Ini adalah perintah ugene yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
UGEN - suite bioinformatika terintegrasi
RINGKASAN
ugene -ui
ugene [PILIHAN]
DESKRIPSI
UGEN adalah lingkungan lintas platform untuk analisis urutan DNA dan protein. UGEN
mengintegrasikan algoritma komputasi bioinformatika paling populer dan menyediakan GUI
dan antarmuka baris perintah untuk melakukan analisis kompleks dari data genom.
Fitur utama dari UGEN:
* Lihat dan analisis urutan DNA atau protein beranotasi
* Visualisasi dan pengeditan kromatogram
* Penampil 3D terintegrasi untuk file dalam format PDB dan MMDB
* Dukungan terintegrasi dari permintaan pencarian ke database NCBI
* Penyelarasan beberapa urutan menggunakan MUSCLE3, MUSCLE4 dan KAlign
* Pembuatan dan pencarian profil HMM, berdasarkan sumber HMMER2 dan HMMER3
* Algoritme prediksi struktur sekunder protein modern berdasarkan GORIV dan PsiPred
* Analisis filogenetik dengan Phylip
* Desain PCR Primer menggunakan paket Primer3
* Kloning in silico
* Cari situs pengikatan faktor transkripsi dalam urutan DNA menggunakan SITECON
* Cari enzim restriksi dan integrasi dengan REBASE
* Cari pengulangan langsung dan terbalik
* Perakitan referensi DNA menggunakan Bowtie
* Terjemahan kembali protein
* Cari ORF
* Desainer untuk alur kerja dan kueri komputasi yang kompleks
UGEN memiliki struktur modular dan hampir semua fungsinya hadir dalam plugin.
Secara internal UGEN dirancang dengan dukungan paralelisme untuk menghasilkan keuntungan dari penggunaan
komputer multicore. Setiap tugas komputasi di UGEN dilakukan di latar belakang dan tidak
tidak memblokir interaksi pengguna dengan antarmuka grafis.
PILIHAN
-ui jalankan versi GUI dari UGEN
--membantu cetak pesan penggunaan yang merangkum semua opsi baris perintah dan program
versi, lalu keluar.
--lisensi
membuang informasi lisensi
--tugas= or nama-skema> [opsi-skema]
jalankan skema alur kerja yang diberikan
--status-bar-sembunyikan
jangan tampilkan bilah status tugas
--ini-file=
muat file pengaturan UGENE khusus
--tingkat log-tidak muncul
jangan tampilkan level pesan di log
--log-tidak-muncul-tanggal
jangan tampilkan info tanggal & waktu di log
--log-no-show-category
jangan tampilkan kategori pesan di log
--log-tingkat-jejak
tampilkan pesan log jejak
--log-tingkat-tidak ada
jangan tampilkan pesan log
--log-tingkat-info
tampilkan pesan kesalahan dan info log (default)
--log-tingkat-kesalahan
hanya tampilkan pesan log kesalahan
--log-level-detail
tampilkan pesan log detail
--log-warna-output
pesan keluaran berwarna
--task-remote-machine=
jalankan tugas yang disediakan pada mesin jarak jauh yang diberikan
--ugene-tetap-hidup
jangan berhenti ugene setelah menyelesaikan tugas yang diberikan
--transl=
memuat terjemahan bahasa tertentu. Bahasa ditetapkan sebagai ISO dua huruf
639 kode bahasa
PERINTAH
UGEN memiliki perintah untuk sebagian besar fitur yang signifikan. Perintah dapat dijalankan sebagai
ugene [perintah-argumen]
ugene --tugas= [perintah-argumen]
Lihat bantuan untuk setiap perintah yang berjalan ugene --bantuan= .
Daftar perintah yang tersedia dapat dibuang menggunakan ugene --Tolong.
Gunakan ugene online menggunakan layanan onworks.net
