cmfetch - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

cmfetch - recupera i modelli di covarianza da un file

SINOSSI

cmfetch [opzioni]
(recupera CM di nome )

cmfetch -f [opzioni]
(recupera tutti i CM elencati in )

cmfetch --indice [opzioni]
(indici per il recupero)

DESCRIZIONE

Recupera uno o più CM da un (un grande database Rfam, per esempio).

Per abilitare il recupero molto veloce, indicizzare il prima, usando cmfetch --indice. L'indice
è un file binario chiamato .ssi.

La modalità predefinita consiste nel recuperare un singolo CM per nome o adesione, chiamato . Nel
esempio:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

Grazie alla -f opzione, a viene invece letto un elenco di una o più chiavi.
Il primo campo delimitato da spazi su ogni riga non vuota di commento del
è usato come a , e tutti i dati rimanenti sulla linea vengono ignorati. Questo permette una varietà
di file di dati delimitati da spazi bianchi da utilizzare come S.

Quando si usa -f e , if è stato indicizzato, le chiavi vengono recuperate nel
ordine in cui si verificano nel , ma se non è indicizzato, le chiavi vengono recuperate in
l'ordine in cui si verificano nel . Questo è un effetto collaterale di un'implementazione che
consente di recuperare più chiavi anche se il è un flusso non riavvolgibile, come
un tubo di ingresso standard.

In uso normale (senza --indice or -f opzioni), può essere '-' (trattino), che significa
lettura input da stdin piuttosto che un file. Con il --indice opzione, potrebbe non essere
'-'; non ha senso indicizzare un flusso di input standard. Con il -f opzione, sia
or (ma non entrambi) può essere '-'. Spesso è particolarmente utile leggere
dallo standard input, perché questo consente di utilizzare la riga di comando arbitraria
invocazioni per creare un elenco di nomi o accessioni CM, quindi recuperarli tutti in un nuovo file,
solo con un comando.

Per impostazione predefinita, il CM viene stampato sull'output standard nel formato Infernal-1.1.

VERSIONI

-h Aiuto; stampa un breve promemoria dell'utilizzo della riga di comando e di tutte le opzioni disponibili.

-f Il secondo argomento della riga di comando è a invece di un singolo . I
primo campo su ogni riga del è usato come recupero (un nome di CM
o adesione). Le righe vuote e le righe di commento (che iniziano con un carattere #) sono
ignorato.

-o Invia CM(s) al file invece che all'output standard.

-O Output CM(s) su singoli file denominati invece dell'output standard. Con il
-f opzione, questo può comportare la creazione di molti file.

--indice
Invece di recuperare uno o più profili da , indicizzare il per
recuperi futuri. Questo crea un .ssi file di indice binario.

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