Ini adalah aplikasi Linux bernama CUDAlign yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama CUDAlign dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
CUDAalign
Ad
DESKRIPSI
CUDAlig adalah alat yang mampu menyelaraskan urutan DNA berpasangan dengan ukuran tidak terbatas di GPU CUDA, menggunakan algoritma Smith-Waterman yang dikombinasikan dengan Myers-Miller. Ini menghasilkan keselarasan optimal dari 1 juta urutan dasar dalam 45 detik menggunakan GTX 560 Ti. Banyak pengoptimalan sedang dikembangkan untuk perangkat lunak ini. Lihatlah kertas-kertas berikut untuk informasi rinci:
[1] Edans Sandes, Alba Melo. Mengambil Keselarasan Smith-Waterman dengan Pengoptimalan untuk Urutan Biologis Megabase menggunakan GPU. Transaksi IEEE pada Sistem Paralel dan Terdistribusi, vol. 99, Pracetak, 2012
[2] Edans Sandes, Alba Melo. Penyelarasan Smith-Waterman dari Urutan Besar dengan GPU di Ruang Linier. IPDPS 2011: 1199-1211
[3] Edans Sandes, Alba Melo. CUDAalign: menggunakan GPU untuk mempercepat perbandingan urutan genom megabase. PPOPP 2010: 137-146
Kode sumber terbaru dapat ditemukan di Github. Lihat proyek MASA di https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
Para penonton
Sains/Penelitian
User interface
Java Swing, Baris perintah
Bahasa Pemrograman
C + +
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/cudalign/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
