Ini adalah perintah velvetg_long yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows, atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
velvetg_long - konstruksi grafik de Bruijn, penghapusan kesalahan dan resolusi ulang
(UJIAN PANJANG)
DESKRIPSI
Penggunaan: direktori ./velvetg [opsi]
direktori
: nama direktori kerja
Standar pilihan:
-cov_cutoff
: penghapusan node cakupan rendah SETELAH bus wisata atau izinkan sistem untuk menyimpulkannya
(default: tidak ada penghapusan)
-ins_length
: jarak yang diharapkan antara dua pembacaan akhir yang dipasangkan (default: tidak ada pasangan baca)
-baca_trkg
: pelacakan posisi baca pendek dalam perakitan (default: tidak ada pelacakan)
-min_contig_lgth
: panjang contig minimum yang diekspor ke file contigs.fa (default: panjang hash * 2)
-amos_file
: ekspor perakitan ke file AMOS (default: tidak ada ekspor)
-exp_cov
: cakupan yang diharapkan dari wilayah unik atau memungkinkan sistem untuk menyimpulkannya
(default: tidak ada resolusi baca yang panjang atau berpasangan)
-long_cov_cutoff : penghapusan node dengan cakupan baca panjang rendah SETELAH tur
bis
(default: tidak ada penghapusan)
Advanced pilihan:
-ins_length*
: jarak yang diharapkan antara dua bacaan ujung berpasangan di masing-masing bacaan pendek
kumpulan data (default: tidak ada pasangan baca)
-ins_length_long
: jarak yang diharapkan antara dua pembacaan akhir berpasangan panjang (default: tidak ada pasangan baca)
-ins_length*_sd
: perkiraan standar deviasi dari masing-masing dataset (default: 10% dari yang sesuai
panjangnya)
[ganti '*' dengan tidak ada, '2' atau '_long' seperlunya]
-perancah
: scaffolding contigs menggunakan informasi akhir berpasangan (default: aktif)
-max_branch_length
: panjang maksimum dalam pasangan dasar gelembung (default: 100)
-maks_divergensi : tingkat divergensi maksimum antara dua cabang dalam gelembung
(bawaan: 0.2)
-max_gap_count
: jumlah celah maksimum yang diperbolehkan dalam penyelarasan dua cabang gelembung
(bawaan: 3)
-min_pair_count
: jumlah minimum koneksi ujung berpasangan untuk membenarkan perancah dua panjang
konfigurasi (default: 5)
-cakupan_maks
: penghapusan node cakupan tinggi SETELAH bus wisata (default: tidak ada penghapusan)
-cakupan_mask
: cakupan minimum yang diperlukan untuk wilayah contigs yang percaya diri (default: 1)
-long_mult_cutoff
: jumlah minimum pembacaan panjang yang diperlukan untuk menggabungkan contigs (default: 2)
-tidak terpakai_dibaca
: ekspor bacaan yang tidak digunakan dalam file UnusedReads.fa (default: tidak)
-kesejajaran
: mengekspor ringkasan penyelarasan contig ke urutan referensi (default: tidak)
-ekspor Difilter
: mengekspor node panjang yang dihilangkan oleh filter cakupan (default: tidak)
-bersih
: hapus semua file perantara yang tidak berguna untuk penghitungan ulang (default :
tidak)
-sangat bersih
: hapus semua file perantara (tidak mungkin dihitung ulang) (default: tidak)
-paired_exp_fraction
: hapus semua koneksi ujung berpasangan yang kurang dari fraksi yang ditentukan
jumlah yang diharapkan (default: 0.1)
-shortMatePaired*
: untuk perpustakaan pasangan-pasangan, tunjukkan bahwa perpustakaan mungkin terkontaminasi dengan
pembacaan akhir berpasangan (default tidak)
-konservasiPanjang
: pertahankan urutan dengan bacaan panjang di dalamnya (default tidak)
Keluaran:
direktori/contigs.fa
: file fasta contigs lebih panjang dari dua kali panjang hash
direktori/stats.txt
: file stats (tab-spasi) berguna untuk menentukan batas cakupan yang sesuai
direktori/Graph Terakhir
: file berformat khusus dengan semua informasi pada grafik akhir
direktori/velvet_asm.afg
: (jika diminta) file perakitan yang kompatibel dengan AMOS
Gunakan velvetg_long online menggunakan layanan onworks.net
