hhmake - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

hhmake - buat HMM dari penyelarasan input atau konversi antara format HMMER dan HHsearch
format

RINGKASAN

hh membuat -i fillet [Pilihan]

DESKRIPSI

HHmake versi 2.0.16 (Januari 2013) Membangun HMM dari penyelarasan input di A2M, A3M, atau
Format FASTA, atau konversi antara format HMMER (.hmm) dan format pencarian HH (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A, dan Soding J. HHblits: Urutan protein iteratif secepat kilat
pencarian dengan keselarasan HMM-HMM. Nat. Metode 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
perataan kueri (A2M, A3M, atau FASTA), atau kueri HMM

Keluaran pilihan:
-o
File HMM yang akan ditulis (default= )

-a
File HMM untuk ditambahkan ke

-v
mode verbose: 0: tidak ada output layar 1: hanya waring 2: verbose

-seq
maks. jumlah urutan kueri/templat yang ditampilkan (def=10) Waspadalah terhadap luapan! Semua
urutan ini disimpan dalam memori.

-kontra buat urutan konsensus urutan master kueri MSA

-nama
gunakan nama ini untuk HMM (default: gunakan nama urutan pertama)

Filter kueri beberapa perataan urutan

-Indo [0,100] identitas urutan berpasangan maksimum (%) (def=90)

-berbeda [0, inf[
filter MSA dengan memilih rangkaian urutan yang paling beragam, setidaknya simpan sebanyak ini
seqs di setiap blok MSA dengan panjang 50 (def=100)

-cov [0,100] cakupan minimum dengan kueri (%) (def=0)

-qid [0,100] identitas urutan minimum dengan kueri (%) (def=0)

-qsc [0,100] skor minimum per kolom dengan kueri (def=-20.0)

-neff [1, info]
keragaman target penyelarasan (default=off)

Memasukkan penjajaran format:
-M a2m menggunakan A2M/A3M (default): huruf besar = Cocok; huruf kecil = Sisipkan; '-' = Hapus; '.' =
celah sejajar dengan sisipan (dapat dihilangkan)

-M pertama
gunakan FASTA: kolom dengan residu di urutan pertama adalah status kecocokan

-M [0,100]
gunakan FASTA: kolom dengan celah kurang dari X% adalah status kecocokan

hitung semu (buah) pilihan:
-pcm 0-2 ketergantungan posisi campuran pc 'tau' (mode pc, default=0)

0: tidak ada jumlah semu:
tahu = 0

1: konstan
tau = a

2: bergantung pada keragaman: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: jumlah
seq efektif di MSA lokal di sekitar kolom i) 3: pseudocount keragaman konstan

-pca [0,1] campuran pseudocount keseluruhan (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Nilai ambang batas Neff untuk -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] eksponen kepunahan c untuk -pcm 2 (def=1.0)

-pra_pca [0,1]
campuran pseudocount PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ ambang PREFILTER untuk Neff (def=1.8)

Khusus konteks hitungan semu:
-nokontxt
gunakan substitusi-matriks alih-alih jumlah semu khusus konteks

-koneksi file konteks untuk menghitung jumlah semu khusus konteks
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
file status kolom untuk prafilter basis data cepat (default=./data/cs219.lib)

Contoh: hhmake -i tes.a3m

Gunakan hhmake online menggunakan layanan onworks.net