leaff - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

leaff - utilitas dan aplikasi perpustakaan urutan

RINGKASAN

daun [-f fasta-file] [opsi]

DESKRIPSI

LEAFF (Let's Extract Anything From Fasta) adalah program utilitas untuk bekerja dengan multi-
file fasta. Selain menyediakan akses acak ke tingkat dasar, itu mencakup beberapa
fungsi analisis.

PILIHAN

FILE SUMBER
-f file: gunakan urutan dalam 'file' (-F juga diperbolehkan karena alasan historis)
-Sebuah file: membaca tindakan dari 'file'

PEMERIKSAAN FILE SUMBER
-d: mencetak jumlah urutan dalam fasta
-i name: mencetak indeks, memberi label 'nama' sumber

PILIHAN KELUARAN
-6 <#>: masukkan baris baru setiap 60 huruf
(jika argumen berikutnya adalah angka, baris baru disisipkan setiap
n huruf, misalnya -6 80. Nonaktifkan jeda baris dengan -6 0,
atau jangan gunakan -6!)
-e beg end: Cetak hanya basis dari posisi 'beg' ke posisi 'end'
(berbasis spasi, relatif terhadap urutan FORWARD!) Jika
mohon == akhir, maka seluruh urutan dicetak. Ini adalah sebuah
kesalahan untuk menentukan beg > end, or beg > len, atau end > len.
-ends n Cetak n basis dari setiap akhir urutan. Satu masukan
sequence menghasilkan dua output sequence, dengan '_5' atau '_3'
ditambahkan ke ID. Jika 2n >= panjang barisan, maka
urutan itu sendiri dicetak, tidak ada ujung yang diekstraksi (mereka
tumpang tindih).
-C: melengkapi urutan
-H: JANGAN cetak defline
-h: Gunakan kata berikutnya sebagai defline ("-H -H" akan direset ke
defline asli
-R: membalikkan urutan
-u: huruf besar semua basis

PILIHAN URUTAN
-G nsl: mencetak n urutan yang dihasilkan secara acak, 0 < s <= panjang <= l
-L sl: mencetak semua urutan sehingga s <= panjang < l
-N lh: cetak semua barisan sehingga l <= % N komposisi < h
(CATATAN 0.0 <= l < h < 100.0)
(CATATAN bahwa Anda tidak dapat mencetak urutan dengan 100% N
Ini adalah bug yang berguna).
-q file: mencetak urutan dari daftar seqid di 'file'
-r num: cetak 'num' urutan yang dipilih secara acak
-s seqid: mencetak urutan tunggal 'seqid'
-S fl: mencetak semua urutan dari ID 'f' hingga 'l' (inklusif)
-W: cetak semua urutan (lakukan seluruh file)

BANTUAN LEBIH LAMA
-bantuan analisis
-bantuan contoh

FUNGSI ANALISIS
--findduplikat a.fasta
Laporan urutan yang hadir lebih dari sekali. Keluaran
adalah daftar pasangan defline, dipisahkan oleh baris baru.

--mapduplikat a.fasta b.fasta
Membangun peta IID dari a.fasta dan b.fasta yang memiliki
urutan yang identik. Formatnya adalah "IIDa <-> IIDb"

--md5 a.cepat:
Jangan cetak urutannya, tetapi cetak checksum md5
(dari seluruh urutan) diikuti oleh seluruh defline.

--awalan partisi [ n[gmk]bp | n ] a.fasta
--peta partisi [ n[gmk]bp | n] a.fasta
Partisi urutan menjadi potongan-potongan berukuran kira-kira sama dari
ukuran nbp, nkbp, nmbp atau ngbp; atau menjadi n berukuran kira-kira sama
partisi. Urutan yang lebih besar dari ukuran partisi adalah
dalam partisi sendiri. --partitionmap menulis a
deskripsi partisi ke stdout; --partiton menciptakan
file fasta 'prefix-###.fasta' untuk setiap partisi.
Contoh: -F ​​some.fasta --partition parts 130mbp
-F some.fasta --partisi bagian 16

--awalan segmen dan a.fasta
Membagi urutan menjadi n file, awalan-###.fasta.
Urutan tidak disusun ulang; n barisan pertama ada di
file pertama, n berikutnya di file kedua, dll.

--gccontent a.fasta
Melaporkan konten GC melalui jendela geser
3, 5, 11, 51, 101, 201, 501, 1001, 2001 hal.

--testindex a.fasta
Uji indeks 'file'. Jika indeks up-to-date, leaff
berhasil keluar, jika tidak, leaff keluar dengan kode 1. Jika ada
file indeks disediakan, yang satu diuji, jika tidak,
nama file indeks default digunakan.

--dumpblock a.fasta
Menghasilkan daftar blok N dan non-N. Keluaran
formatnya adalah 'base seq# beg end len'. 'N 84 483 485 2' artinya
bahwa balok 2 N dimulai pada posisi berbasis ruang 483
dalam urutan ordinal 84. A'.' adalah akhir dari urutan
penanda

--kesalahan LNCP a.fasta
Untuk setiap urutan dalam file input, buat yang baru
urutan termasuk kesalahan urutan simulasi.
L -- panjang dari barisan baru. Jika nol, panjang
dari urutan asli akan digunakan.
N -- jumlah subsequence yang akan dihasilkan. Jika L=0, semua
berikutnya akan sama, dan Anda harus menggunakan
C sebagai gantinya.
C -- jumlah salinan yang akan dihasilkan. Masing-masing N
berikutnya akan memiliki salinan C, masing-masing dengan yang berbeda
kesalahan.
P - kemungkinan kesalahan.

PETUNJUK: untuk mensimulasikan EST dari gen, gunakan L=500, N=10, C=10
-- buat C=10 sequencer menjalankan N=10 EST sequence
panjang masing-masing 500bp.
untuk mensimulasikan mRNA dari gen, gunakan L=0, N=10, C=10
untuk mensimulasikan pembacaan dari genom, gunakan L=800, N=10, C=1
-- tentu saja, N= harus ditingkatkan untuk memberikan
kedalaman cakupan yang sesuai

--statistik a.fasta
Statistik ukuran laporan; nomor, N50, jumlah, terbesar.

--seqstore keluar.seqStore
Mengonversi file input (-f) ke file seqStore (misalnya,
untuk digunakan dengan assembler Celera atau sim4db).

CATATAN

Harap dicatat bahwa pilihannya TERGANTUNG PESANAN. Urutan dicetak setiap kali SEQUENCE
Opsi SELEKSI terjadi pada baris perintah. PILIHAN OUTPUT tidak diatur ulang saat urutan
dicetak.

URUTAN diberi nomor mulai dari NOL, bukan satu!

CONTOH

1. Cetak 10 basa pertama dari urutan keempat dalam file 'gen':
leaff -f gen -e 0 10 -s 3

2. Cetak 10 basis pertama dari urutan keempat dan kelima:
leaff -f gen -e 0 10 -s 3 -s 4

3. Cetak urutan keempat dan kelima saling melengkapi, dan urutan keenam
urutan ke depan. Set kedua dari -R -C mematikan pelengkapan terbalik:
leaff -f gen -R -C -s 3 -s 4 -R -C -s 5

4. Konversi file 'gen' ke seqStore 'genes.seqStore'.
leaff -f gen --seqstore gen.seqStore

Gunakan leaff online menggunakan layanan onworks.net