Ini adalah perintah tak terhapuskan yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa stasiun kerja online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
tak terhapuskan - simulator evolusi biologis yang kuat dan fleksibel
RINGKASAN
tak terhapuskan
Tidak ada opsi yang dapat diteruskan melalui baris perintah.
DESKRIPSI
tak terhapuskan dapat mensimulasikan evolusi nukleotida multi-partisi, asam amino, atau kodon
kumpulan data melalui proses penyisipan, penghapusan, dan penggantian secara terus menerus
waktu. Semua model evolusi umum didukung.
Dokumentasi lengkap untuk tak terhapuskan tersedia di bawah
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
KONFIGURASI
tak terhapuskan membaca pengaturan untuk menjalankan simulasi dari file bernama kontrol.txt dalam
direktori saat ini. File dibagi menjadi beberapa blok, dengan masing-masing blok mengendalikan satu
aspek tertentu dari simulasi. Blok mungkin berisi sub-blok lebih lanjut. Komentar bisa
diberikan dalam gaya C atau C++. Jika tak terhapuskan dijalankan tanpa file kontrol, dan
contoh file yang dihasilkan.
[TIPE] mengetik
Setiap file kontrol harus dimulai dengan a JENIS memblokir. Jenis yang mungkin adalah nukleotida,
ASAM AMINO, dan KODON.
[PENGATURAN]
Blok ini menentukan preferensi pengguna yang tidak penting seperti jenis file keluaran dan
format, seed untuk generator nomor acak, dan apakah akan menampilkan detail
laporan.
[MODEL] nama model
Blok ini memulai model evolusi baru yang akan digunakan untuk simulasi. NS
parameter tertentu termasuk model substitusi, laju indel dan situs kodon
model dikendalikan melalui submodel. nama model bisa nama apa saja yang Anda pilih.
[POHON] nama pohon newick
Blok ini digunakan untuk menentukan pohon panduan dengan nama yang diberikan nama pohon.
Jarak evolusioner direpresentasikan sebagai panjang cabang untuk pohon di BARU
Format.
[RANTING]
Blok ini digunakan untuk mensimulasikan proses non-stasioner dan non-homogen.
Model yang berbeda dapat ditentukan pada cabang yang berbeda dari pohon panduan yang memungkinkan
cabang memiliki model substitusi yang berbeda, distribusi panjang indel, laju
heterogenitas, komposisi dasar dll.
[PARTISI] nama partisi
Selama setiap menjalankan beberapa partisi urutan dapat disimulasikan. Untuk setiap partisi
panduan-pohon, model evolusi dan panjang urutan harus ditentukan.
[BERKEMBANG]
Dalam blok ini beberapa replika partisi dapat dihasilkan.
HAK CIPTA
Hak Cipta © 2010 Lisensi William Fletcher GPLv3+: GNU GPL versi 3 atau yang lebih baru.
Ini adalah perangkat lunak gratis: Anda bebas mengubah dan mendistribusikannya kembali. TIDAK ADA GARANSI,
sejauh diizinkan oleh hukum. Teks lisensi lengkap tersedia di
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
UCAPAN TERIMA KASIH
William Fletcher dan Ziheng Yang (2009). INDELible: Simulator Biologis yang Fleksibel
Evolusi Urutan, Molekuler Biologi dan Evolusi 26(8): 1879-1888.
Gunakan online tak terhapuskan menggunakan layanan onworks.net
