chemtool - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

chemtool - editor di strutture chimiche

SINOSSI

strumento chimico [Nome del file]

DESCRIZIONE

strumento chimico è un programma per disegnare molecole organiche ed esportarle come X bitmap, PNG,
File PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL o EPS. Funziona sotto il sistema X Window usando GTK
set di widget.

Il programma offre annulla/ripristina praticamente illimitati, due caratteri di testo più simboli, sette
colori, disegno a diverse scale di zoom e griglie di sfondo quadrate ed esagonali per semplificare
allineamento.

ESEMPI

In tutte le modalità di disegno e modifica, viene utilizzato il pulsante uno del mouse (di solito il pulsante sinistro) per
contrassegnare o disegnare oggetti, mentre il pulsante tre (il pulsante destro) può essere utilizzato per eliminare gli oggetti
del tipo attuale. Il pulsante centrale viene utilizzato principalmente nelle modalità di disegno del legame dove
consente un rapido cambiamento dei tipi di obbligazioni. A partire dalla versione 1.5, lo spazio di archiviazione predefinito
directory per i file di dati e l'estensione del nome file da utilizzare possono essere salvati tramite a
finestra di configurazione.

disegno of obbligazioni:
I legami possono essere tracciati in 4 diverse impostazioni angolari (esagono con intervalli di 30°, due
pentagoni con intervalli di 72° (orientamento diverso) e un ottagono di 45° i). (Intermedio
gli angoli sono possibili anche in tutte queste modalità - ignora semplicemente i punti marcatori in questo
Astuccio).

Il selettore dello stile di legame al centro della barra dei pulsanti determina il tipo di legame che è
disegnato - inizialmente, questo è un singolo legame. Se vuoi cambiare il tipo di obbligazione in un secondo momento,
o fai clic su di esso con il pulsante centrale del mouse per passare al tipo o ai tipi successivi, oppure
seleziona il tipo appropriato nel selettore, quindi passa alla modalità bondtype e scegli tutto
obbligazioni che si desidera convertire al nuovo tipo. (Il colore utilizzato per il legame è
aggiornato allo stesso tempo, se necessario.) Premendo il pulsante centrale del mouse su un legame quando in
La modalità 'Bondtype' inverte la direzione di quel legame.

Utilizzando il terzo pulsante del mouse (di solito il destro) si elimina il legame vicino al cursore
posizione.

I tipi di obbligazioni disponibili sono:

· legame singolo

· doppio legame

· doppio legame (linea più corta sull'altro lato)

· doppio legame centrato

· triplo legame (linee fiancheggianti più corte di quella centrale)

· triplo legame (con lunghezze di linea uguali)

· legame quadruplo

· legame a forma di cuneo

· legame tratteggiato a forma di cuneo

· linea ondulata

· mezza freccia

· freccia normale

· ampio legame

· cerchio

· linea tratteggiata

· legame singolo sovrapposto (che taglia un segmento da qualsiasi legame che attraversa)

· lobo orbitale pi chiaro

· lobo orbitale pi scuro

Semiautomatico disegno of anelli:
Gli anelli da 3 a 12 membri possono essere disegnati facilmente tenendo premuto il tasto Ctrl mentre si disegna a
linea. Questa linea diventerà quindi il primo segmento di un anello che viene disegnato automaticamente
in senso orario. La dimensione dell'anello predefinita è quella appropriata per il selezionato
modalità di disegno (cioè 5, 6 o 8 lati), ma può essere impostata su una base per anello premendo
Ctrl- prima di disegnare l'anello, dove i numeri 3-9 corrispondono a 3 a 9 membri
squilli, mentre da 0 a 2 selezionano rispettivamente anelli a 10, 11 e 12 membri.

