cmtk - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

cmtk - il toolkit di morfometria computazionale

SINOSSI

cmq [opzioni]

DESCRIZIONE

Questo script di supporto fornisce un accesso unificato a tutti gli strumenti della riga di comando forniti da CMTK.
Si prega di specificare il comando di CMTK da eseguire e le sue opzioni. Vedere cmtk- (1) pagina man o
uscita di cmq --Aiuto per opzioni specifiche

COMANDI

segmento
Registra un'immagine target su un atlante, usando affine seguito da B-spline non rigido
registrazione, quindi riformattare la mappa dell'etichetta dell'atlante sull'immagine di destinazione.

aegment_sri24
Registra un'immagine target su un canale selezionato dell'atlante del cervello umano SRI24, quindi
riformattare una delle mappe dell'etichetta dell'atlante sull'immagine di destinazione. Nota: si assume che il
l'immagine target è spogliata del cranio, cioè contiene solo il cervello.

media_affine
Questo strumento calcola la media di una sequenza di coordinate affini fornite dall'utente
trasformazioni.

medie_immagini
Questo strumento calcola la media in pixel, la varianza, la deviazione standard, il punteggio z o
immagini di entropia da un elenco di immagini di intensità fornite dall'utente.

etichette_medie
Immagini medie di etichette co-registrate utilizzando volumi parziali

avg_adm
Calcola immagini di media intensità di forma e mappe di deformazione utilizzando un active
modello di deformazione.

concat_affine
Questo strumento calcola la concatenazione esplicita di più coordinate affini
trasformazioni, ciascuna delle quali può essere opzionalmente invertita.

converti_warp
Questo strumento converte le coordinate di deformazione in formato libero B-spline non rigide
trasformazioni tra diverse rappresentazioni (es. assoluto vs. relativo
vettori). Crea anche trasformazioni frazionarie.

convertix
Questo strumento converte tra formati di file immagine e tipi di dati pixel. Si può anche applicare
semplici operazioni di immagine di uso generale nel processo. Un numero arbitrario di
le operazioni possono essere specificate sulla riga di comando, che verrà applicata esattamente nel
ordine dato.

dbtool
Questo strumento modifica e interroga il database di immagini e trasformazioni tra
Loro.

immagine dcm2
Combina set di sezioni DICOM in pile di immagini 3D

descrivere
Questo strumento stampa una descrizione dettagliata dei file di input come immagine(i) o
trasformazione(i).

intestino
Questo programma corregge gli artefatti delle strisce nelle pile di immagini acquisite che possono derivare da
differenze di scala di intensità tra le sezioni.

rilevare_adni_phantom
Questo strumento rileva le posizioni di tutti i punti di riferimento sferici in un'immagine 3D del
Fantasma di imaging strutturale Magphan EMR051 (noto anche come ADNI Phantom).

detector_spheres_matched_filter
Questo strumento rileva oggetti sferici nelle immagini tridimensionali.

dof2mat
Converti la trasformazione affine dalla rappresentazione dei gradi di libertà alla forma matriciale

dwi_mask_bad_slices
Questo strumento legge una serie di immagini MR pesate in diffusione 3D e trova le sezioni difettose. Un cattivo
fetta in un'immagine di diffusione viene rilevata come una la cui intensità media è al di fuori di a
intervallo specificato intorno alla media delle medie di tutte le fette corrispondenti dal
rimanenti immagini di diffusione.

epiunwarp
Correggere la distorsione indotta dalla disomogeneità del campo B0 nelle immagini Echo Planar (ad es.
immagini pesate in diffusione) utilizzando due immagini acquisite con codifica di fase opposta
indicazioni.

fib2immagine
I risultati del tracciamento della fibra dallo strumento di tracciamento della fibra UNC vengono letti da Standard Input
e tutti i punti della fibra vengono disegnati in un'immagine 3D. Il risultato è scritto in uno dei
formati di file immagine supportati.

