gtf2gff3p - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gtf2gff3 - Mengonversi file berformat GTF ke file GFF3 yang valid

VERSION

Dokumen ini menjelaskan versi 0.1

RINGKASAN

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

DESKRIPSI

Skrip ini akan mengonversi file berformat GTF menjadi file berformat GFF3 yang valid. Ini akan memetakan
nilai pada kolom 3 (kolom \"jenis\") menjadi SO yang valid, tetapi karena banyak istilah yang tidak standar
mungkin muncul di kolom itu dalam file GTF, Anda dapat mengedit file konfigurasi untuk menyediakannya sendiri
Fitur GTF untuk pemetaan SO. Script juga akan membangun model gen dari ekson, CDS dan
fitur lain yang diberikan dalam file GTF. Saat ini sedang diuji di Ensemble dan Twinscan
GTF, dan itu harus bekerja pada file lain yang mengikuti spesifikasi yang sama. memang
tidak berfungsi di GTF dari browser tabel UCSC karena file-file itu menggunakan ID yang sama untuk gen
dan transkrip, sehingga tidak mungkin untuk mengelompokkan beberapa transkrip ke gen. Lihat
README yang disertakan dengan skrip untuk info lebih lanjut.

PILIHAN:

--cfg
Berikan nama file untuk file konfigurasi. Lihat file konfigurasi yang disediakan dengan ini
skrip untuk detail format. Gunakan file konfigurasi ini untuk mengubah perilaku dari
naskah. Jika tidak ada file konfigurasi yang diberikan, file tersebut akan mencari ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg dalam urutan itu.

--membantu
Berikan pesan bantuan gaya halaman manual terperinci dan kemudian keluar.

DIAGNOSTIK

"KESALAHAN: Atribut tidak ada atau tidak standar: parse_attributes"
Baris dalam file GTF tidak memiliki atribut apa pun, atau kolom atributnya adalah
tidak dapat diuraikan.

"KESALAHAN: Fitur gen non-transkrip tidak didukung. Silakan hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan:
build_gene"
Peringatan ini menunjukkan bahwa sebuah baris dilewati karena berisi non-transkrip
fitur gen, dan kode saat ini tidak dilengkapi untuk menangani fitur jenis ini.
Ini mungkin tidak terlalu sulit untuk ditambahkan, jadi hubungi saya jika Anda mendapatkan kesalahan ini dan mau
ingin fitur ini didukung.

"KESALAHAN: Harus memiliki setidaknya ekson atau CDS untuk membuat transkrip: build_trnsc"
Beberapa fitur memiliki transcript_id namun tidak ada ekson atau CDS yang terkait dengan
transkrip_id itu sehingga skrip gagal membuat transkrip.

"KESALAHAN: konflik seq_id: validasi_and_finish_trnsc"
Ditemukan dua fitur dalam transkrip yang sama yang tidak berbagi seq_id yang sama.

"KESALAHAN: konflik sumber: validasi_and_finish_trnsc"
Menemukan dua fitur dalam transkrip yang sama yang tidak memiliki sumber yang sama.

"ERROR: ketik konflik: validasi_and_finish_trnsc"
Menemukan dua fitur dalam transkrip yang sama yang diharapkan memiliki kesamaan
jenis dan namun mereka tidak.

"KESALAHAN: konflik untai: validasi_and_finish_trnsc"
Menemukan dua fitur dalam transkrip yang sama yang tidak berbagi untaian yang sama.

"KESALAHAN: konflik seq_id: validasi_dan_build_gene"
Menemukan dua fitur dalam gen yang sama yang tidak memiliki seq_id yang sama.

"KESALAHAN: konflik sumber: validasi_dan_build_gene"
Menemukan dua fitur dalam gen yang sama yang tidak memiliki sumber yang sama.

"KESALAHAN: konflik untai: validasi_and_build_gene"
Menemukan dua fitur dalam gen yang sama yang tidak berbagi untaian yang sama.

"KESALAHAN: konflik gen_id: validasi_dan_build_gen"
Menemukan dua fitur dalam gen yang sama yang tidak memiliki gene_id yang sama.

"FATAL: Tidak dapat membuka file GTF: file_name untuk dibaca."
Tidak dapat membuka file GTF untuk dibaca.

"FATAL: Perlu ekson atau CDS untuk membuat transkrip: process_start"
Fitur start_codon dianotasi, namun tidak ada ekson atau CDS yang terkait
dengan transcript_id itu sehingga skrip gagal.

