Questo è il comando bp_indexp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bp_index.pl - indicizza i file per l'uso da parte di bp_fetch.pl
SINOSSI
bp_index.pl nome_indice file1 file2 ecc.
DESCRIZIONE
bp_index.pl crea un indice bioperl per i file di sequenza forniti nell'elenco degli argomenti,
sotto il nome dell'indice. Ad esempio
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
creerebbe un indice chiamato 'nrdb' come nome di indice per il file nrdb.fasta, e
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
creerebbe un indice chiamato swiss per tutti i file in /data/swiss che terminano in .dat che
sono in formato EMBL.
Gli indici vengono costruiti utilizzando i moduli Bio/Index/*, in particolare Bio::Index::EMBL e
i moduli Bio::Index::Fasta. Qualsiasi script che utilizza questi moduli può utilizzare l'indice. A
un buon esempio di script è bp_fetch che recupera le sequenze e le invia a STDOUT, per
esempio
bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN
ottiene la sequenza ROA1_HUMAN dall'indice svizzero e la scrive in formato fasta su STDOUT.
VERSIONI
-fmt - Fasta (predefinito), svizzero o EMBL
-dir - directory in cui si trovano i file indice
(sovrascrive la variabile d'ambiente BIOPERL_INDEX)
Opzioni per l'uso da parte di esperti
-tipo - Tipo di file DBM.
(sovrascrive la variabile d'ambiente BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - segnala ogni aggiunta di indice (debug)
AMBIENTE
bp_index e bp_fetch coordinano dove si trovano i database utilizzando la variabile d'ambiente
BIOPERL_INDEX. Questo può essere sovrascritto utilizzando l'opzione -dir. Non esiste un valore predefinito, quindi
è necessario utilizzare l'opzione -dir o impostare BIOPERL_INDEX.
Il tipo di DB è coordinato con BIOPERL_INDEX_TYPE che, se non è presente, assume per impostazione predefinita il valore
qualunque cosa sia installata nei moduli bioperl, che di default è SDBM_File.
UTILIZZO IT TE
bp_index.pl è uno script che gestisce i moduli Index. Se vuoi usare questo script
pesantemente nel tuo lavoro, se è basato su Perl, è quasi certamente meglio guardare il
codice in questo script e copiarlo (probabilmente sarà più probabile che tu voglia usare
il codice bp_fetch).
ESTENDERE IT
bp_index è solo un wrapper attorno agli eccellenti moduli Index di James Gilbert presenti in bioperl
OPINIONI
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AUTORE - Ewan Birney
Ewan Birney[email protected]>
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