Ini adalah perintah indigo-depict yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
penggambaran indigo - utilitas rendering molekul dan reaksi
RINGKASAN
gambar indigo infile.{mol,rxn,cml,smi} file keluar.{png,svg,pdf} [parameter]
gambar indigo masuk.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} file keluar_%s.{png,svg,pdf} [parameter]
gambar indigo infile.smi file keluar.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parameter]
gambar indigo - SMILES file keluar.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parameter]
gambar indigo -bantu
DESKRIPSI
gambar indigo digunakan untuk menggambarkan molekul.
PILIHAN
gambar indigo dapat membaca file input atau kode SMILES dari input standar. Ini bisa jadi
diikuti oleh satu atau lebih parameter berikut.
-w
Lebar gambar dalam piksel
-h
Tinggi gambar dalam piksel
-menjalin kedekatan
Panjang ikatan rata-rata dalam piksel
-margin
Margin horizontal dan vertikal, dalam piksel. Tidak ada margin secara default
-ketebalan
Tetapkan faktor ketebalan relatif. Standarnya adalah 1.0
-lebar garis
Tetapkan faktor lebar garis ikatan. Standarnya adalah 1.0
-label
Atur mode tampilan label atom. Standarnya adalah terminal-hetero
-hidro
Tunjukkan hidrogen implisit. Standarnya adalah on
-[de]aroma
Paksa [de]aromatisasi
-stereo
Mode tampilan stereogroup. Standarnya adalah tua
-cdbwsa
Pusatkan ikatan rangkap yang memiliki ikatan stereo yang berdekatan (dinonaktifkan secara default)
-pertanyaan Perlakukan input sebagai molekul atau reaksi kueri (dinonaktifkan secara default)
-pintar
Perlakukan input sebagai molekul atau reaksi kueri SMARTS (dinonaktifkan secara default)
-idfield
Bidang SDF/RDF untuk menggantikan '%s' pada nama file yang disimpan (defaultnya adalah
molekul/nomor reaksi)
-katalisator
Penempatan katalis reaksi dengan tanda panah. Standarnya adalah di atas dan di bawah
-komentar
Teks komentar diletakkan di atas molekul atau reaksi. Tidak ada nilai default
-penghapusan komentar
Ruang vertikal (dalam piksel) antara komentar dan struktur
-kolom komentar
Gunakan bidang SDF/RDF yang ditentukan sebagai komentar
-nama komentar
Gunakan nama molekul/reaksi sebagai komentar
-ukuran komentar
Faktor ukuran font komentar teks relatif terhadap ketebalan ikatan. Standarnya adalah 6
-komentar
Posisi komentar teks (bawah secara default)
-komentar <0>
Perataan komentar teks, nilai float: 0 = kiri, 0.5 = pusat, 1 = benar
-warna
Aktifkan/nonaktifkan pewarnaan. Standarnya adalah on
-hltebal
Aktifkan penyorotan dengan garis tebal dan karakter tebal
-hlwarna
Aktifkan penyorotan dengan warna. Nilai komponen harus dalam rentang [0 255 ..]
-bgwarna
Mengatur warna latar belakang. Nilai komponen harus dalam rentang [0 255 ..]
-warna dasar
Atur warna latar depan default. Nilai komponen harus dalam rentang [0 255 ..]
-aamcolor
Mengatur warna indeks AAM. Nilai komponen harus dalam rentang [0 255 ..]
-dsgwarna
Atur warna data SGroups. Nilai komponen harus dalam rentang [0 255 ..]
-warna komentar
Mengatur warna komentar. Nilai komponen harus dalam rentang [0 255 ..]
-nomor atom
Tampilkan nomor atom (hanya untuk tujuan debugging)
-nomor ikatan
Tampilkan nomor obligasi (untuk tujuan debugging saja)
-berbasis satu
Mulai indeks atom dan ikatan dari satu. Defaultnya dari nol
-bantu Cetak pesan bantuan ini
CONTOH
gambar indigo infile.mol file.png -warna lepas -aroma
gambar indigo database.sdf molekul_%s.png -idfield cdbregno -ketebalan 1.1
gambar indigo database.smi database.sdf
gambar indigo - CC.[O-][*-]([O-])=O kueri.png -pertanyaan
gambar indigo - OCO>>CC(C)N reaksi.rxn
Gunakan indigo-depict online menggunakan layanan onworks.net
