Ini adalah aplikasi Linux bernama kSNP untuk dijalankan di Linux online yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai kSNP3.1_Linux_package.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan online aplikasi bernama kSNP ini untuk dijalankan di Linux online dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
kSNP untuk dijalankan di Linux online
Ad
DESKRIPSI
kSNP mengidentifikasi SNP pan-genom dalam satu set urutan genom, dan memperkirakan pohon filogenetik berdasarkan SNP tersebut. Penemuan SNP didasarkan pada analisis k-mer, dan tidak memerlukan penyelarasan sekuens ganda atau pemilihan genom referensi, sehingga kSNP dapat mengambil 100-an genom mikroba sebagai input. Lokus SNP didefinisikan oleh oligo dengan panjang k yang mengelilingi alel SNP pusat. kSNP dapat menganalisis genom lengkap (selesai) dan genom yang belum selesai dalam konfigurasi rakitan atau bacaan mentah yang belum dirakit. Genom yang telah selesai dan yang belum selesai dapat dianalisis bersama, dan kSNP dapat secara otomatis mengunduh file Genbank dari genom yang telah selesai dan menggabungkan informasi dalam file tersebut ke dalam anotasi SNP.Gardner, SN and Hall, BG 2013. Ketika penyelarasan seluruh genom tidak berfungsi: perangkat lunak kSNP v2 untuk penemuan SNP bebas penyelarasan dan filogenetik ratusan genom mikroba. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
