Ini adalah aplikasi Linux bernama ViralFusionSeq [VFS] untuk dijalankan di Linux online yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan online aplikasi ini bernama ViralFusionSeq [VFS] untuk dijalankan di Linux online dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
ViralFusionSeq [VFS] untuk dijalankan di Linux online
DESKRIPSI
VFS sepenuhnya diuji di bawah sistem Ubuntu/Debian.** Pengumuman 1**: VFS lebih unggul dari Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Pada 2016, VFS adalah satu-satunya alat integrasi virus yang tersedia di sistem NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) adalah alat pengurutan throughput tinggi (HTS) serbaguna untuk menemukan peristiwa integrasi virus dan merekonstruksi transkrip fusi pada resolusi basis tunggal.
VFS menggabungkan informasi kliping lunak, analisis pasangan baca, dan perakitan de novo yang ditargetkan untuk menemukan dan menjelaskan peristiwa fusi virus-manusia.
Model statistik empiris yang sederhana namun efektif digunakan untuk mengevaluasi kualitas titik putus fusi.
Diperlukan parameter minimal yang ditentukan pengguna.
Kode sumber dengan panduan pengguna dan panduan instalasi VFS tersedia di bagian "File" sourceforge.
Kutipan: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Fitur
- Berlaku dan sepenuhnya diuji menggunakan data RNA-Seq dan DNA-Seq
- Manfaatkan informasi clipped-sequence (CS) dan pair-end (RP) untuk menemukan integrasi virus
- Rekonstruksi urutan transkrip fusi menggunakan informasi CS dan RP
Para penonton
Sains/Penelitian
Bahasa Pemrograman
Perl
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.