Ini adalah aplikasi Linux bernama SnowyOwl yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama SnowyOwl dengan OnWorks ini secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
Burung hantu bersalju
DESKRIPSI
SnowyOwl adalah saluran prediksi gen yang menggunakan data RNA-Seq untuk melatih dan memberikan petunjuk untuk generasi prediksi gen berbasis Model Markov Tersembunyi (HMM), dan untuk mengevaluasi model yang dihasilkan. Pipeline telah divalidasi dan disederhanakan dengan membandingkan prediksinya dengan model gen yang dikuratori secara manual dalam tiga genom jamur, dan hasilnya menunjukkan peningkatan substansial dalam sensitivitas dan selektivitas dibandingkan prediksi gen sebelumnya. Sensitivitas diperoleh dengan berulang kali menjalankan prediktor gen HMM Augustus dengan parameter input yang bervariasi, dan selektivitas dengan memilih model dengan homologi terbaik untuk protein yang diketahui dan kesepakatan terbaik untuk data RNA-Seq. SnowyOwl telah berhasil memprediksi gen dalam 26 genom jamur baru.
Pipeline dapat dipasang secara lokal untuk throughput tinggi dan kontrol atas konfigurasi. Itu juga dapat dijalankan di server jauh melalui antarmuka web yang nyaman untuk penggunaan sesekali.
Fitur
- Prediksi gen menggunakan data RNA-Seq
- Sensitivitas dan spesifisitas tinggi
- Pipeline disederhanakan dan divalidasi dengan model gen yang dikuratori secara manual
- Sangat dapat dikonfigurasi
- Konfigurasi default untuk jamur ascomycete dan basidiomycete
- Instal dan jalankan secara lokal untuk kontrol dan fleksibilitas
- Jalankan dari jarak jauh melalui antarmuka web untuk kenyamanan
Para penonton
Sains/Penelitian, Pengguna Akhir Tingkat Lanjut
User interface
Berbasis web, Baris perintah, GTK+
Bahasa Pemrograman
Piton, PHP
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
