sake - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

ssake - merakit jutaan sekuens DNA yang sangat pendek

RINGKASAN

Perakitan progresif jutaan sekuens DNA pendek dengan pencarian k-mer melalui awalan
pohon dan ekstensi 3'.

PILIHAN

-f File Fasta yang berisi semua bacaan [berpasangan (-p 1) / tidak berpasangan (-p 0)] (wajib)
dipasangkan membaca harus sekarang be dipisahkan by ""

-s File Fasta yang berisi urutan untuk digunakan sebagai seed secara eksklusif (sebutkan hanya jika
berbeda dari set baca, opsional)

-m Jumlah minimum pangkalan yang tumpang tindih dengan seed/contig selama konsensus overhang
membangun (default -m 16)

-o Jumlah minimum pembacaan yang diperlukan untuk memanggil basis selama ekstensi (default -o 3)

-r Rasio basis minimum yang digunakan untuk menerima basis konsensus yang menggantung (default -r 0.7)

-t Pangkas hingga -t dasar pada ujung tambahan ketika semua kemungkinan telah habis
untuk ekstensi (default -t 0)>

-p Bacaan akhir berpasangan digunakan? (-p 1=ya, -p 0=tidak, default -p 0)

-v Berjalan dalam mode verbose (-v 1=yes, -v 0=no, default -v 0, opsional)

-b Nama dasar untuk file keluaran Anda (opsional)

============ Opsi di bawah ini hanya dipertimbangkan dengan -p 1 ============

-d Jarak rata-rata yang diharapkan/diamati antara pembacaan akhir berpasangan (default -d 200, opsional)

-e Kesalahan (%) diperbolehkan pada jarak rata-rata misalnya -e 0.75 == jarak +/- 75% (default -e
0.75, opsional)

-k Jumlah minimum tautan (pasangan baca) untuk menghitung perancah (default -k 2, opsional)

-a Rasio tautan maksimum antara dua pasangan contig terbaik *nilai yang lebih tinggi menghasilkan yang paling sedikit
perancah yang akurat* (default -a 0.70, opsional)

-z Ukuran contig minimum untuk melacak pembacaan akhir berpasangan (default -z 50, opsional)

-g File Fasta yang berisi pembacaan urutan yang tidak berpasangan (opsional)

Gunakan stake online menggunakan layanan onworks.net