cmtk-detect_adni_phantom - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

rilevare_adni_phantom: rileva i punti di riferimento fantasma ADNI nell'immagine fantasma

SINOSSI

rilevare_adni_phantom Immagine di input OutputXML

DESCRIZIONE

Questo strumento rileva le posizioni di tutti i punti di riferimento sferici in un'immagine 3D del Magphan
Fantasma per imaging strutturale EMR051 (noto anche come ADNI Phantom).

VERSIONI

globali Kit di strumenti Opzioni (questi sono condiviso by contro tutti i CMTK utensili)
--Aiuto
Scrivere l'elenco delle opzioni di base della riga di comando nell'output standard.

--aiuto-tutti
Scrivere l'elenco completo delle opzioni della riga di comando di base e avanzate nell'output standard.

--wiki
Scrivi l'elenco delle opzioni della riga di comando nell'output standard nel markup di MediaWiki.

--uomo
Scrivi il sorgente della pagina man nel markup 'nroff' sullo standard output.

--versione
Scrivi la versione del toolkit nell'output standard.

--eco
Scrive la riga di comando corrente nell'output standard.

--livello-verboso
Imposta il livello di verbosità.

--verboso, -v
Incrementa il livello di verbosità di 1 (deprecato; supportato per compatibilità con le versioni precedenti).

--thread
Imposta il numero massimo di thread paralleli (per thread POSIX e OpenMP).

Fantasma rivelazione Opzioni
--tollerante
Sii tollerante nei confronti di problemi come le sfere indicatore parzialmente troncate. Questo dovrebbe essere usato
con cautela solo quando necessario e sia l'immagine fantasma che i risultati del rilevamento
devono essere attentamente ispezionati per identificare la fonte dei problemi di rilevamento e verificarli
risultati affidabili.

--qualsiasi-orientamento
Non assumere l'orientamento standard del fantoccio, ovvero consentire la scansione dei fantasmi
sottosopra. Ciò rende meno affidabile il rilevamento dei fantasmi difettosi.

--fallback-cnr-centroide
Forza un fallback per utilizzare il centroide delle sfere CNR anziché il centro della sfera SNR
orientamento iniziale. Questo può essere utilizzato quando, ad esempio, la sfera SNR si è rotta
spento ma è posizionato in modo da non attivare il fallback automatico.

--erode-snr
Erodere la sfera SNR di questa distanza prima di calcolare la stima SNR. [Predefinito: 10]

--erode-cnr
Erodere ciascuna sfera CNR di questa distanza prima di calcolare la stima CNR. [Predefinito: 5]

--refine-xform
Perfezionare la trasformazione affine stimata dopo l'aggiunta di ogni nuovo punto di riferimento.

--refine-outliers
Perfeziona i punti di riferimento anomali in base alla trasformazione stimata dopo la prima sfera
passaggio di rilevamento.

--exclude-outlier
Escludere punti di riferimento anomali prima di adattare le trasformazioni finali.

--no-bias-correct-spheres
Disabilita la correzione del campo di polarizzazione dell'intensità per ciascuna sfera rilevata. Ciò sarà probabile
ridurre l'accuratezza delle stime SNR/CNR e influenzare anche l'accuratezza della localizzazione di dimensioni inferiori
sfere, ma può essere utile in casi estremi in cui la correzione del bias fallisce completamente.

Uscita Opzioni
--write-etichette
Percorso dell'immagine dell'etichetta di output. Questa immagine contiene la maschera delle sfere rilevate, ciascuna
etichettati in modo univoco nel loro ordine nella tabella fiduciale fantasma ADNI di CMTK. [Predefinito:
NESSUNO]

--scrittura-rigida
Percorso di output per la trasformazione rigida adattata dallo spazio fantasma all'immagine RAS
spazio standard. Questa trasformazione definisce dove dovrebbe trovarsi ciascuna sfera nell'immagine.
[Predefinito: NESSUNO]

--write-affine
Percorso di output per la trasformazione affine adattata dallo spazio fantasma all'immagine RAS
spazio standard. Questa è la trasformazione di adattamento lineare più vicina, e come tale
comprende componenti di scala e taglio non presenti nelle trasformazioni rigide adattate.
Poiché questi componenti sono dovuti a un'errata calibrazione e distorsione dello scanner, questo
trasformazione NON specifica le posizioni corrette della sfera nell'immagine, ma
piuttosto, consente la quantificazione dell'errata calibrazione della scala. [Predefinito: NESSUNO]

AUTORI

Torsten Rohlfing, con contributi di Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff e Yaroslav Halchenko

Utilizza cmtk-detect_adni_phantom online utilizzando i servizi onworks.net