"FATAL: Kode yang belum diuji di process_start. Hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan."
Skrip ditulis untuk menyimpulkan kodon awal berdasarkan keberadaan UTR 5', tetapi kami
tidak memiliki contoh GTF jenis ini ketika kami menulis kode, jadi kami mematikan prosesnya
daripada menjalankan kode yang belum diuji. Hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan.

"FATAL: Kumpulan fitur tidak valid: process_start"
Kami mencoba mempertimbangkan semua cara yang mungkin untuk menyimpulkan kodon awal atau menyimpulkan aa non-
pengkodean gen, namun kami telah gagal. Kombinasi fitur gen Anda tidak membuat
akal bagi kita. Anda seharusnya tidak pernah mendapatkan kesalahan ini, dan jika Anda melakukannya, kami benar-benar ingin melihatnya
file GTF yang membuatnya. Silakan hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan.

"FATAL: Perlu ekson atau CDS untuk membuat transkrip: process_stop"
Fitur stop_codon dianotasi, namun tidak ada ekson atau CDS yang terkait dengan
transkrip_id itu sehingga skrip gagal.

"FATAL: Kode yang belum diuji di process_stop. Hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan."
Skrip ditulis untuk menyimpulkan kodon stop berdasarkan keberadaan UTR 3', tetapi kita
tidak memiliki contoh GTF jenis ini ketika kami menulis kode, jadi kami mematikan prosesnya
daripada menjalankan kode yang belum diuji. Hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan.

"FATAL: Kumpulan fitur tidak valid: process_stop"
Kami mencoba mempertimbangkan semua cara yang mungkin untuk menyimpulkan kodon stop atau menyimpulkan aa non-
pengkodean gen, namun kami telah gagal. Kombinasi fitur gen Anda tidak membuat
akal bagi kita. Anda seharusnya tidak pernah mendapatkan kesalahan ini, dan jika Anda melakukannya, kami benar-benar ingin melihatnya
file GTF yang membuatnya. Silakan hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan.

"FATAL: Kumpulan fitur tidak valid: process_exon_CDS_UTR"
Kami mencoba mempertimbangkan semua cara yang mungkin untuk menyimpulkan ekson, CDS, dan UTR, namun kami telah
gagal. Kombinasi fitur gen Anda tidak masuk akal bagi kami. Kamu sangat
seharusnya mendapatkan kesalahan ini, dan jika Anda melakukannya, kami sangat ingin melihat file GTF yang
dihasilkan itu. Silakan hubungi penulis untuk mendapatkan dukungan.

"FATAL: Referensi array diperlukan: sort_features."
Pengguna seharusnya tidak dapat memicu kesalahan ini. Ini hampir pasti menunjukkan
bug perangkat lunak. Silahkan hubungi penulis.

"FATAL: Tidak dapat menentukan untai di: sort_feature_types."
Ini mungkin menunjukkan bahwa file GTF Anda tidak menunjukkan untaian untuk fitur yang
membutuhkannya. Ini juga dapat menunjukkan bug perangkat lunak. Silahkan hubungi penulis.

"FATAL: Referensi hash diperlukan: sort_feature_types."
Pengguna seharusnya tidak dapat memicu kesalahan ini. Ini hampir pasti menunjukkan
bug perangkat lunak. Silahkan hubungi penulis.

"FATAL: Nilai tidak valid diteruskan ke untai: untai."
Ini mungkin menunjukkan bahwa file GTF Anda tidak menunjukkan untaian untuk fitur yang
membutuhkannya. Pertimbangkan untuk menggunakan parameter DEFAULT_STRAND dalam file konfigurasi. Mungkin
juga menunjukkan bug perangkat lunak. Silahkan hubungi penulis.

KONFIGURASI DAN LINGKUNGAN

File konfigurasi disediakan dengan skrip ini. Script akan mencarinya
file konfigurasi di ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg atau /etc/gtf2gff3.cfg dalam urutan itu.
Jika file konfigurasi tidak ditemukan di salah satu lokasi tersebut dan salah satunya tidak tersedia
melalui flag --cfg ia akan mencoba memilih beberapa default yang waras, tetapi Anda benar-benar harus menyediakan
file konfigurasi. Lihat file konfigurasi yang disediakan itu sendiri serta README
yang disertakan dengan paket ini untuk format dan detail tentang file konfigurasi.

KETERGANTUNGAN

Skrip ini memerlukan paket Perl berikut yang tersedia dari CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Panjang; gunakan Konfigurasi::Std;

Ketidaksesuaian

Tidak ada yang dilaporkan.

Gunakan gtf2gff3p online menggunakan layanan onworks.net