Questo è il comando bp_run_protdist.plp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
run_neighbor - esegue il programma 'protdist' di Phylip tramite Bioperl
SINOSSI
run_protdist [-i file di input] [-o nome file di uscita]
DESCRIZIONE
Fornisci un file di allineamento su cui eseguire protdist. Il file deve essere denominato .aln o .phy.
Questo è necessario per poter determinare se è necessario convertire un allineamento clustalw in
filippo. Sei libero di estendere lo script per lavorare su altri formati MSA che bioperl
supporti. Questo è destinato all'uso in pipeline manuali molto semplici.
Il file di input dovrebbe essere nominato nella forma di file.phy o file.aln il programma si aspetta a
file sotto forma di (\S+)\.(\S+).
Questo eseguirà l'applicazione 'protdist' usando la formula 'KIMURA' per costruire una proteina
matrice di distanza. Quelli con phylip3.6 vorranno apportare alcune modifiche se vogliono usare
JTT. Sono felice di aiutare ad aggiungere questo come argomento della riga di cmd se richiesto.
Usa bp_run_protdist.plp online utilizzando i servizi onworks.net
