Ini adalah perintah vcf_filter yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
vcf_filter - Filter file VCF
RINGKASAN
vcf_filter [-h] [--tidak ada hubungan pendek] [--tidak difilter] [--output OUTPUT] [--skrip lokal
LOCAL_SCRIPT] filter masukan [filter_args] [filter [filter_args]] ...
DESKRIPSI
Skrip ini adalah bagian dari PyVCF.
PILIHAN
posisi argumen:
masukan File untuk diproses (gunakan - untuk STDIN) (default: Tidak ada)
opsional argumen:
-h, --membantu
Tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar. (default: Salah)
--tidak ada korsleting
Jangan hentikan pemrosesan filter di situs jika ada filter yang dipicu (default: False)
--keluaran KELUARAN
Nama file untuk menghasilkan [STDOUT] (default: <_io.TextIOWrapper name=' ' mode = 'w'
encoding='ANSI_X3.4-1968'>)
--tanpa filter
Hanya keluaran situs yang melewati filter (default: False)
--skrip lokal LOCAL_SCRIPT
File python di direktori kerja saat ini dengan kelas filter (default: Tidak Ada)
mgq:
Filter situs dengan varian kualitas rendah saja. Dimungkinkan untuk memiliki situs yang tinggi
kualitas dengan banyak panggilan berkualitas rendah. Filter ini menuntut setidaknya satu panggilan berada di atas
kualitas ambang batas.
--genotipe-kualitas GENOTYPE_QUALITY
Filter situs tanpa genotipe di atas kualitas ini (default: 50)
hanya snp:
Pilih hanya varian SNP
dp:
Ambang kedalaman baca per sampel
--kedalaman-per-sampel DEPTH_PER_SAMPLE
Cakupan minimum yang diperlukan dalam setiap sampel (default: 5)
dps rata-rata:
Ambang batas kedalaman baca rata-rata per sampel (kedalaman_baca / jumlah_sampel)
--avg-kedalaman-per-sampel AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
Cakupan rata-rata minimum yang diperlukan per sampel (default: 3)
bb:
Filter situs yang terlihat seperti kesalahan pengurutan yang berkorelasi. Beberapa urutan
teknologi, terutama pyrosequencing, menghasilkan hotspot mutasi di mana ada
tingkat kebisingan yang konstan, menghasilkan beberapa referensi dan beberapa panggilan heterozigot. Ini
filter menghitung Faktor Bayes untuk setiap situs dengan membandingkan kemungkinan binomial
kedalaman alelik yang diamati di bawah: * Sebuah model dengan kesalahan konstan sama dengan
MAF. * Sebuah model di mana setiap sampel adalah ploidi yang dilaporkan oleh penelepon. Ujian
nilai adalah log dari faktor bayes. Nilai yang lebih tinggi lebih mungkin untuk kesalahan.
Catatan: filter ini membutuhkan rpy2
--eblr EBLR
Filter situs di atas rasio peluang log kesalahan ini (default: -10)
persegi:
Filter situs berkualitas rendah
--kualitas situs SITE_QUALITY
Filter situs di bawah kualitas ini (default: 30)
Gunakan vcf_filter online menggunakan layanan onworks.net
