Questo è il comando autodock4 che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
autodock - aggancio di ligandi chimici ai recettori proteici
SINOSSI
dock automatico4 [Opzioni]
DESCRIZIONE
AutoDock esegue l'aggancio automatico dei composti chimici alle proteine, ovvero prevede
come piccole molecole, come substrati o candidati farmaci, si legano a un recettore di 3D . noto
struttura.
L'AutoDockSuite è costituito da due programmi principali di cui AutoDock esegue l'attracco di
il ligando a una serie di griglie che descrivono la proteina bersaglio e AutoGrid pre-calcola
queste griglie.
VERSIONI
-p nomefile_parametro
-l nome_file_log
-o Usa il vecchio formato PDBQ, carica q nelle colonne 55-61
-k Conserva i numeri dei residui originali
-i Ignora il controllo dell'intestazione
-t Analizza il file PDBQ per controllare le torsioni, quindi fermati.
-c < command_file Modalità di comando, per file
-c | control_program Modalità di comando, per control_program
ESEMPIO
Su Debian, la directory /usr/share/doc/autodock offre esempi da eseguire. Cambia in quello
directory e scompattare (come root) i file di mappa gzip, quindi eseguire AutoDock come mostrato
sotto:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
L'interpretazione dei risultati è aiutata dalla suite AutoDockTools. Si prega di ispezionare anche il
tutorial offerti online.
Utilizzare autodock4 online utilizzando i servizi onworks.net
