gt-csa - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gt-csa - Mengubah keberpihakan yang disambung dari file GFF3 menjadi penyelarasan yang disambung konsensus.

RINGKASAN

gt CSA [opsi ...] [GFF3_file]

DESKRIPSI

-join-panjang [nilai]
atur panjang gabungan untuk pengelompokan perataan yang disambung (default: 300)

-v [ya|tidak]
bertele-tele (default: tidak)

-o [nama file]
redirect output ke file yang ditentukan (default: undefined)

-gzip [ya|tidak]
tulis file keluaran terkompresi gzip (default: tidak)

-bzip2 [ya|tidak]
tulis file output terkompresi bzip2 (default: tidak)

-memaksa [ya|tidak]
paksa menulis ke file keluaran (default: tidak)

-bantu
tampilkan bantuan dan keluar

-versi
tampilkan informasi versi dan keluar

CONTOH:

Mari kita asumsikan kita memiliki file GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 yang berisi
mengikuti empat keberpihakan yang disambung yang tumpang tindih (diwakili sebagai gen dengan ekson sebagai
anak-anak):

##gff-versi 3
##urutan-wilayah barisan 1 290
seq. gen 1 . + . ID=gen209
seq. ekson 1 90 . + . Induk = gen1
seq. ekson 110 190 . + . Induk = gen1
seq. ekson 201 209 . + . Induk = gen1
# # #
seq. gen 1 . + . ID=gen290
seq. ekson 1 90 . + . Induk = gen2
seq. ekson 101 190 . + . Induk = gen2
seq. ekson 201 290 . + . Induk = gen2
# # #
seq. gen 10 . + . ID=gen290
seq. ekson 10 90 . + . Induk = gen3
seq. ekson 110 190 . + . Induk = gen3
seq. ekson 201 290 . + . Induk = gen3
# # #
seq. gen 181 . + . ID=gen290
seq. ekson 181 190 . + . Induk = gen4
seq. ekson 201 290 . + . Induk = gen4
# # #

Untuk menghitung keberpihakan yang disambung konsensus, kami memanggil:

$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3

Yang mengembalikan:

##gff-versi 3
##urutan-wilayah barisan 1 290
seq gt csa gen 1 290 . + . ID=gen1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA1;Induk=gen1
seq gt csa exon 1 90 . + . Induk = mRNA1
seq gt csa exon 110 190 . + . Induk = mRNA1
seq gt csa exon 201 290 . + . Induk = mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA2;Induk=gen1
seq gt csa exon 1 90 . + . Induk = mRNA2
seq gt csa exon 101 190 . + . Induk = mRNA2
seq gt csa exon 201 290 . + . Induk = mRNA2
# # #

Seperti yang bisa dilihat, mereka telah digabungkan menjadi penyelarasan yang disambung konsensus (diwakili sebagai
gen dengan mRNA sebagai anak-anak yang pada gilirannya memiliki ekson sebagai anak-anak) dengan dua alternatif
bentuk sambungan. Perataan sambungan pertama dan ketiga telah digabungkan menjadi yang pertama
bentuk sambungan alternatif (mRNA1) dan penyelarasan sambungan kedua dan keempat menjadi
bentuk sambungan alternatif kedua (mRNA2).

Seperti yang bisa dilihat, ekson kedua dari bentuk sambungan alternatif pertama lebih pendek dari
ekson yang sesuai dari bentuk sambungan alternatif kedua.

PELAPORAN BUG

Laporkan bug ke[email dilindungi]>.

Gunakan gt-csa online menggunakan layanan onworks.net