Questo è il comando bp_search2gffp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bp_search2gff
SINOSSI
Uso:
bp_search2gff [-o file di output] [-f formato report] [-i nomefile di input] OPPURE file1 file2 ..
DESCRIZIONE
Questo script trasformerà un report SearchIO (BLAST, FASTP, SSEARCH, AXT, WABA) in GFF.
Le opzioni sono:
-i infilename - (facoltativo) inputfilename, verrà letto
file ARGV o da STDIN
-o nomefile - il nome del file di output [STDOUT predefinito]
-f formato - formato del risultato della ricerca (blast, fasta, waba, axt)
(ssearch è in formato fasta). Il formato predefinito è blast.
-t/--type seqtype - se vuoi vedere le informazioni sulla query o sull'hit
nel rapporto GFF
-s/--source - specifica la sorgente (sarà il nome dell'algoritmo
altrimenti come BLASTN)
--method - il tag del metodo (primary_tag) delle funzionalità
(il valore predefinito è similarità)
--scorefunc - una stringa o un file che, una volta analizzato, valuta
a una chiusura a cui verrà passata una funzionalità
oggetto e che restituisce il punteggio da stampare
--locfunc - una stringa o un file che, una volta analizzato, valuta
ad una chiusura che sarà approvata due
caratteristiche, query e hit e restituisce il
posizione (conforme a Bio::LocationI) per il
Funzionalità GFF3 creata per ogni HSP; la chiusura
può usare clone_loc() e create_loc()
funzioni per comodità, vedere i loro POD
--onehsp - stampa solo la prima funzionalità HSP per ogni risultato
-p/--parent - il genitore a cui dovrebbero fare riferimento le funzionalità HSP
se non il nome del risultato o della query (a seconda
su --tipo)
--target/--notarget - se aggiungere sempre o meno il tag Target
-h - questo menu di aiuto
--version - versione GFF da utilizzare (inserisci 3 qui per usare gff 3)
--component - genera campi componente GFF (cromosoma)
-m/--match - genera una riga 'match' che è un contenitore
di tutte le HSP di similarità
--addid - aggiunge il tag ID in assenza di --match
-c/--cutoff - specifica un valore limite
Specificare inoltre i nomi dei file che si desidera elaborare sulla riga di comando. Se non sono presenti file
sono specificati, allora si assume l'input STDIN. Si specifica questo eseguendo: bp_search2gff
file1 file2 file3
Utilizzare bp_search2gffp online utilizzando i servizi onworks.net
