Ini adalah aplikasi Linux bernama BIRAP yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai Sample_Files.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama BIRAP dengan OnWorks ini secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
BIRAP
DESKRIPSI
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) adalah pipa Perl open source, mudah digunakan yang dapat digunakan untuk menganotasi ulang genom bakteri menggunakan data eksperimen. Alat ini mengintegrasikan profil ekspresi yang berasal dari RNA-seq dan/atau proteogenomik, membandingkannya dengan anotasi in silico yang ada dan membantu memvalidasi anotasi, mengidentifikasi daerah pengkodean protein baru, RNA nonkode yang diduga, serta membantu memperbaiki kesalahan dalam anotasi yang ada . Pipeline membutuhkan output "tumpukan" dari SAMtools untuk data RNA-seq dan file lokus peptida/ePST (GFF) dari alat Pemetaan Proteogenomik untuk data prote-ogenomik bersama dengan genom dan anotasi in silico yang ada. Ketika informasi mengenai lokus promotor dan terminator dalam genom (dalam format .coords) diberikan, saluran juga akan membantu mengidentifikasi RNA non-coding.
Fitur
- analisis wilayah intergenik genom bakteri
- anotasi ulang genom bakteri
- deteksi RNA kecil (sRNA)
- RNA-seq
- Proteogenomik
Para penonton
Sains/Penelitian
User interface
Konsol/Terminal, Baris Perintah
Bahasa Pemrograman
Perl
KATEGORI
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/birap/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
