minimap - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

minimap - pemetaan cepat antara sekuens DNA panjang

RINGKASAN

peta kecil [-lSOV] [-k kmer] [-w ukuran menang] [-I ukuran batch] [-d file sampah] [-f ocThres] [-r
lebar pita] [-m minDibagikan] [-c hitungan menit] [-L pertandingan min] [-g kesenjangan maksimal] [-T debuThres] [-t
nUtas] [-x ditetapkan] target.fa kueri.fa > keluaran.paf

DESKRIPSI

Minimap adalah alat untuk secara efisien menemukan beberapa perkiraan posisi pemetaan antara dua
set urutan panjang, seperti antara membaca dan genom referensi, antara genom dan
antara membaca bising panjang. Minimap memiliki fase pengindeksan dan pemetaan. Dalam pengindeksan
fase, ia mengumpulkan semua peminimal dari sekumpulan besar urutan target dalam tabel hash; di dalam
fase pemetaan, ini mengidentifikasi cluster yang baik dari hit minimizer kolinear. Minimap tidak
tidak menghasilkan penyelarasan terperinci antara target dan urutan kueri. Itu hanya
menampilkan perkiraan awal dan koordinat akhir dari cluster ini.

PILIHAN

Pengindeksan Pilihan
-k INT Perkecil panjang k-mer [15]

-w INT Perkecil ukuran jendela [2/3 panjang k-mer]. Minimizer adalah k-mer terkecil
di jendela w k-mers berturut-turut.

-I NUM Muat paling banyak NUM basis target ke dalam RAM untuk pengindeksan [4G]. Jika ada lebih dari
NUM pangkalan di target.fa, minimap perlu dibaca kueri.fa beberapa kali untuk memetakannya
terhadap setiap batch urutan target. NUM mungkin diakhiri dengan k/K/m/M/g/G.

-d FILE Buang indeks perkecil ke FILE [tidak ada pembuangan]

-l Tunjukkan bahwa target.fa sebenarnya adalah indeks perkecil yang dihasilkan oleh opsi -d, tidak
file FASTA atau FASTQ.

Pemetaan Pilihan
-f FLOAT Abaikan bagian atas FLOAT fraksi dari peminimal yang paling banyak muncul [0.001]

-r INT Perkiraan bandwidth untuk pengelompokan hit minimizer awal [500]. A meminimalkan
memukul adalah minimizer yang ada di urutan target dan kueri. A meminimalkan
memukul kelompok adalah sekelompok hit minimizer kolinear yang berpotensi antara target
dan urutan kueri.

-m FLOAT Gabungkan cluster hit minimizer awal jika FLOAT atau fraksi minimal yang lebih tinggi
dibagi antara cluster [0.5]

-c INT Pertahankan cluster hit minimizer jika berisi INT atau lebih meminimalkan hit [4]

-L INT Buang cluster hit minimizer jika setelah kolinearisasi, jumlah yang cocok
pangkalan ada di bawah INT [40]. Opsi ini terutama mengurangi ukuran output. Memiliki
sedikit efek pada kecepatan dan memori puncak.

-g INT Pisahkan cluster hit yang meminimalkan di celah INT-bp atau lebih yang tidak mengandung
setiap meminimalkan hit [10000]

-T INT Tutupi wilayah pada urutan kueri dengan ambang batas skor SDUST INT; 0 untuk menonaktifkan
[0]. SDUST adalah algoritma untuk mengidentifikasi suburutan dengan kompleksitas rendah. Bukan itu
diaktifkan secara default. Jika SDUST lebih disukai, nilai antara 20 dan 25 adalah
direkomendasikan. Ambang batas yang lebih tinggi menutupi lebih sedikit urutan.

-S Lakukan pemetaan semua-vs-semua. Dalam mode ini, jika nama urutan kueri adalah
secara leksikografis lebih besar dari nama urutan target, hit di antara mereka
akan ditekan; jika nama urutan kueri sama dengan nama target,
hit Minimizer diagonal juga akan ditekan.

-O Jatuhkan hit minimizer jika jauh dari hit lainnya (EKSPERIMENTAL). Ini
opsi ini berguna untuk memetakan kromosom panjang dari dua spesies yang berbeda.

-x STR Mengubah beberapa pengaturan berdasarkan STR [tidak diatur]. Disarankan untuk melamar
opsi ini sebelum opsi lain, sehingga opsi berikut dapat menimpa
beberapa pengaturan yang dimodifikasi oleh opsi ini.

ava10k untuk PacBio atau Oxford Nanopore all-vs-all read mapping (-Sw5 -L100 -m0).

Input / Output Pilihan
-t INT Jumlah utas [3]. Minimap menggunakan paling banyak tiga utas saat mengumpulkan
meminimalkan pada urutan target, dan menggunakan hingga INT+1 utas saat memetakan (
utas tambahan untuk I/O, yang sering menganggur dan membutuhkan sedikit waktu CPU).

-V Cetak nomor versi ke stdout

KELUARAN FORMAT

Minimap menampilkan posisi pemetaan dalam Pairwise mApping Format (PAF). PAF adalah TAB-
format teks dibatasi dengan setiap baris terdiri dari setidaknya 12 bidang seperti yang dijelaskan dalam
tabel berikut:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Kol │ Tipe │ Deskripsi Produk │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
1 string Nama urutan kueri
2 int Panjang urutan kueri
3 int Koordinat awal kueri (berbasis 0)
4 int Koordinat akhir kueri (berbasis 0)
5 char `+' jika query dan target pada untai yang sama; `-' jika berlawanan
6 string Nama urutan target
7 int Target panjang urutan
8 int Koordinat awal target pada untai asli
9 int Koordinat ujung target pada untai asli
10 int Jumlah basis yang cocok dalam pemetaan
11 int Basis bilangan, termasuk celah, dalam pemetaan
12 int Kualitas pemetaan (0-255 dengan 255 untuk hilang)
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Ketika perataan tersedia, kolom 11 memberikan jumlah total kecocokan urutan,
ketidaksesuaian dan kesenjangan dalam keselarasan; kolom 10 dibagi dengan kolom 11 memberikan keselarasan
identitas. Karena minimap tidak menghasilkan perataan terperinci, kedua kolom ini adalah
perkiraan. PAF mungkin secara opsional memiliki bidang tambahan dalam nilai kunci yang diketik seperti SAM
format. Minimap menulis jumlah klik minimizer dalam sebuah cluster ke tag cm.

Gunakan minimap online menggunakan layanan onworks.net