Ini adalah perintah mincresample yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
mincresample - membuat sampel ulang file minc di sepanjang dimensi spasial baru
RINGKASAN
sampel kecil [ ]
DESKRIPSI
sampel kecil akan mengambil sampel ulang file minc di sepanjang dimensi spasial baru dengan voxel . baru
posisi. Setiap volume dalam file input (diberikan oleh dimensi spasial xspace, yspace
dan zspace) disampel ulang sesuai dengan opsi baris perintah. Dimensi non-spasial adalah
diawetkan dalam urutan aslinya, tetapi dimensi spasial dapat diatur ulang untuk memberikan
gambar transversal, sagital atau koronal. Nilai voxel baru dihitung menggunakan tri-
interpolasi linier, tri-kubik atau tetangga terdekat.
DUNIA KOORDINASI
Koordinat dunia mengacu pada koordinat milimetrik relatif terhadap beberapa asal fisik
(baik pemindai atau beberapa struktur anatomi). Koordinat Voxel hanyalah
indeks ke dalam volume gambar dari voxel yang diberikan. Untuk menentukan yang sesuai
opsi resampling, perlu untuk memahami cara kerja konversi koordinat MINC.
Setiap dimensi volume gambar MINC ditentukan berdasarkan nama - dimensi spasialnya adalah
xspace, yspace, dan zspace. Konvensinya adalah bahwa koordinat xspace positif dijalankan dari
sisi kiri pasien ke sisi kanan, koordinat yspace positif berjalan dari pasien posterior
ke anterior dan koordinat ruang z positif berjalan dari inferior ke superior. Untuk masing-masing
dimensi spasial ini, konversi koordinat dunia ditentukan oleh sepasang
atribut: langkah dan mulai. Koordinat dunia xspace, misalnya dihitung menggunakan x
= v*langkah + mulai, di mana x adalah koordinat dunia x dan v adalah jumlah voxel (mulai dari
nol). Jadi besarnya atribut langkah menentukan jarak antara voxel dan
tanda atribut langkah menentukan orientasi sumbu.
Ada perubahan lebih lanjut: file MINC diizinkan memiliki sumbu non-ortogonal dengan
dimensi tidak sejajar sempurna dengan sumbu bernama. Mungkin ada arah_cosinus
atribut yang memberikan orientasi sumbu yang sebenarnya. Misalnya, biasanya xspace
dimensi harus sejajar dengan sumbu x dunia, yaitu. arah cosinus = (1,0,0); Namun,
dimungkinkan untuk memiliki arah cosinus (0.9, 0.43589, 0).
Atribut ini (step, start dan direction_cosines) memberikan konversi dari voxel
koordinat ke koordinat dunia. Dikombinasikan dengan sejumlah elemen atau sampel di sepanjang
sumbu, mereka memberikan deskripsi lengkap tentang di mana pengambilan sampel output seharusnya.
Namun, ketika kami melakukan resampling data, kami sering tertarik pada perubahan dunia
koordinat: dari sistem koordinat pemindai MRI ke sistem koordinat pemindai PET,
misalnya, atau dari volume dalam ruang perolehannya ke koordinat dalam standar
ruang angkasa. Perubahan koordinat dunia ini dapat ditentukan melalui penggunaan a
file transformasi (.xfm). Jadi, secara umum, resampling melibatkan tiga
transformasi: dari koordinat voxel file input ke koordinat dunianya
(ditentukan oleh file input), dari koordinat dunia input ke dunia output
koordinat (ditentukan oleh file transformasi), dan dari dunia file output
koordinat ke koordinat voxelnya (ditentukan oleh opsi baris perintah).
Secara umum, cosinus arah jarang digunakan - orientasi ulang sumbu ditentukan oleh a
perubahan koordinat dunia (file transformasi). Juga, posisi resampling
(output dunia ke konversi voxel) sering ditentukan relatif terhadap file model (mis.
sampel ulang file ini sehingga terlihat seperti file itu). Meskipun ada banyak pilihan untuk
spesifikasi lengkap dari transformasi, seseorang biasanya tidak perlu menentukan lebih banyak
dari beberapa dari mereka.
PILIHAN
Perhatikan bahwa opsi dapat ditentukan dalam bentuk singkatan (asalkan unik) dan
dapat diberikan di mana saja di baris perintah.
Umum Pilihan
-2 Buat file keluaran format MINC 2.0.
-mengkritik
Timpa file yang ada.
-noclobber
Jangan menimpa file yang ada (default).
-verbose
Cetak informasi kemajuan untuk setiap irisan yang dihitung (default).