fibxform
Viene letto un file con i risultati del tracciamento della fibra dallo strumento di tracciamento della fibra UNC
Vengono applicati l'input standard e una o più trasformazioni di coordinate (concatenate)
a tutte le coordinate del punto della fibra. Il risultato viene scritto sullo Standard Output, sempre in
Formato file fibra UNC.

film Questo strumento divide un'immagine di input interlacciata nelle immagini del passaggio, le registra insieme,
e ricostruisce un'immagine corretta dal movimento

filtro
Questo strumento applica operatori di filtraggio spaziale, incluso sensibile al contenuto
operatori, basati su kernel gaussiani selettivi.

fit_affine_dfield
Adatta una trasformazione lineare affine a una trasformazione non rigida, una B-spline
deformazione a forma libera o un campo di deformazione non parametrico.

fit_affine_xform
Adatta una trasformazione lineare affine a un elenco di concatenati, opzionalmente invertiti,
trasformazioni.

fit_affine_xform_landmarks
Adatta una trasformazione lineare affine a una serie di punti di riferimento abbinati.

fit_spline_dfield
Adatta una trasformazione parametrica non rigida (deformazione a forma libera B-spline) a a
campo di deformazione

fit_spline_xform
Adattare una trasformazione parametrica non rigida (deformazione a forma libera B-spline) a un elenco
di trasformazioni concatenate, opzionalmente invertite.

vista

corrispondenza geografica
Questo strumento legge due o più immagini e verifica se le loro dimensioni della griglia, pixel
le dimensioni e le trasformazioni da immagine a spazio corrispondono. Facoltativamente, tutte le immagini sono
riorientato nell'orientamento standard prima di eseguire il test. Se tutte le immagini corrispondono,
lo strumento ritorna con codice di uscita 0, altrimenti ritorna con codice di uscita 2. In caso di
un errore (ad esempio, una delle immagini non può essere letta), il codice di uscita è 1.

glm Modellazione statistica delle intensità dei pixel in più immagini utilizzando una Lineare Generale
Modello.

Hmm Segmenta un'immagine in classi c usando l'algoritmo EM per miscele gaussiane con
priori facoltativi.

gregxform
QUESTO STRUMENTO È DEPRECATO. SI PREGA DI UTILIZZARE streamxform INVECE.

groupwise_affine
Questo strumento registra simultaneamente una popolazione di immagini di input, senza un modello,
utilizzando l'algoritmo di "congelamento" o una misura di similarità a livello di gruppo basata su a
ravvicinamento continuo delle informazioni reciproche ("RMI").

groupwise_init
Calcola l'allineamento affine iniziale per un gruppo di immagini di input, che può essere utilizzato come un
ingresso per la registrazione di gruppo

groupwise_warp
Questo strumento registra in modo non rigido una popolazione di immagini di input simultaneamente, senza a
modello, utilizzando l'algoritmo di "congelamento" o una misura di similarità a livello di gruppo
basata su un'approssimazione continua di informazioni reciproche ("RMI").

hausdorf
Questo strumento calcola la distanza di Hausdorff tra due immagini di etichette.

istogramma
Crea un istogramma delle intensità dell'immagine e scrivi come file di testo separato da tabulazioni su
uscita standard

imagemath
Eseguire operazioni sulle immagini utilizzando la notazione postfissa basata su stack.

interleaved_bad_slices
Questo strumento legge una serie temporale di immagini 3D e rileva valori anomali.

iterativo_forma_media

jib Questo strumento divide un'immagine di input interlacciata nelle immagini del passaggio, le registra insieme,
e ricostruisce un'immagine corretta dal movimento

levelset
Segmentazione di primo piano/sfondo di tipo Levelset utilizzando una varianza regionale minima
energia

lmsba
Questo strumento combina più segmentazioni multiclasse da co-registrati e
atlanti riformattati utilizzando la media basata sulla forma pesata localmente.

isba Questo strumento combina più segmentazioni binarie da co-registrati e riformattati
atlanti che utilizzano la media basata sulla forma pesata localmente.

lvoto
Questo strumento combina più segmentazioni di atlanti co-registrati e riformattati
utilizzando il voto ponderato a livello locale.

