Ini adalah perintah WigeoN yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
wigeon - implementasi ulang utilitas deteksi anomali DNA Pintail 16S
DESKRIPSI
WigeoN memeriksa konservasi urutan antara kueri dan referensi tepercaya
urutan, baik dalam format penyelarasan NAST. Berdasarkan identitas urutan antara kueri
dan urutan referensi, ada jumlah variasi yang diharapkan di antara keselarasan.
Jika variasi yang diamati lebih besar dari kuantil 95% dari distribusi
variasi yang diamati antara urutan non-anomali, kemudian ditandai sebagai anomali.
WigeoN adalah implementasi ulang berbasis baris perintah yang fleksibel dari algoritma Pintail Appl
Mikrobiol Lingkungan. 2005 Des;7112:7724-36.
WigeoN berguna untuk menandai chimera dan anomali hanya dalam 16S rRNA . yang hampir full-length
urutan. WigeoN tidak memiliki sensitivitas dengan urutan kurang dari 1000 bp.
Untuk menjalankan WigeoN, Anda memerlukan urutan berformat NAST yang dihasilkan oleh utilitas nast-ier.
WigeoN adalah bagian dari rangkaian microbiomeutil.
PILIHAN
Diperlukan:
--kueri_NAST
file multi-fasta yang berisi urutan kueri dalam format penyelarasan
Opsional:
--db_NAST
db dalam format NAST
--db_FASTA
db dalam format fasta (format megablast)
--num_top_hits
default 1: hanya menggunakan satu kecocokan terbaik.
--merencanakan
--DEBUG
--exec_dir
cd ke exec_dir sebelum dijalankan
Gunakan WigeoN online menggunakan layanan onworks.net
