gt-extractfeat - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gt-extractfeat - Ekstrak fitur yang diberikan dalam file GFF3 dari file urutan.

RINGKASAN

gt ekstrakfeat [opsi ...] [GFF3_file]

DESKRIPSI

-Jenis [tali]
atur jenis fitur yang akan diekstrak (default: tidak terdefinisi)

-Ikuti [ya|tidak]
gabungkan urutan fitur dalam subgraf yang sama menjadi satu (default: tidak)

-menerjemahkan [ya|tidak]
menerjemahkan fitur (dari urutan DNA) menjadi protein (default: tidak)

-seqid [ya|tidak]
tambahkan ID urutan fitur yang diekstraksi ke deskripsi FASTA (default: tidak)

-target [ya|tidak]
tambahkan ID target dari fitur yang diekstraksi ke deskripsi FASTA (default: tidak)

-koordinat [ya|tidak]
tambahkan lokasi fitur yang diekstraksi ke deskripsi FASTA (default: tidak)

-retainid [ya|tidak]
gunakan atribut ID dari fitur yang diekstraksi sebagai deskripsi FASTA (default: tidak)

-kode g [nilai]
tentukan kode genetik yang akan digunakan (default: 1)

-seqfile [nama file]
atur file urutan untuk mengambil urutan (default: tidak terdefinisi)

-encseq [nama file]
atur nama indeks urutan yang disandikan untuk mengambil urutan (default:
tidak terdefinisi)

-seqfiles
atur file urutan untuk mengekstrak fitur yang digunakan -- untuk mengakhiri daftar
dari file urutan

-pertandingan [ya|tidak]
cari deskripsi urutan dari file input untuk ID urutan yang diinginkan (dalam
GFF3), melaporkan kecocokan pertama (default: tidak)

-pertandingandescstart [ya|tidak]
sama persis dengan deskripsi urutan dari file input untuk urutan yang diinginkan
ID (dalam GFF3) dari awal hingga spasi pertama (default: no)

-digunakan [ya|tidak]
gunakan deskripsi urutan untuk memetakan ID urutan (dalam GFF3) ke urutan sebenarnya
entri. Jika deskripsi berisi rentang urutan (misalnya, III:1000001..2000000),
bagian pertama digunakan sebagai ID urutan (III) dan posisi jangkauan pertama sebagai offset
(1000001) (default: tidak)

-pemetaan wilayah [tali]
atur file yang berisi wilayah urutan ke pemetaan file urutan (default: tidak ditentukan)

-v [ya|tidak]
bertele-tele (default: tidak)

-lebar [nilai]
atur lebar keluaran untuk pencetakan urutan FASTA (0 menonaktifkan pemformatan) (default: 0)

-o [nama file]
redirect output ke file yang ditentukan (default: undefined)

-gzip [ya|tidak]
tulis file keluaran terkompresi gzip (default: tidak)

-bzip2 [ya|tidak]
tulis file output terkompresi bzip2 (default: tidak)

-memaksa [ya|tidak]
paksa menulis ke file keluaran (default: tidak)

-bantu
tampilkan bantuan dan keluar

-versi
tampilkan informasi versi dan keluar

Nomor kode genetik untuk opsi -kode g:

1: Standar 2: Mitokondria Vertebrata 3: Mitokondria Ragi 4: Mitokondria Jamur;
Mitokondria Protozoa; Mitokondria Coelenterate; Mikoplasma; Spiroplasma 5:
Mitokondria Invertebrata 6: Nuklir Ciliata; Nuklir Dasycladacean; Heksamita Nuklir 9:
Echinodermata Mitokondria; Mitokondria Cacing Pipih 10: Nuklir Euplotid 11: Bakteri,
Archaeal dan Plant Plastid 12: Nuklir Ragi Alternatif 13: Mitokondria Ascidian 14:
Mitokondria Cacing Pipih Alternatif 15: Blepharisma Makronuklear 16: Chlorophycean
Mitokondria 21: Trematoda Mitokondria 22: Scenedesmus obliquus Mitokondria 23:
Thraustochytrium Mitokondria 24: Pterobranchia Mitokondria 25: Kandidat Divisi SR1
dan Gracilibacteria

Format file untuk opsi -pemetaan wilayah:

File yang disediakan untuk opsi -regionmapping mendefinisikan "pemetaan". Sebuah pemetaan memetakan
entri urutan-wilayah diberikan dalam GFF3_file ke file urutan yang berisi
urutan yang sesuai. Pemetaan dapat didefinisikan dalam salah satu dari dua bentuk berikut:

pemetaan = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

pemetaan fungsi(sequence_region)
kembalikan "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
akhir

Bentuk pertama mendefinisikan sebuah Lua (http://www.lua.org) tabel bernama "pemetaan" yang memetakan masing-masing
wilayah urutan ke file urutan yang sesuai. Yang kedua mendefinisikan fungsi Lua
"mapping", yang harus mengembalikan nama file urutan ketika dipanggil dengan
sequence_region sebagai argumen.

PELAPORAN BUG

Laporkan bug ke[email dilindungi]>.

Gunakan gt-extractfeat online menggunakan layanan onworks.net