make_initial_affine
Calcola la trasformazione affine iniziale allineando i centri di massa o gli assi principali

mat2dof
Converti matrice di trasformazione in gradi di libertà

maffine
Registrazione di immagini affini multicanale utilizzando l'istogramma o la covarianza
misure di entropia congiunta

McWarp
Registrazione dell'immagine B-spline non rigida multicanale utilizzando l'istogramma o
misure di entropia congiunta basate sulla covarianza

mk_adni_phantom
Genera l'immagine del fantoccio di calibrazione dell'immagine strutturale ADNI (noto anche come Magphan
EMR051).

mk_analizza_hdr
Crea file di intestazione secondo il formato Analzye 7.5 in base ai parametri forniti dall'utente per
geometria, tipo di dati, orientamento, ecc.

mk_nifti_hdr
Crea file di intestazione in base al formato di file NIFTI in base ai parametri forniti dall'utente per
geometria, tipo di dati, orientamento, ecc.

mk_phantom_3d
Genera immagini digitali fantasma 3D utilizzando una selezione di comandi di disegno

mrbi
Questo programma corregge gli artefatti di disomogeneità dell'intensità nelle immagini RM utilizzando un bias
campo stimato tramite minimizzazione dell'entropia.

sovrapposizione
Calcola misure di sovrapposizione tra due o più immagini

sonda
Questo strumento stampa i valori dei pixel o le etichette simboliche in un elenco di immagini fornite dall'utente
coordinate.

pxsearch
Questo strumento legge un file immagine e un elenco di coordinate pixel dallo standard
ingresso. Per ogni pixel, viene cercato un quartiere locale nell'immagine per il
valore massimo. La posizione del massimo viene quindi scritta nell'output standard.

riformattare
Strumento di riformattazione del volume esteso per calcolare immagini riformattate e mappe jacobiane da
sequenze arbitrarie di trasformazioni concatenate

Registrazione
Questo programma esegue la registrazione dell'immagine rigida e affine utilizzando la multi-risoluzione
ottimizzazione delle misure di similarità delle immagini basate su voxel.

registrazionex
Questo programma esegue la registrazione dell'immagine rigida e affine utilizzando la multi-risoluzione
ottimizzazione delle misure di similarità delle immagini basate su voxel.

regredire
Regressione lineare (e polinomiale di ordine superiore) di campi di deformazione e immagini.

riorientare
Converti tra orientamenti dell'immagine, ad esempio, riordina fisicamente l'array di pixel e adatta
informazioni di orientamento anatomico memorizzate

sba Segmentazione media (campi etichetta) utilizzando la trasformazione della distanza euclidea. Tutto
le immagini di input devono trovarsi nello stesso spazio. Anche l'EDT viene calcolato in questo spazio. Vedere
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 per i dettagli dell'algoritmo sottostante.

sbai Segmentazione media (campi etichetta) utilizzando la trasformazione della distanza euclidea. Questo
lo strumento esegue l'interpolazione congiunta e la media interpolando dall'EDT. Questo
richiede che gli input siano trasformazioni dallo stesso fisso a (non necessariamente)
diverse immagini in movimento. Il calcolo dell'EDT viene eseguito nello spazio di ciascuna immagine in movimento.
See http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 per i dettagli del sottostante
algoritmo.

sequenza
Analizza la sequenza di valori numerici, che viene letta dall'input standard

somiglianza
Calcola misure di similarità come la differenza di intensità o le sovrapposizioni di etichette tra
due immagini.

dividere
Dividi l'immagine del volume in sotto-immagini, ad esempio per separare le immagini interlacciate in passaggi

statistica
Calcoli statistici sulle intensità dei pixel dell'immagine, ovvero medie e standard
deviazioni

stream_pixel
Questo strumento legge una o più immagini e scrive tutti i loro pixel nell'output standard in
forma binaria. Facoltativamente, ogni immagine può essere riorientata su uno specifico anatomico
orientamento e/o convertito in un tipo di dati diverso. Questo è utile per le tubazioni
dati di immagine attraverso una pipeline, ad esempio il toolkit Camino DTI.

