Questo è il comando cpgplote che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
cpgplot - Identifica e traccia le isole CpG nelle sequenze nucleotidiche
SINOSSI
cpgplot -sequenza seguito -finestra numero intero -minlen numero intero -minoe galleggiante -minpc galleggiante
-file di uscita file di uscita -complotto ginocchiera -grafico xigrafo -ossessione booleano -cg booleano
-pc booleano -sconfitta impresa
cpgplot -Aiuto
DESCRIZIONE
cpgplot è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comando "Nucleic:CpG Islands".
VERSIONI
Ingresso pagina
-sequenza seguito
Obbligatorio pagina
-finestra numero intero
Il contenuto percentuale di CG e la frequenza osservata di CG viene calcolata entro a
finestra la cui dimensione è impostata da questo parametro. La finestra viene spostata in basso nella sequenza e
queste statistiche vengono calcolate in ogni posizione in cui viene spostata la finestra. Predefinito
valore: 100
-minlen numero intero
Imposta la lunghezza minima che un'isola CpG deve avere prima di essere segnalata.
Valore predefinito: 200
-minoe galleggiante
Questo imposta la media minima osservata al rapporto atteso di C più G a CpG in un insieme
di 10 finestre richieste prima che venga segnalata un'isola CpG. Valore predefinito: 0.6
-minpc galleggiante
Questo imposta la percentuale media minima di G più C un insieme di 10 finestre che sono
richiesto prima che venga segnalata un'isola CpG. Valore predefinito: 50.
Uscita pagina
-file di uscita file di uscita
Imposta il nome del file contenente il report del nome della sequenza di input, CpG
i parametri dell'isola e i dettagli di output di tutte le isole CpG trovate.
-complotto ginocchiera
Valore predefinito: Sì
-grafico xigrafo
-ossessione booleano
Se questo è impostato su vero, il grafico del rapporto osservato rispetto al previsto di C più G a
Viene visualizzato CpG all'interno di una finestra. Valore predefinito: Sì
-cg booleano
Se questo è impostato su vero, il grafico delle regioni che sono state determinate essere
Vengono visualizzate le isole CpG. Valore predefinito: Sì
-pc booleano
Se questo è impostato su vero, il grafico della percentuale C più G all'interno di una finestra è
visualizzato. Valore predefinito: Sì
-sconfitta impresa
File per le funzioni di output
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