 atom per molekul pelarut. Hanya molekul pelarut
antara -rmin dan -max dipertimbangkan untuk -o dan -tidak setiap bingkai.

-o: distribusi cos(theta_1) untuk rmin<=r<=rmax.

-tidak: distribusi cos(theta_2) untuk rmin<=r<=rmax.

-ro: dan <1cos(^3theta_2)-2> sebagai fungsi jarak.

-bersama: jumlah semua molekul pelarut dalam jarak r dari cos(theta_1) dan
3cos(^2(theta_2)-1) sebagai fungsi dari r.

-rc: distribusi molekul pelarut sebagai fungsi dari r

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (sori.xvg)
file xvgr/xmgr

-tidak [<.xvg>] (mendengkur.xvg)
file xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (urutan.xvg)
file xvgr/xmgr

-bersama [<.xvg>] (sampah.xvg)
file xvgr/xmgr

-rc [<.xvg>] (hitungan.xvg)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]com (tidak)
Gunakan pusat massa sebagai posisi referensi

-[tidak]v23 (tidak)
Gunakan vektor antara atom 2 dan 3

-rmin (0)
Jarak minimum (nm)

-max (0.5)
Jarak maksimum (nm)

-kbin (0.02)
Binwidth untuk kosinus

-rbin (0.02)
Lebar biner untuk r (nm)

-[tidak]pbc (tidak)
Periksa PBC untuk pusat perhitungan massa. Hanya diperlukan saat referensi Anda
kelompok terdiri dari beberapa molekul.

Gunakan gmx-sorient online menggunakan layanan onworks.net