Gli anelli appena disegnati possono essere cancellati premendo contemporaneamente Ctrl e il pulsante 3 del mouse.

disegno of curvo Linee:
Le linee curve per oggetti come frecce o lobi orbitali possono essere disegnate in modalità curva spline da
specificando quattro punti di controllo che formano un poligono di delimitazione (punto iniziale, due punti su
entrambi i lati del picco, punto finale). Dei normali tipi di obbligazioni disponibili nel menu Stile,
la 'linea singola', la 'semifreccia', la freccia e la 'linea tratteggiata' mantengono la loro normale funzione, mentre
il tipo 'linea larga' è usato per denotare un poligono pieno. I punti di controllo sono solo
visibile in Sposta modalità, dove possono essere trascinati per cambiare la forma di una curva dopo
è disegnato.

Configurazione legame style
In modalità stile legame, facendo clic su qualsiasi legame nel diagramma, la sua rappresentazione cambia in
tipo selezionato nel menu a tendina accanto al Tipologia pulsante.

Il tipo di obbligazione aggiuntivo disponibile nel menu a discesa,

freccia curva

è disponibile solo per il disegno. In realtà è una scorciatoia per uno dei disegni delle curve
funzioni sopra descritte, con il secondo e il terzo punto di controllo automaticamente
generato. In quanto tale, non può essere convertito in o da nessuno dei tipi di obbligazioni convenzionali.

(Si può, tuttavia, convertirlo in uno qualsiasi degli altri tipi di curva, ad esempio per cambiare il tipo di
punta di freccia). La forma della freccia di solito deve essere regolata spostando il
punto di controllo che appare accanto ad esso in modalità 'Sposta'.

inserzione testo
Il testo scritto nella casella di testo può essere posizionato con il cursore e può apparire a sinistra,
allineato al centro o a destra nel disegno. La dimensione e il colore del testo sono selezionabili da un fisso
elenco di scelte. Ci sono due caratteri speciali da usare per sub e apice
il seguente carattere:

'^' per aumentare (es. N^+)

'_' per scalare (es. CH_3)

Il carattere di controllo '|' è usato per mettere in corsivo il carattere seguente, come in |t-Bu.

È possibile selezionare un tipo di carattere in grassetto, tipicamente utilizzato per numerare i composti, precedendo il
carattere con un '#'.

Il carattere speciale '@' passa alla modalità simbolo, che utilizza il simbolo X11 standard
font. Tutti i tasti alfabetici producono i corrispondenti caratteri greci in questa modalità, e
molti altri simboli sono disponibili se i loro equivalenti Latin1 standard sono già
mappato sulla tastiera:

yen -> infinito

trattino -> freccia in alto

macron -> freccia in basso

I simboli 'plusminus' e 'registered' (marchio di fabbrica) sono già nel carattere standard,
anche se normalmente non sono disponibili sulla tastiera. Usa i seguenti comandi (o
aggiungi le dichiarazioni al tuo .xmodmaprc ) per renderli disponibili tramite +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R registrato' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P piùmeno' \
-e 'keysym u = u U trattino' \
-e 'keysym d = d D macron'

(questo porta a AltGr-P = plusminus, AltGr-R = registrato in modalità normale e AltGr-O =
infinito, AltGr-U = freccia su, AltGr-D = freccia giù nel carattere del simbolo).

Per i diagrammi "punti e croci", le seguenti mappature al carattere del simbolo potrebbero essere
utile: acuto -> croce (es. keysym x = x X acuto) punto centrale -> punto pieno (es. keysym
d = d D centrato sul periodo) (usando il segno dei gradi per il punto aperto).

Le versioni cerchiate dei segni più e meno per indicare la carica ionica sono disponibili come @+
e @- .

Quando vuoi usare i simboli come sub- o apice, posiziona il sub- o l'apice
carattere prima del carattere '@', ad esempio K_@a .

In modalità testo, il tasto destro del mouse elimina l'etichetta nella posizione del cursore. Mutevole
la dimensione, il carattere o il colore di un'etichetta possono essere definiti facendo clic con il tasto sinistro su di essa dopo aver scelto il
combinazione di impostazioni desiderata. Quando la casella di immissione del testo sopra l'area di disegno è vuota,
vengono aggiornate solo le impostazioni senza modificare il contenuto dell'etichetta, altrimenti il
anche il testo dell'etichetta viene sostituito. Se vuoi copiare il testo di un'etichetta esistente nel
casella di immissione testo, fare clic su di essa con il tasto centrale del mouse.

