indexdb_rna - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

indexdb_rna - alat untuk memfilter, memetakan, dan membaca NGS pengambilan OTU (indexdb)

RINGKASAN

indeksdb_rna --ref db.fasta,db.idx [OPSI]

DESKRIPSI

SortMeRNA adalah alat analisis urutan biologis untuk memfilter, memetakan, dan memilih OTU
NGS membaca. Algoritma inti didasarkan pada perkiraan benih dan memungkinkan untuk cepat dan
analisis sensitif dari urutan nukleotida. Aplikasi utama SortMeRNA adalah penyaringan
rRNA dari data metatranskriptomik. Aplikasi tambahan termasuk pengambilan OTU dan
penetapan taksonomi tersedia melalui QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA mengambil sebagai input file bacaan (format fasta atau fastq) dan satu atau beberapa rRNA
file database, dan memilah rRNA dan membaca yang ditolak menjadi dua file yang ditentukan oleh
pengguna. Secara opsional, ini dapat memberikan keberpihakan lokal berkualitas tinggi dari pembacaan rRNA terhadap
basis data rRNA. SortMeRNA bekerja dengan Illumina, 454, Ion Torrent dan data PacBio, dan dapat
menghasilkan keberpihakan seperti SAM dan BLAST.

PILIHAN

WAJIB PILIHAN
--ref STRING, STRING
File referensi FASTA, file indeks
Contoh:
--ref /path/ke/file1.fasta,/path/ke/index1
Jika melewati beberapa file urutan referensi, pisahkan dengan ':'
Contoh:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

OPSIONAL PILIHAN
--cepat BOOL
opsi yang disarankan untuk menyelaraskan ~99% spesies terkait (default: mati)

--peka BOOL
opsi yang disarankan untuk menyelaraskan ~75-98% spesies terkait (default: aktif)

--tmpdir STRING
direktori tempat menulis file-file sementara

-m INT jumlah memori (dalam Mbytes) untuk membangun indeks (default: 3072)

-L INT panjang benih (default: 18)

--max_pos INT
jumlah maksimum posisi untuk disimpan untuk setiap L-mer unik (default: 10000, pengaturan
--max_pos 0 akan menyimpan semua posisi)

-v BOOL
bertele-tele

-h BOOL
membantu

Gunakan indexdb_rna online menggunakan layanan onworks.net