-diam Jangan mencetak informasi kemajuan.
Pengambilan sampel ulang spesifikasi
Opsi yang memberikan sampling keluaran (semua hal berikut kecuali -transformasi) adalah
diuraikan dalam urutan yang muncul di baris perintah. Jadi perintah dengan -seperti
file.mnc -zelemen 34 -zlangkah 2 akan memberikan contoh seperti itu di file di file.mnc tapi
dengan 34 sampel pada 2 mm sepanjang zspasi sumbu. Pengambilan sampel default diambil dari
file input, ditransformasikan sesuai dengan transformasi apa pun.
-transformasi file.xfm
Tentukan file yang memberikan transformasi koordinat dunia (default adalah identitas
transformasi).
-invert_transformasi
Balikkan transformasi sebelum menggunakannya.
-noinvert_transformation
Jangan membalikkan transformasi (default).
-tfm_input_sampling
Transformasikan sampling input (menggunakan transformasi yang ditentukan oleh -transformasi)
bersama dengan data dan gunakan ini sebagai pengambilan sampel default (default).
-gunakan_input_sampling
Gunakan sampling input sebagai sampling default, apa adanya, tanpa transformasi, genap
meskipun data sedang diubah (perilaku lama).
-seperti file.mnc
Tentukan file model yang memberikan dunia keluaran ke transformasi dan angka voxel
elemen (yaitu mengubah file ini sehingga terlihat seperti itu).
-standar_sampling
Atur pengambilan sampel ke nilai standar (mulai = 0, langkah = 1, titik cosinus arah
sepanjang sumbu yang sesuai).
-tipe spasi tali
Tetapkan nama ruang keluaran (biasanya warga asli____ or talaiach_).
-talairach
Setel nama ruang keluaran menjadi talairach_.
-unit tali
Mengatur unit ruang output.
-asal ox oy oz
Tentukan koordinat voxel pertama. Ini tidak sama dengan nilai awal
jika arah cosinus tidak standar. Juga, awalnya bukan hanya
proyeksi tegak lurus dari asal ke sumbu, itu adalah proyeksi paralel
(seperti dalam proyeksi jajaran genjang multi-dimensi). Konversi ditangani
dengan benar dengan opsi ini.
-elemen nx ny nz
Jumlah elemen di sepanjang setiap dimensi dunia.
-xelemen nx
Jumlah elemen sepanjang dimensi xspace.
-elemen ny
Jumlah elemen di sepanjang dimensi ruang y.
-zelemen nz
Jumlah elemen di sepanjang dimensi zspace.
-langkah xlangkah langkahmu zlangkah
Langkah di antara voxel di sepanjang masing-masing dimensi dunia.
-xlangkah xlangkah
Langkah antara voxel sepanjang dimensi xspace.
-ylangkah langkahmu
Langkah antara voxel sepanjang dimensi ruang y.
-zlangkah zlangkah
Langkah antara voxel sepanjang dimensi zspace.
-Mulailah xmulai mulai mulai
Posisi pusat voxel pertama di sepanjang masing-masing dimensi dunia.
-xmulai xmulai
Posisi pusat voxel pertama sepanjang dimensi xspace.
-mulai mulai
Posisi pusat voxel pertama sepanjang dimensi ruang y.
-zmulai mulai
Posisi pusat voxel pertama sepanjang dimensi ruang z.
-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Arah cosinus untuk masing-masing sumbu dunia.
-xdircos x1 x2 x3
Kosinus arah untuk dimensi ruang x.
-ydircos y1 y2 y3
Kosinus arah untuk dimensi ruang y.
-zdircos z1 z2 z3
Kosinus arah untuk dimensi ruang z.
Dimensi pemesanan
Defaultnya adalah mempertahankan urutan dimensi asli.
-melintang
Tuliskan irisan melintang.
-sagital
Tulis irisan sagital.
-mahkota
Tulis irisan koronal.
Keluaran data mengetik dan jarak
Default untuk jenis, tanda, dan rentang yang valid adalah menggunakan file input. Jika tipenya adalah
ditentukan, maka tanda dan rentang yang valid disetel ke default untuk jenis itu. Jika tandanya adalah
ditentukan, maka rentang yang valid diatur ke default untuk jenis dan tanda.
-byte Simpan voxel keluaran dalam format integer 8-bit.
-pendek Simpan voxel keluaran dalam format integer 16-bit.
-int Simpan voxel keluaran dalam format integer 32-bit.
-panjang Digantikan oleh -int.
-mengapung Simpan voxel keluaran dalam format titik mengambang 32-bit.
