gt-ltrharvest - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gt-ltrharvest - Memprediksi retrotransposon LTR.

RINGKASAN

gt panen [opsi ...] -indeks

DESKRIPSI

-indeks [tali]
tentukan nama indeks array sufiks yang disempurnakan (wajib) (default: undefined)

-jarak [awal akhir]
tentukan rentang dalam urutan input di mana pasangan LTR dicari (default:
[0..0])

-benih [nilai]
tentukan panjang benih minimum untuk pengulangan yang tepat (default: 30)

-minlenltr [nilai]
tentukan panjang minimum untuk setiap LTR (default: 100)

-maxlenltr [nilai]
tentukan panjang maksimum untuk setiap LTR (default: 1000)

-mindistltr [nilai]
tentukan jarak minimum posisi awal LTR (default: 1000)

-maxdistltr [nilai]
tentukan jarak maksimum posisi awal LTR (default: 15000)

-serupa [nilai]
tentukan ambang batas kesamaan dalam rentang [1..100%] (default: 85.000000)

-mintsd [nilai]
tentukan panjang minimum untuk setiap TSD (default: 4)

-maxtsd [nilai]
tentukan panjang maksimum untuk setiap TSD (default: 20)

-motif [tali]
tentukan 2 nukleotida motif awal + 2 nukleotida motif akhir: ** (default: tidak ditentukan)

-motifmis [nilai]
tentukan jumlah maksimum ketidaksesuaian dalam motif [0,3] (default: 4)

-vic [nilai]
tentukan jumlah nukleotida (ke kiri dan ke kanan) yang akan dicari
untuk TSD dan/atau motif di sekitar batas 5' dan 3' dari retrotransposon LTR yang diprediksi
(bawaan: 60)

-tumpang tindih [...]
tentukan tidak|terbaik|semua (default: terbaik)

-xjatuhkan [nilai]
tentukan xdropbelowscore untuk penyelarasan ekstensi (default: 5)

-tikar [nilai]
tentukan skor pertandingan untuk penyelarasan ekstensi (default: 2)

-salah [nilai]
tentukan mismatchscore untuk penyelarasan ekstensi (default: -2)

-dalam [nilai]
tentukan insertionscore untuk penyelarasan ekstensi (default: -3)

-del [nilai]
tentukan nilai penghapusan untuk penyelarasan ekstensi (default: -3)

-v [ya|tidak]
mode verbose (default: tidak)

-tentang [ya|tidak]
Menunjukkan tua output tabular alih-alih GFF3 di stdout (default: yes)

-seqid [ya|tidak]
gunakan deskripsi urutan alih-alih nomor urut dalam output GFF3 (default: tidak)

-md5 [ya|tidak]
tambahkan hash MD5 ke seqids di output GFF3 (default: tidak)

-keluaran panjang [ya|tidak]
motif tambahan/output TSD (default: tidak)

-di luar [tali]
tentukan nama file keluaran FASTA (default: tidak terdefinisi)

-luar [tali]
tentukan nama file keluaran FASTA untuk wilayah dalam (default: tidak ditentukan)

-gff3 [tali]
tentukan nama file keluaran GFF3 (default: tidak terdefinisi)

-mengimbangi [nilai]
offset ditambahkan ke koordinat GFF3 (default: 0)

-memindai [ya|tidak]
pindai indeks secara berurutan alih-alih memetakannya ke dalam memori sepenuhnya (default: ya)

-bantu
tampilkan bantuan untuk opsi dasar dan keluar

-bantuan+
tampilkan bantuan untuk semua opsi dan keluar

-versi
tampilkan informasi versi dan keluar

TAMBAHAN INFORMASI

Untuk informasi rinci, silakan merujuk ke manual ltrharvest.

PELAPORAN BUG

Laporkan bug ke[email dilindungi]>.

Gunakan gt-ltrharvest online menggunakan layanan onworks.net