Etichettatura e i shortcuts
In tutte le modalità di disegno dei legami, sono disponibili diverse scorciatoie da tastiera per aggiungere simboli atomici
senza dover uscire dalla modalità di disegno. L'etichetta viene posizionata nella posizione di disegno corrente
(il punto finale dell'ultima linea tracciata o l'ultimo punto su cui si è fatto clic).

I tasti 'c','h','n','o','s','p' e 'r' inseriscono la corrispondente lettera maiuscola, 'l'
(L minuscola) inserisce 'Cl', mentre '1', '2', '3' inseriscono rispettivamente CH,CH_2 e CH_3. Il
il tasto asterisco (*) inserisce un cerchio pieno.

Premendo una volta la barra spaziatrice è possibile inserire etichette arbitrarie, che verranno posizionate su
la posizione corrente quando si preme il tasto Invio.

disegno elettrone coppie
I tasti del tastierino numerico possono essere utilizzati per tracciare brevi linee di "coppia di elettroni" accanto a un
simbolo dell'elemento - se si immagina che il simbolo dell'elemento sia posizionato sul tasto '5' centrale,
ogni chiave disegna la coppia di elettroni appropriata per la sua posizione. Se usato insieme al
Tasto Maiusc, vengono disegnati due punti invece di una linea: elimina semplicemente uno dei punti se
hai bisogno di un numero dispari di elettroni.

numerazione atomi
Per una rapida numerazione degli atomi in una molecola, passare a una delle modalità testo, tenere premuto
il tasto Ctrl e seleziona ciascun atomo in successione con il tasto sinistro del mouse. Numerazione
inizia da 1 e la sequenza può essere ripristinata in qualsiasi momento facendo clic con il pulsante destro del mouse.
Se è necessario utilizzare il proprio schema di numerazione, facendo clic sul pulsante centrale (mentre ancora
tenendo premuto il tasto Ctrl) fa in modo che prenda qualunque numero si trovi nel campo di immissione del testo.

Centraggio
Se non c'è abbastanza spazio per la tua molecola puoi metterla al centro del foglio
con il pulsante centrale.

Esportazione a estero formati:
Puoi esportare le tue molecole come una X bitmap, un'immagine PNG o EMF, un incapsulato
file postscript, un file di input per Brian Smith' xfig(1) programma, un MDL ver. 2000 moli
per lo scambio di dati con pacchetti commerciali, un file SVG per pagine Web XHTML o nel
Formato PicTeX per l'inclusione diretta nei documenti LaTeX. PicTeX, PNG, EMF e
Le funzioni di output Postscript si basano su fig2dev81) programma dal trasfigurazione(1) pacchetto
e sono disponibili solo quando questo programma è stato rilevato all'avvio. Se la fig2sxd(1)
programma è installato, è disponibile un'opzione di esportazione aggiuntiva per il formato OpenOffice SXD.
Allo stesso modo, se è installato il programma (apri) babel, un menu Esporta aggiuntivo che fornisce
l'accesso a tutti i tipi di file supportati da questo strumento diventa disponibile.

È possibile creare le uscite in diverse dimensioni in base alla scala di zoom corrente.
I file Postscript e PicTeX possono anche essere creati a scale arbitrarie selezionabili sul
menu di esportazione del file.

Un'opzione nel menu di configurazione può essere impostata per chiamare fig2dev in lingua internazionale
modalità, che renderà automaticamente qualsiasi testo scritto nel carattere alternativo (Times) usando
il font postscript appropriato per la localizzazione attuale (attualmente croato, cirillico,
ceco, ungherese, giapponese, coreano, polacco). Vedi il fig2dev documentazione per i dettagli.

