Ini adalah perintah gt-eval yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gt-eval - Membandingkan file anotasi dan menunjukkan ukuran akurasi (prediksi vs. referensi).
RINGKASAN
gt evaluasi reference_file prediksi_file
DESKRIPSI
-nuk [ya|tidak]
mengevaluasi tingkat nukleotida (konsumsi memori sebanding dengan ukuran file input)
(default: ya)
-ltr [ya|tidak]
mengevaluasi prediksi retrotransposon LTR alih-alih prediksi gen (semua
Elemen LTR_retrotransposon dianggap memiliki untai yang tidak ditentukan) (default:
tidak)
-ltrdelta [nilai]
atur delta yang diizinkan untuk batas LTR agar dianggap sama (default: 20)
-v [ya|tidak]
bertele-tele (default: tidak)
-o [nama file]
redirect output ke file yang ditentukan (default: undefined)
-gzip [ya|tidak]
tulis file keluaran terkompresi gzip (default: tidak)
-bzip2 [ya|tidak]
tulis file output terkompresi bzip2 (default: tidak)
-memaksa [ya|tidak]
paksa menulis ke file keluaran (default: tidak)
-bantu
tampilkan bantuan dan keluar
-versi
tampilkan informasi versi dan keluar
Program menunjukkan nilai sensitivitas dan spesifisitas untuk jenis fitur tertentu (misalnya,
gen, mRNA, dan ekson). Untuk beberapa jenis fitur, jumlah fitur yang hilang dan salah dari
jenis itu juga ditampilkan. Dengan demikian, "hilang" berarti jumlah fitur dari jenis itu dari
"referensi" tanpa tumpang tindih dengan fitur jenis itu dari "prediksi". Keburukan
sebaliknya, "salah" menunjukkan jumlah fitur jenis itu dari "prediksi" tanpa
tumpang tindih dengan fitur jenis itu dari "referensi".
PELAPORAN BUG
Laporkan bug ke[email dilindungi]>.
Gunakan gt-eval online menggunakan layanan onworks.net