idba - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

idba_hybrid - Pengumpul Grafik Iteratif de Bruijn untuk data sekuensing hybrid

RINGKASAN

idba_hibrida -r baca.fa -o keluaran_dir [--referensi ref.fa]

DESKRIPSI

IDBA-Tran adalah assembler baca pendek De Bruijn Graph De Novo iteratif untuk transkriptom.
Ini murni assembler de novo berdasarkan hanya pembacaan sekuensing RNA. IDBA-Tran menggunakan lokal
perakitan untuk merekonstruksi k-mer yang hilang dalam transkrip yang diekspresikan rendah dan kemudian mempekerjakan
cutoff progresif pada contigs untuk memisahkan grafik menjadi komponen. Setiap komponen
sesuai dengan satu gen dalam banyak kasus dan tidak mengandung banyak transkrip. Sebuah heuristik
algoritma berdasarkan pembacaan pasangan-end kemudian digunakan untuk menemukan isoform.

PILIHAN

-o, --keluar argumen (=keluar)
direktori keluaran

-r, --Baca arg
membaca file cepat (<=128)

--baca_tingkat_2 arg
pair-end membaca fasta untuk perancah tingkat kedua

--baca_tingkat_3 arg
pair-end membaca fasta untuk perancah tingkat ketiga

--baca_tingkat_4 arg
pair-end membaca fasta untuk perancah tingkat keempat

--baca_tingkat_5 arg
pair-end membaca fasta untuk perancah tingkat kelima

-l, --panjang_baca arg
file cepat baca panjang (> 128)

--referensi arg
genom referensi

--cerpelai argumen (=20)
nilai k minimum (<=124)

--maks argumen (=100)
nilai k maksimum (<=124)

--melangkah argumen (=20)
kenaikan k-mer setiap iterasi

--mink_batin argumen (=10)
nilai k minimum dalam

--langkah_dalam argumen (=5)
kenaikan bagian dalam k-mer

--awalan argumen (=3)
panjang awalan yang digunakan untuk membuat tabel sub k-mer

--min_count argumen (=2)
multiplisitas minimum untuk memfilter k-mer saat membuat grafik

--min_dukungan argumen (=1)
dukungan minimum di setiap iterasi

--jumlah_utas argumen (=0)
jumlah utas

--seed_kmer argumen (=30)
ukuran seed kmer untuk penyelarasan

--min_contig argumen (=200)
ukuran minimum contig

--min_region argumen (=500)
ukuran minimum wilayah dalam genom referensi

--serupa argumen (=0.95)
kesamaan untuk keselarasan

--max_mismatch argumen (=3)
ketidakcocokan maksimal dari koreksi kesalahan

--min_pairs argumen (=3)
jumlah pasangan minimal

--kesenjangan_maks argumen (=50)
kesenjangan maksimum dalam referensi

--tidak_lokal
jangan gunakan perakitan lokal

--tidak ada_cakupan
jangan ulangi liputan

--tidak_koreksi
jangan koreksi

--pra_koreksi
melakukan pra-koreksi sebelum perakitan

Gunakan idba online menggunakan layanan onworks.net