Per includere il file PicTeX nel documento LaTeX, avrai bisogno del pacchetto macro pictex.
A seconda delle versioni utilizzate, potrebbe essere necessario caricare anche il pacchetto 'colore' nel
preambolo del tuo file LaTeX. Se riscontri messaggi di errore "Capacità TeX superata",
aumenta il parametro extra_mem_bot nel tuo texmf.cnf file (di solito in
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /ecc/texmf). Pictex è noto per il suo insolito
(per gli standard tex) i requisiti di memoria e le impostazioni standard non tengono conto di questo
(anche se potresti trovare un commento a la 'cambia questo se usi pictex' nel texmf.cnf
file). Qualcosa come extra_mem_bot=400000 non dovrebbe ferire su nessun moderatamente moderno
.

Stampa disegni
Dalla versione 1.5, stampa diretta di diagrammi su un dispositivo di stampa compatibile con Postscript (o
più tipicamente una coda di stampa che esegue ghostscript) è possibile. Il formato della carta,
ingrandimento, il nome della stampante e il comando di stampa da usare (attualmente sia lp(1) LPR(1)
or kprinter(1)) possono essere memorizzati nella finestra di dialogo di configurazione.

Selezione contro tutti i or Ricambi of a disegno per trasformazioni:
Usando il pulsante 'Segna', puoi facilmente selezionare parti del disegno corrente racchiudendo
loro con un rettangolo 'elastico'.

Se hai bisogno di aggiungere atomi al di fuori dell'area rettangolare alla tua selezione, disegna semplicemente
un altro elastico intorno a loro tenendo premuto il tasto Ctrl.

Le parti selezionate appariranno evidenziate in blu e sono immediatamente disponibili per

in movimento trascina semplicemente il frammento nella posizione desiderata con il mouse tenendo premuto
premuto il tasto sinistro del mouse. (Se hai solo bisogno di spostare singoli atomi o
obbligazioni, puoi semplicemente selezionarle e trascinarle in modalità "Sposta" senza doverle contrassegnare
prima loro).

rotante il movimento orizzontale del mouse si traduce in una rotazione regolare attorno al
punto di articolazione selezionato quando si preme il pulsante del mouse

flipping (rispecchiando) il frammento su un piano speculare orizzontale o verticale attraverso
il suo centro: questo si esegue cliccando sull'apposito pulsante del menu

copiatura facendo clic sul pulsante del menu 'Copia' si crea una copia esatta del selezionato
frammento leggermente sfalsato rispetto all'originale. Il segno è automaticamente
trasferita alla nuova copia.

ridimensionamento il movimento orizzontale del mouse viene tradotto in un aumento o una diminuzione graduale di
dimensione del frammento marcato

eliminazione per eliminare il frammento marcato è sufficiente cliccare sul terzo (solitamente quello destro)
pulsante del mouse dopo che è stato evidenziato.

inquadratura scegliendo una delle icone dall'elenco a discesa degli stili di cornice e parentesi
disegna l'oggetto corrispondente, ad es. una coppia di parentesi tonde, attorno al
frammento evidenziato.

ottimizzazione cliccando sul simbolo 'secchio e scopa' si richiama una funzione che rimuove
sovrapponendo (duplica) lega ed etichette dal disegno e raddrizza
linee quasi orizzontali o verticali.

Aggiunta in precedenza salvato cifre:
Per aggiungere un'altra molecola da un disegno chemtool salvato in precedenza, selezionalo nel file
finestra di selezione che appare quando si preme il pulsante 'Aggiungi'. Clic singolo su qualsiasi
nome file nell'elenco mostra una piccola anteprima della molecola per aiutare nella selezione. Il
la nuova molecola aggiunta viene automaticamente resa attiva in modo che possa essere riposizionata come
desiderato.

Se vuoi aggiungerlo a una posizione predefinita su un'altra molecola, puoi contrassegnarlo
sito allegato facendo clic con il pulsante sinistro del mouse su di esso invece di trascinare il rettangolo dell'indicatore. Un piccolo
apparirà un punto verde in quella che ora è la posizione di riferimento per la nuova parte. Se risparmi
molecole con un tale set di marcatori, definirà a sua volta il loro sito di attacco quando
vengono aggiunti a un altro disegno.

