Questo è il comando bp_sreformatp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
bpsreformat - converte i formati di sequenza
DESCRIZIONE
Questo script utilizza il sistema SeqIO che consente anche la conversione dei formati di sequenza
dati di sequenza o dati di allineamento di sequenze multiple. Il nome deriva dal fatto che Sean
Il programma sreformat di Eddy (parte del pacchetto HMMER) lo fa già. Il programma di Sean ci prova
per indovinare i formati di input mentre nel nostro codice attualmente richiediamo di specificare quale sia il
i formati di input e output sono e se i dati provengono da un allineamento di sequenze multiple o da
file di sequenza diretta.
Uso:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i NOMEFILE -o output.FORMAT
-h/--help Stampa questo aiuto
-if/--informat Specifica il formato di input
-of/--outformat Specifica il formato di output
-i/--input Specifica il nome del file di input
(per passare i dati su STDIN utilizzare il segno meno come nome file)
-o/--output Specifica il nome del file di output
(per passare i dati su STDOUT utilizzare il segno meno come nome file)
--msa Specifica che si tratta di dati di allineamento di sequenze multiple
--special Passerà parametri speciali ad AlignIO/SeqIO
object -- la maggior parte di questi sono per gli oggetti Bio::AlignIO
Elenco separato da virgole dei seguenti elementi
nointerleaved -- per phylip, formato non interleaved
idlinebreak -- per phylip, lo rende in formato molphy
percentuali -- per clustalw, mostra % id per riga
Usa bp_sreformatp online utilizzando i servizi onworks.net