-dua kali lipat
Simpan voxel keluaran dalam format titik mengambang 64-bit.
-tertanda
Tulis nilai sebagai bilangan bulat yang ditandatangani (default untuk pendek dan panjang). Diabaikan karena
jenis titik mengambang.
-tidak ditandatangani
Tulis nilai sebagai bilangan bulat yang tidak ditandatangani (default untuk byte). Diabaikan karena mengambang
jenis titik.
-jarak menit max
menentukan rentang nilai voxel keluaran yang valid. Default adalah rentang penuh untuk
mengetik dan menandatangani. Opsi ini diabaikan untuk nilai floating point.
-keep_real_range
Pertahankan minimum dan maksimum nyata dari volume input, sehingga nilainya adalah
diskalakan dengan cara yang sama pada output. Ini sangat berguna untuk membuat sampel ulang label
volume di mana nilai intensitas interpolasi tidak masuk akal.
-nokeep_real_range
Hitung ulang minimum dan maksimum sebenarnya untuk setiap irisan keluaran. Ini adalah default.
Penanganan of tidak terdefinisi (tidak sah) voxel nilai-nilai
-mengisi Voxel keluaran yang berada di luar volume masukan memiliki nilai yang tidak ditentukan. Ketika
-mengisi opsi digunakan, voxel ini diberi nilai yang berada di luar valid
rentang (kurang dari minimum yang valid, jika jenis, tanda, dan rentang yang valid mengizinkan) jadi
bahwa mereka dapat dideteksi oleh perangkat lunak lain. Nilai dari voxel ini bukan
termasuk dalam gambar-maks dan gambar-min variabel.
-tidak isi
Gunakan nilai nyata/fisik (bukan nilai voxel) nol untuk titik di luar input
volume. Poin-poin ini termasuk dalam perhitungan gambar-maks dan gambar-min
variabel. Ini adalah default.
-nilai isi nilai isi
Menentukan nilai nyata/fisik (bukan nilai voxel) untuk titik di luar input
volume. Poin tidak termasuk dalam perhitungan gambar-maks dan gambar-
menit variabel.
Interpolasi Pilihan
-trilinier
Lakukan interpolasi tri-linear antara voxel. Tepi volume berada di
pusat voxel pertama dan terakhir dari suatu dimensi. Ini adalah default.
-trikubik
Lakukan interpolasi tri-kubik antara voxel. Tepi volume berada di
pusat voxel pertama dan terakhir dari suatu dimensi.
-tetangga_terdekat
Lakukan interpolasi tetangga terdekat antara voxel (mis. temukan voxel yang paling dekat dengan
titik dan menggunakan nilainya). Tepi volume berada di tepi yang pertama
dan voxel terakhir dari suatu dimensi (pusat +/- pemisahan setengah voxel).
-sin Lakukan interpolasi berjendela-sinc yang dinormalisasi ulang antara voxel, seperti yang dijelaskan oleh Thacker
dkk. JMRI 10:582-588 (1999).
-lebar n
Menentukan lebar setengah dari kernel interpolasi sinc, dalam kisaran dari 1 hingga
10. Lebar kernel sinkronisasi penuh adalah n * 2 + 1, dan karenanya bervariasi dari 3 hingga 21.
Nilai default adalah 5 memberikan lebar penuh 11.
-hanning
Gunakan jendela Hanning dengan sinc interpolant. Ini adalah default.
-memukul
Gunakan jendela Hamming dengan sinc interpolant.
Umum Pilihan
-bantu Cetak ringkasan opsi baris perintah dan keluar.
-versi
Cetak nomor versi program dan keluar.
CONTOH
Contoh ulang otak individu dalam ruang standar pada kisi pengambilan sampel standar:
mincresample individu.mnc in_std_space.mnc \
-transformasi transform_to_standard_space.xfm \
-seperti standard_sampling.mnc
Sampel ulang volume MRI untuk dicocokkan dengan volume PET, tetapi dengan resolusi yang lebih baik:
mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -seperti pet.mnc \
-langkah 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-elemen 256 256 64
Ubah volume transversal menjadi volume sagital:
mincresample transversal.mnc sagittal.mnc \
-sagital -terdekat
Ubah volume melintang 256x256x64 (1x1x2mm) menjadi volume sagital 256x128x256 (1x1x1mm):
mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagital \
-zlangkah 1 -znelem 128
Dapatkan pengambilan sampel aksial yang lebih baik pada volume PET:
mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zlangkah 2 -zelemen 46
Gunakan mincresample online menggunakan layanan onworks.net