streamxform
Un elenco di coordinate punto in formato ASCII viene letto dall'input standard e un
a condizione che venga applicata la sequenza di trasformazioni delle coordinate (ciascuna opzionalmente invertita)
a loro. I punti trasformati vengono quindi scritti nell'output standard.

semplice
Calcolare il piano di simmetria approssimativo di un'immagine per determinare, ad esempio, il
piano medio-sagittale nelle immagini del cervello umano. Sono supportate varie forme di output,
ad esempio, scrivendo l'immagine di input con il piano di simmetria disegnato al suo interno, o l'input
immagine riallineata lungo il piano di simmetria.

semplice
Calcolare il piano di simmetria approssimativo di un'immagine per determinare, ad esempio, il
piano medio-sagittale nelle immagini del cervello umano. Sono supportate varie forme di output,
ad esempio, scrivendo l'immagine di input con il piano di simmetria disegnato al suo interno, o l'input
immagine riallineata lungo il piano di simmetria.

prova
Test pixel per significatività statistica. Calcola anche correlazioni e punteggi z

non diviso
Unisci pile di immagini separate in un unico volume di immagini interlacciate

unwarp_immagine_fantasma
Questo strumento calcola una trasformazione polinomiale o una forma libera B-spline
deformazione per distendere un'immagine. La trasformazione si basa su quanto previsto e rilevato
punti di riferimento in un'immagine di un fantasma strutturale acquisita sullo stesso scanner. Utilizzare il
Strumento 'detect_adni_phantom' per rilevare i punti di riferimento dell'ADNI Phantom in un'immagine e
generare un file di descrizione fantasma adatto all'uso con questo strumento.

vol2csv
Questo strumento calcola i volumi delle regioni in un'immagine dell'etichetta. Facoltativamente accetta
mappe di densità (ad esempio, per tessuti diversi) e calcola e stampa la per regione
contenuto per ciascuno. Inoltre, lo strumento può accettare una mappa opzionale "volume pixel" per l'account
per variazioni locali del volume dei pixel, ad esempio dovute alla distorsione spaziale.

volume_iniezione
Ricostruzione di un volume ad alta risoluzione da più co-registrati (bassa risoluzione)
immagini utilizzando l'iniezione di volume in avanti

volume_ricostruzione
Ricostruzione iterativa del volume da immagini co-registrate utilizzando l'interpolazione inversa
o sfocatura articolare

vtkxform
Un file VTK in formato ASCII viene letto dall'input standard e da una coordinata fornita dall'utente
la trasformazione (opzionalmente invertita) viene applicata alle coordinate del vertice. un VTK
il file con i punti trasformati viene quindi scritto nell'output standard.

deformare Questo programma esegue la registrazione di immagini non rigide utilizzando l'ottimizzazione multi-risoluzione
di misure di somiglianza dell'immagine basate su voxel e una B-spline multi-risoluzione
modello di trasformazione.

warp2ps
Scrivi il campo di deformazione come griglia deformata in formato PostScript per la visualizzazione e
illustrazione

warpx
Questo programma esegue la registrazione di immagini non rigide utilizzando l'ottimizzazione multi-risoluzione
di misure di somiglianza dell'immagine basate su voxel e una B-spline multi-risoluzione
modello di trasformazione.

xform2dcampo
Converti la trasformazione parametrica rigida o non rigida in campo di deformazione, campionato a
posizioni dei pixel di una data immagine di riferimento

xform2itk
Questo strumento converte le trasformazioni delle coordinate dal formato CMTK al formato ITK e, in
il processo, corretto anche per le differenze nelle convenzioni delle coordinate dell'immagine

xform2scalare
Questo strumento estrae misure scalari da trasformazioni e campi di deformazione,
campionato nelle posizioni della griglia e scrive i risultati su un'immagine. Esempi di supportati
le misure scalari sono: x,y,z componente della trasformazione, grandezza del
trasformazione e determinanti jacobiani.

AUTORI

Torsten Rohlfing, con contributi di Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff e Yaroslav Halchenko

Usa cmtk online utilizzando i servizi onworks.net