Aggiunta prima of , il predefinito modelli:
Selezionando "Modelli" dal menu "Strumenti" si apre una seconda finestra con una piccola raccolta
di strutture predefinite. Basta cliccare sull'immagine della molecola desiderata per aggiungerla a
il tuo disegno La finestra Modello può essere tenuta aperta durante una sessione di chemtool - se lo è
è nascosto da un'altra finestra, puoi spostarlo in primo piano selezionando il menu 'Modello'
in chemtool di nuovo.

I dati nel sistema di modelli differiscono dai normali disegni di chemtool solo per il fatto che
sono memorizzati all'interno del programma e in un formato leggermente scomodo (coordinate x e y
elencati separatamente nel file sorgente templates.h). Questi hanno lo scopo di fornire a
comodo set di base disponibile per tutti gli utenti, ma non estendibile individualmente (si può usare
la funzione 'Aggiungi' per le proprie strutture). Per favore fateci sapere se volete specifico
molecole aggiunte ai modelli - il loro nome o idealmente un normale file di disegno di chemtool
è tutto ciò di cui abbiamo bisogno. (inviare email a [email protected])

Importazione estero filetto formati:
Chemtool fornisce funzioni per l'importazione di file sia in formato PDB utilizzato da Protein
Database (e dalla maggior parte dei pacchetti di modellazione molecolare) e il formato proprietario MDL molfile
utilizzato da ISISdraw e compreso da altri pacchetti di disegno della struttura e database
frontend.

Poiché entrambi sono formati di file 3D, mentre chemtool gestisce solo proiezioni 2D, importate
le molecole vengono inizialmente lette in una memoria temporanea e visualizzate in blu sulla tela.
Questa rappresentazione 3D può quindi essere ruotata utilizzando il mouse. Solo dopo aver premuto il tasto Invio
tasto sulla tastiera viene convertito nella proiezione 2D finale che può essere modificata. Mentre
tale importazione 3D è in corso, tutte le normali funzioni di disegno e modifica sono disabilitate.

Con l'importazione MDL molfile, le etichette degli atomi di carbonio vengono scartate automaticamente. Per PDB
import, la quantità di etichettatura può essere scelta nella finestra di dialogo di selezione del file, che offre
ritenzione di tutte le etichette, solo di quelle degli atomi non di idrogeno, o solo di quelle non numeriche
parte delle etichette.

Se il programma babel è installato - la versione originale scritta da Pat Walters o
lo sforzo più recente di OpenBabel - chemtool offrirà automaticamente un'opzione di menu per
importando da uno qualsiasi dei formati di file supportati.

Determinazione somma formula ed molecolare peso:
La distribuzione contiene un programma di supporto, cht(1), di Radek Liboska (Praga) per calcolare
formula somma e peso molecolare (esatto) da un file di disegno di chemtool. È altresì
disponibile all'interno di chemtool per calcolare questi dati per la struttura corrente o a
frammento marcato di esso. cht può essere fuorviato da legami duplicati (chemtool non rimuove
legami sovrapposti, come potrebbero derivare da sistemi di anelli di fusione, automaticamente) e
dal simbolo 'anello aromatico', quindi dovresti evitarli e verificare la plausibilità del
formula somma generata ove possibile.

disegno funzioni non disponibile entro Strumento chimico:
Per le funzionalità non attualmente supportate da chemtool, come le funzioni generali di disegno delle linee,
ottenere il pacchetto di disegno XFig di Brian Smith xfig è altamente raccomandato. Circa l'unico
la cosa che non offre è il supporto per i tipi di linea "chimici" e gli angoli di disegno - che è
perché chemtool è stato scritto come una sorta di programma complementare. (Probabilmente ce ne saranno di più
le opzioni di disegno più necessarie aggiunte a chemtool nel tempo, ma duplicando il
caratteristiche più generiche di xfig sembra piuttosto inutile.)

Usa chemtool online utilizzando i servizi onworks.net