Questo è il comando correct_abundances che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
Correct_abundances - esegue il passaggio di correzione della somiglianza dell'abbondanza del genoma
SINOSSI
abbondanza_corretta NOMI
DESCRIZIONE
Esegui il passaggio di correzione della somiglianza.
Nota: sebbene sia possibile eseguire manualmente i read mapper o creare la somiglianza
matrix manualmente, consigliamo vivamente di utilizzare gli script Python forniti 'run_mappers.py'
e 'create_similarity_matrix.py'.
VERSIONI
NOMI: nome del file dei nomi; il file dei nomi in testo normale dovrebbe contenere un nome per
linea. Il nome viene utilizzato come identificatore nell'intero algoritmo.
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-m SMAT, --matrice-di-similarità=SMAT
Percorso al file della matrice di somiglianza. La matrice di similarità deve essere creata con lo stesso
file NOMI. [predefinito: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfile=SAM
Pattern che punta ai file SAM creati dal mappatore. Segnaposto per il nome
è "%s". [predefinito: ./SAM/%s.sam]
-b STIVALE, --bootstrap-campioni=BOOT
Imposta il numero di campioni bootstrap. Usa 1 per disabilitare il bootstrap [predefinito: 100]
-o FUORI, --produzione=OUT
File di output di testo normale contenente i risultati. [predefinito: ./risultati.txt]
Usa Correct_abundances online utilizzando i servizi onworks.net
