Ini adalah perintah micro_razers yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
micro_razers
RINGKASAN
micro_razers [OPSI]
DESKRIPSI
MicroRazerS menggunakan strategi pemetaan berbasis awalan untuk memetakan kemungkinan pembacaan RNA kecil
berisi urutan adaptor 3'.
(c) Hak Cipta 2009 oleh Anne-Katrin Emde.
-h, --membantu
Menampilkan pesan bantuan ini.
--Versi: kapan
Menampilkan informasi versi
Pilihan Utama::
-o, --keluaran FILE
Ubah nama file keluaran. Bawaan: .hasil.
-rr, --tingkat pengakuan NUM
mengatur tingkat pengenalan persen Dalam kisaran [80..100]. Standar: 100.
-sL, --panjang biji NUM
panjang benih Dalam kisaran [10..inf]. Standar: 16.
-SE, --benih-kesalahan
izinkan satu kesalahan dalam seed
-f, --maju
peta hanya membaca untuk meneruskan untaian.
-r, --membalikkan
peta hanya membaca untuk membalikkan untaian.
-M N, --pertandingan-N
'N' cocok dengan semua karakter lain
-m, --max-hit NUM
hanya menghasilkan NUM hits terbaik Dalam rentang [1..inf]. Standar: 100.
-pa, --membersihkan-ambigu
bersihkan bacaan dengan lebih dari kecocokan terbaik terbaik
-lm, --memori rendah
kurangi penggunaan memori dengan mengorbankan runtime
-v, --bertele-tele
mode verbose
-vv, --verbose
mode yang sangat bertele-tele
Opsi Format Keluaran::
-dari, --format output NUM
Mengatur format keluaran. 0 = format MicroRazerS, 1 = SAM. Dalam kisaran [0..1].
-a, --penyelarasan
buang keselarasan untuk setiap pertandingan
-gn, --penamaan genom NUM
Pilih bagaimana genom diberi nama. 0 = gunakan Fasta id, 1 = enumerate dimulai dengan 1. In
rentang [0..1]. Standar: 0.
-rn, --baca-penamaan NUM
Pilih bagaimana bacaan diberi nama. 0 = gunakan Fasta id, 1 = enumerate dimulai dengan 1. In
rentang [0..1]. Standar: 0.
-jadi, --urutan-urutan NUM
Pilih bagaimana kecocokan diurutkan. 0 = nomor baca, 1 = posisi genom. Dalam lingkup
[0..1]. Standar: 0.
-hal, --posisi-format NUM
Pilih penomoran posisi awal/akhir (lihat bagian Koordinat di bawah). 0 = ruang celah,
1 = ruang posisi. Dalam kisaran [0..1]. Standar: 0.
VERSION
versi micro_razers: 1.0.1 Pembaruan terakhir Juli 2009
Gunakan micro_razers online menggunakan layanan onworks.net
