Questo è il comando circos che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \____\___/|___/
rotondo è buono
circos - genera informazioni grafiche composte circolarmente
SINOSSI
# indovina la posizione del file di configurazione
circhi
# usa un file di configurazione specifico
circos -conf circos.conf [-silenzioso]
# diagnosticare i moduli richiesti
circos -moduli
# pagina man
circos - uomo
# debugging dettagliato per i componenti del codice
# vedere http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GRUPPO1,[GRUPPO2,...]
# debug completo
circos -debug_group _all
# dump della configurazione di un blocco (o albero dei blocchi) di
# tutti i parametri che corrispondono a REGEXP (opzionale)
circos -cdump [BLOCCO1/[BLOCCO2/...]]{:REGEXP}
# sovrascrivere i parametri di configurazione
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no
# per divertimento - randomizza tutti i colori nell'immagine tranne
# COLORE1 e COLORE2
circo -randomcolor COLOR1,[COLOR2,...]
DESCRIZIONE
Circos è per visualizzare i dati in un layout circolare, ideale per esplorare le relazioni
tra oggetti o posizioni. Ci sono altri motivi per cui un layout circolare è
vantaggioso, non ultimo il fatto che sia attraente.
Circos non è una soluzione. È uno strumento per risolvere i problemi di visualizzazione. Per una data
problema, non sei sicuro che sia appropriato.
Hai un controllo preciso su come viene visualizzato ogni elemento di dati, aiutandoti a abbinare
rilievo alla pertinenza.
CONFIGURAZIONE
Le impostazioni devono essere passate utilizzando un file di configurazione di testo normale. Questo file può essere
creato manualmente o da un altro script, che consente di automatizzare completamente Circos.
Per la documentazione completa, vedere
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>
Sintassi
La configurazione è in testo semplice e composta da blocchi gerarchici. Alcuni blocchi, come
" sono obbligatori, mentre altri come " sono opzionali.
Per iniziare, fai riferimento al tutorial della guida rapida.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>
Un tipico file di configurazione potrebbe essere simile a questo
# dimensione e formato dell'immagine
...
# posizione e dimensione degli ideogrammi
...
# posizione, tipo e formato delle tracce di dati
...
...
# colori, caratteri e motivi di riempimento
< >
# parametri di sistema
< >
modularità
Il "< > direttiva importa un file di configurazione in un altro. Questo
La struttura aiuta a mantenere modulari i file di configurazione.
Definizioni dei parametri che non cambiano frequentemente, come le definizioni dei colori e dei caratteri,
sono convenzionalmente importati da file trovati in eccetera/ nella distribuzione.
Nei tutorial scoprirai che il " e " i blocchi vengono importati in
il file di configurazione principale. Poiché questi blocchi possono diventare piuttosto grandi, il principale
il file di configurazione è più leggibile se vengono relegati in file separati.
Override con *
Per sovrascrivere un parametro che è stato incluso da un file, utilizzare il suffisso "*". Il suffisso
è richiesto perché non sono consentite più definizioni di un parametro, tranne nei casi
dove un parametro è può avere più di un valore.
# file incluso definisce 'raggio'
< >
# questo sovrascriverà il valore del raggio
raggio* = 2500p
Il suffisso "*" può essere ripetuto per specificare quale valore ha la precedenza in un blocco.
raggio = 1500p
raggio* = 2500p
raggio** = 3000p # verrà utilizzata questa istanza di raggio
Override con Comando linea
Qualsiasi parametro di configurazione in un nome di blocco univoco può essere specificato sulla riga di comando
utilizzando
-param PERCORSO/PARAM=valore
Per esempio,
mostra = no
...
-param ideogramma/show=no
ed
predefinito = 0.01 r
...
-param ideogramma/spaziatura/default=0.01r
Quando conf() viene utilizzato nel file di configurazione per recuperare il valore di un parametro (qualsiasi
parametro, non solo quelli impostati da -param), si ottiene un sistema flessibile per modificare il
configurazione dalla riga di comando.
specie = umano
karyotype = data/karyotype/karyotype.conf(specie).txt
-param specie = ratto
È possibile ridefinire più parametri, ciascuno con il proprio flag "-param"
-param show_ticks=no -param image/radius=2000p
Fusione Blocchi
Più istanze dei seguenti blocchi vengono unite automaticamente: " ,
" , " , " , " , " , " e " .
Lo scopo di questo è consentire di aggiungere definizioni canoniche.
# questo file definisce il default , e
< >
# aggiungi al blocco colori
miocolore = 150,25,25
VERSIONI
Configurazione
-file di configurazione FILE
Nome del file di configurazione. Questo è richiesto.
Circos tenterà di indovinare la posizione di questo file, cercando "circos.conf" in
".", "..", e "../ ..".
Uscita Formato
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Alterna l'output dei file PNG e SVG.
Immagine Elementi
-mostra_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Sostituisci la visualizzazione dei segni di spunta e delle relative etichette. Questi sono entrambi solitamente definiti nel
bloccare.
Uscita Percorsi
-outputdir DIR, -dir DIR
-file di output FILE, -file FILE
Cambia la directory di output e il nome del file. Il FILE può contenere un percorso.
Debug
-debug
Attiva l'output di debug di base. Riporta le informazioni da
immagine, io, livello, riepilogo, timer
gruppi di debug (vedi sotto).
-debug_group {+-}GRUPPO1,[{+-}GRUPPO2,...]
Attiva l'output di debug per gruppi specifici. Per un elenco di gruppi, vedere
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>
Per aggiungere un gruppo all'output, premettilo con +. Per rimuoverlo, con -.
# usa i gruppi di debug predefiniti ma escludi layer e io
-debug -debug_group -layer,-io
# usa i gruppi di debug predefiniti e aggiungi la spaziatura
-debug -debug_group +spaziatura
# specifica esplicitamente i gruppi
-debug_group png,io,timer
Per elencare i gruppi supportati, usa il flag senza argomenti
-gruppo_debug
-tempo
Informazioni sulla tempistica del rapporto. Uguale a -debug_group +timer
-silenzioso
Non generare rapporti.
-paranoide, -noparanoide
Esegui in modalità paranoica (impostazione predefinita) o meno. L'impostazione predefinita per questa impostazione è definita da
'paranoico' in etc/housekeeping.conf.
-avvertimenti, -non avvisi
Visualizza avvisi o meno (impostazione predefinita). L'impostazione predefinita per questa impostazione è definita da
'avvisi' in etc/housekeeping.conf.
-fakeerror =elemento -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
Falsificare un errore visualizzando il messaggio di errore per la categoria CAT e l'ID del nome dell'errore. Se
uno o nessuno dei due sono specificati, elenca gli errori disponibili.
A meno che non ti piaccia davvero vedere i messaggi di errore, ci dovrebbero essere pochi motivi per farlo
vuole usare questo.
Impiego
-versione
Mostra la versione.
-Aiuto
Mostra una breve sinossi di utilizzo.
-uomo
Mostra pagina man.
scherzare Art Around
-colorecasuale [colore1,colore2,...]
Randomizza il colore di ogni elemento nell'immagine, ad eccezione di un elenco opzionale di
colori.
Ad esempio, per mantenere lo sfondo bianco e tutto ciò che è nero,
-colore casuale bianco, nero
Usa circos online usando i servizi onworks.net
