mauveAligner - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

mauveAligner - membangun beberapa penyelarasan genom secara efisien

RINGKASAN

mauveAligner [opsi] ...
nama file>

DESKRIPSI

Algoritma penyelarasan mauveAligner dan progressiveMauve telah diimplementasikan sebagai
program baris perintah yang disertakan dengan perangkat lunak Mauve yang dapat diunduh. Ketika lari dari
baris perintah, program ini menyediakan opsi yang belum tersedia di antarmuka grafis.

PILIHAN

--keluaran=Nama file keluaran.
Mencetak ke layar secara default

--ibu Temukan MUM saja, jangan mencoba menentukan blok collinear lokal (LCB)

--tidak ada rekursi Jangan lakukan identifikasi jangkar rekursif (menyiratkan
--tanpa-gapped-alignment)

--tidak ada-lcb-ekstensi Jika menentukan LCB, jangan coba-coba memperpanjang LCB

--ukuran biji=Ukuran kecocokan benih awal, defaultnya adalah log_2 ( panjang seq rata-rata )

--max-ekstensi-iterasi=Batasi ekstensi LCB untuk jumlah upaya ini,
standarnya adalah 4

--eliminasi-inklusi Hilangkan penyertaan tertaut dalam kecocokan subset.

--berat =Berat LCB minimum dalam pasangan basa per urutan

--masukan-pertandingan=Gunakan file kecocokan yang ditentukan alih-alih mencari kecocokan

--lcb-masukan-pertandingan Menunjukkan bahwa file input kecocokan berisi kecocokan yang telah
dikelompokkan ke dalam LCB

--lcb-masukan=Gunakan file lcb yang ditentukan alih-alih membuat LCB (lewati LCB
generasi)

--jalur awal=Untuk genom besar, gunakan direktori untuk penyimpanan data sementara.
Harus diberikan dua kali atau lebih dengan jalur yang berbeda.

--id-matriks=Hasilkan statistik LCB dan tulis ke file yang ditentukan

--ukuran pulau=Temukan pulau yang lebih besar dari angka yang diberikan

--pulau-keluaran=Output pulau file yang diberikan (memerlukan --ukuran pulau)

--ukuran tulang punggung=Temukan bentangan tulang punggung yang lebih panjang dari jumlah bp . yang diberikan

--max-tulang punggung-celah=Biarkan tulang punggung terganggu oleh celah hingga panjang ini di
bp

--tulang punggung-output=Output pulau file yang diberikan (memerlukan --ukuran pulau)

--cakupan-keluaran=Keluarkan daftar cakupan ke file yang ditentukan (- untuk stdout)

--berulang Menghasilkan peta berulang. Hanya satu urutan yang dapat ditentukan

--pohon-panduan-keluaran=Tulis pohon panduan ke file yang ditunjuk

--kolinier Asumsikan bahwa urutan input adalah collinear--mereka tidak memiliki penataan ulang

Celah penjajaran kontrol:
--tanpa-gapped-alignment Jangan melakukan penyelarasan yang tidak beraturan

--max-gapped-aligner-length=Jumlah maksimum pasangan basa untuk mencoba menyelaraskan dengan
pelurus celah

--min-recursive-gap-length=Ukuran minimum celah yang akan dilakukan Mauve secara rekursif
Penahan MUM aktif (Default adalah 200)

Menandatangani permutasi matriks pilihan:
--permutasi-matrix-output=Tuliskan LCB sebagai matriks permutasi bertanda untuk
file yang diberikan

--permutasi-matriks-min-berat=Sebuah matriks permutasi akan ditulis untuk setiap
himpunan LCB dengan bobot antara nilai ini dan nilai --berat

Strategi keluaran pilihan:
--penyelarasan-keluaran-dir=Menghasilkan satu set file penyelarasan (satu per LCB) ke a
direktori yang diberikan

--penyelarasan-format-keluaran=Memilih format keluaran untuk --penyelarasan-keluaran-dir

--penyelarasan keluaran=Tulis penyelarasan format XMFA ke file yang ditunjuk

Format output penyelarasan yang didukung adalah: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Gunakan mauveAligner online menggunakan layanan onworks.net