HPCdaligner - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

HPCdaligner - buat skrip untuk dijalankan penggaris(1)

RINGKASAN

penyelarasan HPC [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-eganda (.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mjalur]+ [-dalint(4)] [-derajatint(25)] jalur:db|dam
[pertama: ke[-terakhir: ke dalam]]

DESKRIPSI

penyelarasan HPC menulis skrip shell UNIX ke output standar yang terdiri dari urutan
perintah yang dijalankan secara efektif penggaris(1) pada semua pasangan blok dari database terpisah
dan kemudian mengurutkan dan menggabungkannya secara eksternal menggunakan Macam-macam(1) dan Gabung(1) menjadi koleksi
penyelarasan file dengan nama jalan.#.las di mana # berkisar dari 1 hingga jumlah blok
basis data dibagi menjadi. File yang diurutkan ini jika digabungkan dengan say LAcat(1) akan berisi
semua keberpihakan dalam urutan yang diurutkan (dari a-read, lalu b-read, dan seterusnya). Apalagi semua
tumpang tindih untuk a-read yang diberikan dijamin tidak akan terpecah di seluruh file, sehingga seseorang dapat menjalankan
penganalisis artefak atau koreksi kesalahan pada setiap file yang diurutkan secara paralel.

Basis data harus telah dipecah sebelumnya oleh perpecahan DB(1) dan semua parameter, kecuali
-v, -dal, dan -derajat, diteruskan ke panggilan ke penggaris(1). Default untuk
parameter ini adalah untuk penggaris(1). Itu -v bendera, untuk mode verbose, juga diteruskan ke
semua panggilan ke Macam-macam(1) dan Gabung(1). -dal dan -derajat pilihan dijelaskan kemudian.

Untuk database yang dibagi menjadi N sub-blok, panggilan ke penggaris(1) akan menghasilkan secara total
File 2TN^2 .las dengan asumsi daligner berjalan dengan utas T. Ini kemudian akan diurutkan dan
digabungkan ke dalam N^2 file .las yang diurutkan, satu untuk setiap pasangan blok. Ini kemudian digabung menjadi
ceil(log_deg N) fase di mana jumlah file berkurang secara geometris dalam -derajat sampai
ada 1 file per baris dari matriks blok N x N. Jadi pada akhirnya ada N yang diurutkan .las
file yang ketika digabungkan akan memberikan satu file tumpang tindih besar yang diurutkan.

Grafik -dal option (default 4) memberikan jumlah perbandingan blok yang diinginkan per panggilan ke
penggaris(1). Beberapa harus mengandung dal-1 perbandingan, dan yang pertama dal-2 blok perbandingan
bahkan lebih sedikit, tetapi penyelarasan HPC "perencana" melakukan yang terbaik untuk memberikan beban rata-rata
perbandingan blok dal per perintah. NS -derajat opsi (default 25) memberikan jumlah maksimum
file yang akan digabungkan menjadi satu Gabung(1) perintah. Perencana membuat sebagian besar
bahkan k-ary tree dari penggabungan, di mana jumlah level adalah ceil(log_deg N).

Jika bilangan bulat pertama dan terakhir hilang, maka skrip yang dihasilkan adalah untuk setiap blok di
data. Jika pertama hadir, maka penyelarasan HPC menghasilkan skrip tambahan yang
membandingkan blok pertama melalui terakhir (terakhir = pertama jika tidak ada) terhadap satu sama lain dan
semua blok sebelumnya 1 sampai pertama-1, dan kemudian secara bertahap memperbarui file .las untuk
blok 1 sampai pertama-1, dan membuat file .las untuk blok pertama melalui terakhir.

Setiap output baris perintah UNIX oleh penyelarasan HPC bisa menjadi pekerjaan batch (kami menggunakan &&
operator untuk menggabungkan beberapa perintah menjadi satu baris untuk membuatnya demikian). Ketergantungan antara
pekerjaan dapat dipertahankan hanya dengan terlebih dahulu menjalankan semua penggaris(1) pekerjaan, maka semua
pekerjaan pengurutan awal, lalu semua pekerjaan di setiap fase pengurutan gabungan eksternal. Setiap
fase ini dipisahkan oleh baris komentar informatif untuk skrip Anda
kenyamanan.

Gunakan HPCdaligner online menggunakan layanan onworks.net