Questo è il comando cmconvert che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online di Windows o emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
cmconvert - converte i file del modello di covarianza infernale
SINOSSI
cmconvert [opzioni]
DESCRIZIONE
. cmconvert l'utilità converte un file di modello di covarianza di input in diversi Infernal
formati.
Per impostazione predefinita, il file CM di input può essere qualsiasi file CM creato da Infernal versione 1.0 o successiva;
il file CM di output è un formato Infernal corrente. File da versioni precedenti alla versione
1.0 non può essere convertito.
può essere '-' (trattino), che significa leggere questo input da stdin piuttosto che un file.
VERSIONI
-h Aiuto; stampa un breve promemoria dell'utilizzo della riga di comando e di tutte le opzioni disponibili.
-a Profili di output in formato testo ASCII. Questa è l'impostazione predefinita.
-b Profili di output in formato binario.
-1 Output nel formato di testo ASCII legacy Infernal1 (Infernal v1.0 fino a v1.0.2). A causa di
modifiche importanti tra la versione v1.0.2 e v1.1, tutti i parametri statistici del valore E
calcolato da cmcalibrare in non verrà scritto nell'output convertito
file.
--mlhmm
Non generare un file CM. Invece, genera un HMM p7 di massima verosimiglianza costruito da
ogni CM in in formato di testo ASCII HMMER3. L'HMM sarà stato costruito
per essere il più simile possibile al CM, senza modellare la struttura secondaria. Questo
L'opzione potrebbe essere utile per studi comparativi di Infernal e HMMER3.
--fhmm Non generare un file CM. Invece, generare il filtro p7 HMM per ogni CM in
nel formato di testo ASCII HMMER3.
Utilizzare cmconvert online utilizzando i servizi onworks.net
